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- PDB-5bnn: Crystal structure of human enterovirus D68 in complex with 6'SL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bnn
タイトルCrystal structure of human enterovirus D68 in complex with 6'SL
要素(Capsid protein ...) x 4
キーワードVIRUS / Enterovirus / Capsid / Beta jelly roll / Receptor / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / protein sequestering activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell ...symbiont-mediated suppression of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / protein sequestering activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6'-sialyl-lactose / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Liu, Y. / Sheng, J. / Meng, G. / Xiao, C. / Rossmann, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI011219 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Sialic acid-dependent cell entry of human enterovirus D68.
著者: Liu, Y. / Sheng, J. / Baggen, J. / Meng, G. / Xiao, C. / Thibaut, H.J. / van Kuppeveld, F.J. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2015年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Other / カテゴリ: cell / pdbx_audit_support
Item: _cell.Z_PDB / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6645
ポリマ－95,0304
非ポリマー6341
水4,882271
1
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,739,834300
ポリマ－5,701,821240
非ポリマー38,01360
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 478 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)478,31925
ポリマ－475,15220
非ポリマー3,1685
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 574 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)573,98330
ポリマ－570,18224
非ポリマー3,8016
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 15


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.43 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,434,95875
ポリマ－1,425,45560
非ポリマー9,50315
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation14
単位格子
Length a, b, c (Å)325.600, 347.100, 356.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-360-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, -0.80901699, -0.30901699), (0.809017, 0.30901699, 0.5), (-0.30901699, -0.5, 0.809017)
3generate(-0.30901699, -0.5, -0.809017), (0.5, -0.809017, 0.309017), (-0.80901699, -0.309017, 0.5)
4generate(-0.309017, 0.5, -0.809017), (-0.5, -0.80901699, -0.309017), (-0.809017, 0.30901699, 0.5)
5generate(0.5, 0.80901699, -0.309017), (-0.80901699, 0.309017, -0.5), (-0.309017, 0.5, 0.80901699)
6generate(-0.80901699, 0.309017, -0.50000001), (0.30901699, -0.5, -0.80901699), (-0.49999999, -0.809017, 0.30901699)
7generate(1), (-1), (-1)
8generate(0.809017, 0.30901699, 0.5), (0.30901699, 0.5, -0.80901699), (-0.5, 0.809017, 0.30901699)
9generate(0.5, -0.809017, 0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, -0.5), (0.309017, 0.5, 0.80901699)
10generate(-0.5, -0.80901699, -0.309017), (0.80901699, -0.309017, -0.5), (0.309017, -0.5, 0.80901699)
11generate(1), (-1), (-1)
12generate(-0.30901699, -0.5, 0.809017), (-0.5, 0.80901699, 0.30901699), (-0.809017, -0.30901699, -0.5)
13generate(-0.80901699, -0.309017, 0.5), (0.30901699, 0.5, 0.809017), (-0.5, 0.809017, -0.309017)
14generate(-0.809017, 0.30901699, 0.5), (0.309017, -0.5, 0.809017), (0.5, 0.80901699, 0.309017)
15generate(-0.309017, 0.5, 0.80901699), (-0.5, -0.80901699, 0.309017), (0.80901699, -0.309017, 0.5)

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要素

-
Capsid protein ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Capsid protein VP1


分子量: 32784.168 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 565-861 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Grown in human rhabdosarcoma cells / 由来: (天然) Enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 細胞株: human rhabdomyosarcoma cells / 参照: UniProt: Q68T42
#2: タンパク質 Capsid protein VP2


分子量: 27706.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 70-317 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Grown in human rhabdosarcoma cells / 由来: (天然) Enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 細胞株: human rhabdomyosarcoma cells / 参照: UniProt: Q68T42
#3: タンパク質 Capsid protein VP3


分子量: 27202.881 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 318-564 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Grown in human rhabdosarcoma cells / 由来: (天然) Enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 細胞株: human rhabdomyosarcoma cells / 参照: UniProt: Q68T42
#4: タンパク質 Capsid protein VP4


分子量: 7336.960 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-69 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Grown in human rhabdosarcoma cells / 由来: (天然) Enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 細胞株: human rhabdomyosarcoma cells / 参照: UniProt: Q68T42

-
糖 / 非ポリマー , 2種, 272分子

#5: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / 6'-sialyl-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 633.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 6'-sialyl-lactose
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b6-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium Acetate (pH 4.5), 3.5 M Sodium Formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→50 Å / Num. obs: 526043 / % possible obs: 61.4 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 16.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rpim(I) all: 0.13 / Rrim(I) all: 0.22 / Χ2: 1.16 / Net I/av σ(I): 4.156 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 1016005
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.32-2.41.80.722556520.5670.5450.9111.12965.3
2.4-2.51.80.648565100.6190.490.8191.13266.2
2.5-2.611.80.533559680.680.4020.6731.14865.6
2.61-2.751.90.421554260.7690.3170.5321.15664.9
2.75-2.921.90.329545400.8460.2470.4151.17563.8
2.92-3.151.90.219536020.9240.1640.2761.1962.7
3.15-3.4720.148523420.9620.110.1861.16161.1
3.47-3.9720.104505520.9780.0770.1311.15358.9
3.97-52.10.091481040.9810.0660.1131.32855.9
5-502.30.071433470.990.0490.0871.02649.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
CNS1.3精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MW8

4mw8


解像度: 2.32→36.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 29614548 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 25742 4.9 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs-525999 61.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.62 Å2 / Biso mean: 19.3 Å2 / Biso min: 4.66 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a free: 0.45 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.32→36.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6296 0 43 271 6610
Biso mean--51.62 24.07 -
残基数----807
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.181.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.42.5
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.47 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 4775 5.1 %
Rwork0.331 88398 -
all-93173 -
obs--65.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6DRGCNS.PARDRGCNS.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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