PDB-5b86: Crystal structure of M-Sec

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5b86

タイトル

Crystal structure of M-Sec

要素

Tumor necrosis factor alpha-induced protein 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Helical protein / exocyst complex / exocytosis / membrane traffic

機能・相同性

Exocyst complex component EXOC3/Sec6 / Exocyst complex component Sec6 / exocyst localization / exocyst / exocytosis / SNARE binding / angiogenesis / cell differentiation / Tumor necrosis factor alpha-induced protein 2

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.017 Å

データ登録者

Yamashita, M. / Sato, Y. / Yamagata, A. / Fukai, S.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Distinct Roles for the N- and C-terminal Regions of M-Sec in Plasma Membrane Deformation during Tunneling Nanotube Formation.
著者: Kimura, S. / Yamashita, M. / Yamakami-Kimura, M. / Sato, Y. / Yamagata, A. / Kobashigawa, Y. / Inagaki, F. / Amada, T. / Hase, K. / Iwanaga, T. / Ohno, H. / Fukai, S.

履歴

登録	2016年6月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5b86.cif.gz	475.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5b86.ent.gz	406.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5b86.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5b86_validation.pdf.gz	421.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5b86_full_validation.pdf.gz	460.7 KB	表示
XML形式データ	5b86_validation.xml.gz	27 KB	表示
CIF形式データ	5b86_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/5b86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/5b86	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1tgx-2 3f85-d 5lm2-2 4y66-1 4cbz-d 3urz-d 5uk5-d 3t1w-d 1syx-d 3um0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 2

B: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 2

137 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 2

登録者が定義した集合体
68.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 2

登録者が定義した集合体
68.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.410, 107.829, 229.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tumor necrosis factor alpha-induced protein 2 / TNF alpha-induced protein 2 / Primary response gene B94 protein 分子量: 68573.109 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 42-691 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tnfaip2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: Q61333
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Tumor necrosis factor alpha-induced protein 2 / TNF alpha-induced protein 2 / Primary response gene B94 protein

分子量: 68573.109 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 42-691 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tnfaip2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: Q61333

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.92 % / 解説: CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG8000, Hepes-Na (pH 7), ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.97904 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97904 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 43284 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.017→46.439 Å / SU ML: 0.66 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.31
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2921	3720	5 %
R_work	0.2287	-	-
obs	0.2319	43284	86.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.017→46.439 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9266	0	0	46	9312

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	9443
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.481	12807
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.611	3555
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	1468
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1653

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0168-3.055	0.4097	77	0.3924	1619	X-RAY DIFFRACTION	53
3.055-3.0952	0.38	116	0.397	2192	X-RAY DIFFRACTION	72
3.0952-3.1375	0.3633	120	0.3934	2235	X-RAY DIFFRACTION	73
3.1375-3.1824	0.4298	106	0.3832	2222	X-RAY DIFFRACTION	74
3.1824-3.2298	0.3861	134	0.3763	2221	X-RAY DIFFRACTION	74
3.2298-3.2803	0.3777	117	0.3648	2345	X-RAY DIFFRACTION	76
3.2803-3.3341	0.4234	114	0.3562	2298	X-RAY DIFFRACTION	76
3.3341-3.3915	0.371	146	0.3553	2366	X-RAY DIFFRACTION	78
3.3915-3.4532	0.4168	134	0.3304	2416	X-RAY DIFFRACTION	80
3.4532-3.5196	0.3587	121	0.3111	2507	X-RAY DIFFRACTION	83
3.5196-3.5914	0.4058	109	0.3035	2640	X-RAY DIFFRACTION	86
3.5914-3.6695	0.3324	156	0.2783	2602	X-RAY DIFFRACTION	86
3.6695-3.7548	0.3465	139	0.2566	2624	X-RAY DIFFRACTION	87
3.7548-3.8486	0.3081	122	0.2441	2780	X-RAY DIFFRACTION	89
3.8486-3.9527	0.2985	146	0.2215	2765	X-RAY DIFFRACTION	91
3.9527-4.0689	0.3008	176	0.2098	2711	X-RAY DIFFRACTION	92
4.0689-4.2001	0.2804	163	0.1836	2827	X-RAY DIFFRACTION	93
4.2001-4.3502	0.2477	128	0.1772	2861	X-RAY DIFFRACTION	93
4.3502-4.5242	0.2631	135	0.1685	2882	X-RAY DIFFRACTION	95
4.5242-4.7299	0.2088	156	0.1634	2915	X-RAY DIFFRACTION	95
4.7299-4.979	0.2588	155	0.1555	2873	X-RAY DIFFRACTION	96
4.979-5.2905	0.2582	129	0.1641	2967	X-RAY DIFFRACTION	96
5.2905-5.6984	0.2685	178	0.1976	2888	X-RAY DIFFRACTION	96
5.6984-6.2706	0.3283	142	0.2195	2935	X-RAY DIFFRACTION	96
6.2706-7.1751	0.2774	156	0.2098	2948	X-RAY DIFFRACTION	97
7.1751-9.029	0.2064	181	0.1593	2992	X-RAY DIFFRACTION	99
9.029-46.4442	0.2277	164	0.1689	2996	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6264	0.0941	0.5693	3.4916	0.179	6.8036	-0.044	0.5929	-0.076	0.0966	0.1618	-0.1571	-0.1166	0.4847	-0.0953	0.3803	0.0793	0.0528	0.4017	0.0227	0.4532	-25.2358	-14.6589	-103.7749
2	0.7884	-0.9628	-1.9975	0.1276	1.6356	4.5139	0.1153	0.043	0.1398	-0.2405	-0.137	0.0304	-0.1407	-0.1198	0.0703	0.7931	-0.0102	0.1764	0.7532	-0.123	0.5816	-47.3539	0.45	-48.294
3	3.038	1.4448	0.5536	3.3577	1.3093	5.4304	-0.1447	-0.1037	-0.3673	-0.1499	-0.1039	-0.0366	0.2612	0.0466	0.2173	0.2041	0.0792	-0.0178	0.2777	-0.03	0.3565	-46.5305	14.208	3.8509
4	0.9829	0.0305	0.2951	1.928	-1.9131	4.7905	-0.0166	0.225	-0.2276	0.011	-0.0333	-0.054	0.0077	0.2361	0.0885	0.1995	-0.0015	0.0139	0.3366	-0.0456	0.4101	-7.1999	5.0411	-9.2048
5	2.0105	0.1444	1.3118	2.1406	-0.0418	4.1333	0.2134	0.1892	0.1337	0.052	-0.4136	-0.1344	0.0176	0.728	0.1725	0.6737	-0.1235	0.0565	0.6546	0.0888	0.4261	-16.2622	30.2232	-77.4731

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 67 through 178 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 179 through 478 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 479 through 650 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 67 through 407 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 408 through 650 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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