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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5b7b | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Nucleoprotein-nucleozin complex | ||||||||||||
![]() | Nucleoprotein | ||||||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / influenza nucleoprotein / nucleozin | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Pang, B. / Zhang, W.Z. / Zhang, H.M. / Hao, Q. | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Characterization of H1N1 Nucleoprotein-Nucleozin Binding Sites 著者: Pang, B. / Cheung, N.N. / Zhang, W.Z. / Dai, J. / Kao, R.Y. / Zhang, H.M. / Hao, Q. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 491.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 404.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2iqhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 21 - 489 / Label seq-ID: 21 - 489
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56454.793 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: A/Wilson-Smith/1933 H1N1 / 遺伝子: NP / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.05 M magnesium acetate, 0.1 M MES, 7% PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月15日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97916 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 55848 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/av σ(I): 16.094 / Net I/σ(I): 9.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2IQH 解像度: 3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 21.35 / SU ML: 0.374 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.505 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 189.43 Å2 / Biso mean: 75.76 Å2 / Biso min: 34.83 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
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