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万見
- SASDDG6: Photoreceptor sensory box 1 dark-state (SB1-LOV-R66I) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDG6
試料Photoreceptor sensory box 1 dark-state (SB1-LOV-R66I)
  • Sensory box protein dark-state (protein), Pseudomonas putida (strain ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440)
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensory box protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (strain ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440) (バクテリア)
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2018
タイトル: Small-angle X-ray scattering study of the kinetics of light-dark transition in a LOV protein.
著者: Katrin Röllen / Joachim Granzin / Renu Batra-Safferling / Andreas Maximilian Stadler /
要旨: Light, oxygen, voltage (LOV) photoreceptors consist of conserved photo-responsive domains in bacteria, archaea, plants and fungi, and detect blue-light via a flavin cofactor. We investigated the blue- ...Light, oxygen, voltage (LOV) photoreceptors consist of conserved photo-responsive domains in bacteria, archaea, plants and fungi, and detect blue-light via a flavin cofactor. We investigated the blue-light induced conformational transition of the dimeric photoreceptor PpSB1-LOV-R66I from Pseudomonas putida in solution by using small-angle X-ray scattering (SAXS). SAXS experiments of the fully populated light- and dark-states under steady-state conditions revealed significant structural differences between the two states that are in agreement with the known structures determined by crystallography. We followed the transition from the light- to the dark-state by using SAXS measurements in real-time. A two-state model based on the light- and dark-state conformations could describe the measured time-course SAXS data with a relaxation time τREC of ~ 34 to 35 min being larger than the recovery time found with UV/vis spectroscopy. Unlike the flavin chromophore-based UV/vis method that is sensitive to the local chromophore environment in flavoproteins, SAXS-based assay depends on protein conformational changes and provides with an alternative to measure the recovery kinetics.
登録者
  • Andreas Stadler (Forschungszentrum Jülich)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1986
タイプ: dummy / ソフトウェア: (2.8.3) / ダミー原子の半径: 2.00 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 0.833
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モデル #1975
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.049 / P-value: 0.000001
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モデル #1981
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.049 / P-value: 0.000001
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モデル #1982
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.049 / P-value: 0.000001
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モデル #1983
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.049 / P-value: 0.000001
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モデル #1984
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.049 / P-value: 0.000001
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モデル #1985
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.049 / P-value: 0.000001
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モデル #1996
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 4.38
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試料

試料名称: Photoreceptor sensory box 1 dark-state (SB1-LOV-R66I)
試料濃度: 2.50-6.10
バッファ名称: 10mM Tris, 10 mM NaCl / pH: 7
要素 #1061タイプ: protein / 記述: Sensory box protein dark-state / 分子量: 18.588 / 分子数: 2
由来: Pseudomonas putida (strain ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440)
参照: UniProt: Q88E39
配列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MINAQLLQSM VDASNDGIVV AEKEGDDTIL IYVNAAFEYL TGYSRDEILY QDCRFLQGDD RDQLGRARIR KAMAEGRPCR EVLRNYRKDG SAFWNELSIT PVKSDFDQRT YFIGIQKDVS RQVELERELA ELRARPKPDE RA

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.099 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.867 mm
検出器名称: Pilatus 1M / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Photoreceptor sensory box 1 dark-state (SB1-LOV-R66I)
測定日: 2014年12月2日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1074 4.9693
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 612 /
MinMax
Q0.225707 3.11828
P(R) point1 612
R0 7.95
結果
カーブのタイプ: merged
実験値StandardStandard errorPorod
分子量37.4 kDa42.23 kDa0.029 33.4 kDa
体積---56.83 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I041.92 42.23 0.029
慣性半径, Rg 2.543 nm2.56 nm0.01

MinMax
D-7.95
Guinier point26 84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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