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- PDB-5bmt: Crystal structure of an uncharacterized protein (PARMER_03598) fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bmt
タイトルCrystal structure of an uncharacterized protein (PARMER_03598) from Parabacteroides merdae ATCC 43184 at 1.50 A resolution
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / immunoglobulin-like fold / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Parabacteroides merdae ATCC 43184 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an uncharacterized protein (PARMER_03598) from Parabacteroides merdae ATCC 43184 at 1.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2015年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation_author / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,96315
ポリマ－52,4962
非ポリマー1,46613
水12,556697
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8217
ポリマ－26,2481
非ポリマー5736
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1418
ポリマ－26,2481
非ポリマー8937
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.750, 58.969, 165.462
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 26248.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parabacteroides merdae ATCC 43184 (バクテリア)
遺伝子: PARMER_03598 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A7AJI6

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非ポリマー , 5種, 710分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 697 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CONSTRUCT (24-261) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT (24-261) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 0.2M lithium sulfate, 2.0M ammonium sulfate, 0.1M CAPS pH 10.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月4日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→29.212 Å / Num. obs: 91355 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.796 % / Biso Wilson estimate: 18.883 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 12.12 / Num. measured all: 662500
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.5-1.550.5850.81.85944716354162320.936199.3
1.55-1.620.7320.62.47416919687196700.799.9
1.62-1.690.8440.4233.46272316577165590.49399.9
1.69-1.780.9240.27556689717603175920.32199.9
1.78-1.890.9710.1737.46556217177171640.20199.9
1.89-2.040.9880.10511.66855617939179220.12299.9
2.04-2.240.9930.072166491116999169820.08399.9
2.24-2.560.9960.05819.36643817336173020.06799.8
2.56-3.230.9970.04424.26781117687176360.05199.7
3.23-29.2120.9980.03430.16598617556174630.0499.5

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XDSデータ削減
XSCALENovember 3, 2014 BUILT=20141118データスケーリング
BUSTER2.10.2精密化
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→29.212 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9645 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9585 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. THE SAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 3. CAPS (CXS), CL, SO4 AND EDO MODELED WERE PRESENT IN PROTEIN/CRYSTALLIZATION CONDITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1861 4569 5.01 %RANDOM
Rwork0.1661 ---
obs0.1671 91266 99.95 %-
原子変位パラメータBiso max: 105.92 Å2 / Biso mean: 25.2128 Å2 / Biso min: 10.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5691 Å20 Å20 Å2
2---0.7371 Å20 Å2
3---0.168 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.159 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.212 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3529 0 86 697 4312
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1919SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes88HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes603HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3961HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion547SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5174SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3961HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5442HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.36
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2351 331 5 %
Rwork0.1981 6293 -
all0.1999 6624 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69610.20850.01560.8431-0.07960.5431-0.04370.05890.02750.0050.07250.0158-0.01060.0088-0.0289-0.0338-0.00970.0163-0.0386-0.0066-0.047234.35882.253930.0042
21.04640.22870.07250.6213-0.00870.72160.0923-0.0635-0.00790.0216-0.0592-0.01810.0106-0.0329-0.0331-0.037-0.0120.0082-0.0427-0.0103-0.054544.3509-10.764412.2128
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|28 - 259}A28 - 259
2X-RAY DIFFRACTION2{B|31 - 258}B31 - 258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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