PDB-5b7d: OxyR2 E204G mutant regulatory domain from Vibrio vulnificus (sulf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5b7d

タイトル

OxyR2 E204G mutant regulatory domain from Vibrio vulnificus (sulfate-bound)

要素

LysR family transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / LysR-type transcription regulator / LTTR / OxyR / H2O2

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Jo, I. / Ha, N.-C.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The hydrogen peroxide hypersensitivity of OxyR2 in Vibrio vulnificus depends on conformational constraints
著者: Jo, I. / Kim, D. / Bang, Y.-J. / Ahn, J. / Choi, S.H. / Ha, N.-C.

履歴

登録	2016年6月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月10日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5b7d.cif.gz	197.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5b7d.ent.gz	156.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5b7d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5b7d_validation.pdf.gz	452.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5b7d_full_validation.pdf.gz	455.4 KB	表示
XML形式データ	5b7d_validation.xml.gz	24.9 KB	表示
CIF形式データ	5b7d_validation.cif.gz	38.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/5b7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/5b7d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5b70C 5x0qC 5x0vC 5b6u PDB 未公開エントリS 5b7h C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5b7h-1 5b7h-2 5x0v-1 5x0q-1 5x0q-2 1984 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LysR family transcriptional regulator

B: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

A: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

B: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.705, 137.238, 96.655
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	LysR family transcriptional regulator / OxyR2 分子量: 24075.781 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 86-301 / 変異: E204G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: MO6-24/O / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A087I947
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 680 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate (pH 5.6), 11% PEG 4000, 2mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→50 Å / Num. obs: 74251 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.8 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 31.39
反射シェル	解像度: 1.52→1.55 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5B6U

5b6u
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.52→19.756 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 15.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1831	3644	5 %
R_work	0.1573	-	-
obs	0.1586	72860	97.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→19.756 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3288	0	15	680	3983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3520
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.964	4807
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.03	3331
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	570
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	633

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5201-1.5401	0.2269	110	0.2012	2026	X-RAY DIFFRACTION	76
1.5401-1.5612	0.2402	95	0.2081	2377	X-RAY DIFFRACTION	87
1.5612-1.5835	0.232	139	0.2079	2520	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5835-1.6071	0.2301	131	0.2052	2564	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6071-1.6322	0.2371	133	0.2071	2660	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6322-1.659	0.244	155	0.1959	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
1.659-1.6876	0.2398	122	0.1897	2678	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6876-1.7182	0.1961	150	0.1825	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7182-1.7513	0.2191	136	0.1823	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7513-1.787	0.1952	143	0.1853	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.787-1.8258	0.2099	148	0.1741	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8258-1.8683	0.2044	139	0.1678	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8683-1.9149	0.1869	145	0.1532	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9149-1.9667	0.1729	145	0.1544	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9667-2.0245	0.1657	139	0.1509	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0245-2.0898	0.1937	159	0.1507	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0898-2.1644	0.1726	147	0.1422	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1644-2.2509	0.1641	156	0.1406	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2509-2.3532	0.1663	127	0.1445	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3532-2.477	0.1626	136	0.147	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.477-2.6319	0.1966	164	0.1522	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6319-2.8346	0.1752	164	0.1574	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8346-3.1188	0.176	145	0.1524	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1188-3.5678	0.1675	150	0.1466	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5678-4.4864	0.1488	139	0.1322	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4864-19.7575	0.1878	127	0.1547	2917	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7851	-2.0078	0.9715	0.8666	-0.4128	0.2009	0.0975	0.4556	0.2191	-0.0063	-0.15	-0.1929	0.0113	0.173	0.0364	0.0891	-0.0189	0.0016	0.1757	0.0242	0.1463	26.9473	-6.3407	16.951
2	1.1391	0.2109	-0.026	0.4157	-0.0427	0.8114	-0.02	0.0001	0.0005	-0.047	0.002	0.0021	-0.0477	0.048	0.0181	0.0957	-0.0019	0.0014	0.0658	-0.0049	0.0613	6.6268	-5.9872	13.1672
3	1.4392	-0.8253	0.1006	0.9423	0.0161	3.0833	0.0324	0.1486	-0.1544	-0.0831	-0.0283	0.1741	-0.1517	-0.3159	0.0433	0.0931	0.0137	-0.0244	0.1118	-0.0004	0.1077	-16.0707	-4.9715	11.0065
4	0.8294	0.226	-0.4252	0.5138	-0.2402	0.6911	-0.0539	0.0876	-0.0678	-0.0836	0.0075	-0.0425	0.0279	-0.0179	0.0473	0.0988	-0.0036	-0.0077	0.0828	-0.0099	0.0664	0.658	-10.6359	11.8419
5	3.5781	-1.7892	0.1018	0.897	-0.0521	-0.0022	0.0746	0.3096	-0.4198	0.0167	-0.0987	0.21	-0.0155	-0.1681	-0.0209	0.0989	-0.0295	0.012	0.2237	-0.0471	0.1759	-28.0709	-41.5099	17.3913
6	1.121	0.4647	-0.1101	0.6907	-0.0404	0.9281	-0.0512	0.071	-0.0259	-0.0613	0.0307	0.0227	0.0943	-0.1067	0.022	0.0824	-0.0144	-0.0019	0.0856	-0.0103	0.0745	-8.3486	-41.9069	14.1991
7	2.8461	-0.635	-0.9689	0.2482	-0.2553	2.9015	0.0795	0.0946	-0.018	-0.0869	-0.0536	-0.0513	0.1443	0.2491	0.0311	0.1228	0.0313	0.0346	0.1022	-0.0136	0.1067	14.5207	-42.82	9.3607
8	1.1991	0.3488	0.2435	0.6774	0.0811	0.7141	-0.0385	0.1497	0.0562	-0.0738	0.0082	0.0717	0.0646	-0.0292	0.0309	0.0694	-0.0061	0.0083	0.0786	0.0016	0.0573	-2.1421	-37.1421	11.8548

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 83 through 105 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 106 through 180 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 181 through 230 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 231 through 301 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 83 through 105 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 106 through 180 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 181 through 230 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 231 through 301 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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