PDB-5b7h: OxyR2 regulatory domain C206S mutant from Vibrio vulnificus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5b7h

タイトル

OxyR2 regulatory domain C206S mutant from Vibrio vulnificus

要素

LysR family transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / LysR-type transcription regulator / LTTR / OxyR / H2O2

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.492 Å

データ登録者

Jo, I. / Ha, N.-C.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for hypersensitivity of OxyR2 from Vibrio vulnificus
著者: Jo, I. / Ha, N.-C.

履歴

登録	2016年6月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5b7h.cif.gz	197.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5b7h.ent.gz	157.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5b7h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5b7h_validation.pdf.gz	454.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5b7h_full_validation.pdf.gz	459.2 KB	表示
XML形式データ	5b7h_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	5b7h_validation.cif.gz	37.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/5b7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/5b7h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5b6u PDB 未公開エントリS 5b70 5b7d S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5b7d-1 5b7d-2 5x0v-1 5x0q-2 5x0q-1 1984 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LysR family transcriptional regulator

B: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

A: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

B: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.703, 137.580, 96.914
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	LysR family transcriptional regulator / OxyR2 分子量: 24131.777 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 86-301 / 変異: C206S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: MO6-24/O / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A087I947
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 599 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.01 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate (pH 5.6), 15% PEG 4000, 2mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→50 Å / Num. obs: 79030 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.49→1.52 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5B6U

5b6u
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.492→19.808 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 17.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1938	3966	5.02 %
R_work	0.1614	-	-
obs	0.163	78963	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.492→19.808 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3298	0	15	599	3912

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	3548
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.339	4851
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.876	2511
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.113	575
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	641

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4919-1.5101	0.2729	148	0.2554	2572	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5101-1.5292	0.2412	126	0.2323	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5292-1.5493	0.2627	137	0.221	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5493-1.5706	0.2515	144	0.2136	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5706-1.593	0.2417	139	0.2127	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.593-1.6168	0.238	161	0.1939	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6168-1.642	0.2095	149	0.1839	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.642-1.6689	0.2283	135	0.1839	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6689-1.6977	0.1979	127	0.1738	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6977-1.7285	0.2177	138	0.173	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7285-1.7618	0.1975	132	0.1685	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7618-1.7977	0.1859	122	0.1656	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7977-1.8368	0.2031	152	0.1617	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8368-1.8795	0.192	129	0.1575	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8795-1.9264	0.2006	144	0.1615	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9264-1.9785	0.2014	140	0.1612	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9785-2.0366	0.1824	157	0.1613	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0366-2.1023	0.2043	156	0.1533	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1023-2.1773	0.2073	151	0.1532	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1773-2.2644	0.1911	139	0.1525	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2644-2.3673	0.2005	144	0.1543	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3673-2.4919	0.1708	139	0.1558	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4919-2.6477	0.2089	140	0.1617	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6477-2.8515	0.1936	141	0.1659	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8515-3.1375	0.1915	157	0.1586	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1375-3.5891	0.1704	145	0.1452	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5891-4.5131	0.1717	119	0.1333	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5131-19.8093	0.1663	155	0.1539	2852	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6192	-2.4297	1.5102	1.0253	-0.3846	0.4746	0.1102	0.5589	0.2214	-0.0039	-0.1805	-0.2542	-0.0168	0.2652	0.0434	0.1072	-0.0316	-0.0093	0.1829	0.0509	0.1529	26.9302	-6.357	17.0546
2	1.2016	0.0187	-0.2637	0.3777	0.0026	0.8739	-0.0108	0.0107	-0.0264	-0.0696	-0.0078	-0.0209	-0.0612	0.0138	0.0229	0.1119	-0.0006	-0.0054	0.0646	-0.0036	0.064	6.5685	-6.0964	13.1787
3	1.9317	-0.9795	0.0059	1.3933	-0.2765	3.2958	0.0586	0.2294	-0.1609	-0.1304	-0.0184	0.2409	-0.2246	-0.3743	0.0527	0.1307	0.0282	-0.0451	0.1519	-0.004	0.1243	-16.0403	-4.9888	11.2306
4	1.0146	0.1364	-0.5215	0.6999	-0.2316	0.7977	-0.0684	0.112	-0.1237	-0.096	-0.0063	-0.0364	0.0243	-0.0637	0.0557	0.0982	-0.0038	-0.0141	0.0735	-0.0235	0.0524	0.0016	-11.1485	11.9963
5	3.8819	-1.8005	-0.6779	0.5157	0.0493	-0.0611	-0.0153	0.6686	-0.4346	0.0109	-0.0813	0.2489	-0.0329	-0.1979	0.0301	0.1288	-0.022	0.0154	0.2416	-0.0609	0.2372	-28.1066	-41.8769	17.5231
6	1.7523	-0.2449	-0.2136	2.2124	0.7736	1.6458	-0.037	0.0237	0.0341	-0.0331	-0.0062	0.072	0.0396	-0.1406	0.032	0.0687	-0.023	-0.0006	0.0874	-0.0107	0.0504	-13.0842	-41.5643	18.0296
7	2.8814	1.8127	-0.2635	1.9525	-0.1824	0.7313	-0.0572	0.1126	-0.0952	-0.1007	0.0225	-0.0432	0.1681	-0.0054	-0.0079	0.1063	0.0002	0.0147	0.0866	-0.0118	0.0715	-3.4051	-43.452	9.9972
8	2.3404	-0.4449	-0.4987	0.6133	0.2507	2.5812	0.0505	0.1889	0.0081	-0.0911	-0.022	-0.1123	0.3596	0.2944	0.0606	0.1363	0.0573	0.0493	0.1453	0.0054	0.1259	14.273	-43.1685	9.4473
9	1.9428	-0.1367	-0.1266	2.0157	0.3445	1.8744	-0.0125	0.1752	0.1014	-0.1241	-0.027	-0.0021	0.0166	0.0084	0.0353	0.0665	0.0024	0.0183	0.0758	0.0243	0.0792	8.7145	-33.7215	14.7811
10	2.8545	1.1697	-0.2301	3.2892	-0.0215	1.4223	0.0396	0.2711	0.1469	-0.0894	-0.0204	0.4558	0.0916	-0.2173	-0.0276	0.1018	-0.0329	-0.0196	0.1211	-0.0063	0.0957	-16.2306	-41.7803	8.1587

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 83 through 105 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 106 through 180 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 181 through 230 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 231 through 301 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 83 through 105 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 106 through 144 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 145 through 180 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 181 through 230 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 231 through 272 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 273 through 301 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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