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- PDB-5b7b: Crystal structure of Nucleoprotein-nucleozin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b7b
タイトルCrystal structure of Nucleoprotein-nucleozin complex
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / influenza nucleoprotein / nucleozin
機能・相同性
機能・相同性情報


negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NUZ / Nucleoprotein / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Pang, B. / Zhang, W.Z. / Zhang, H.M. / Hao, Q.
資金援助 中国, 香港, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31370739 中国
Research Grants Council of Hong Kong,766412 香港
Shenzhen governmentZDSYS20140509142721429 中国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural Characterization of H1N1 Nucleoprotein-Nucleozin Binding Sites
著者: Pang, B. / Cheung, N.N. / Zhang, W.Z. / Dai, J. / Kao, R.Y. / Zhang, H.M. / Hao, Q.
履歴
登録2016年6月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2016年7月6日ID: 4X9A
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
E: Nucleoprotein
F: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,5828
ポリマ－338,7296
非ポリマー8542
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.021, 121.557, 195.541
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.790, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22C
13E
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 21 - 489 / Label seq-ID: 21 - 489

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21DD
12BB
22CC
13EE
23FF

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.999988, 0.000477, -0.004803), (0.000479, -1, 0.000403), (-0.004803, -0.000406, -0.999988)0.18321, 75.250099, 97.608643
3given(1), (1), (1)
4given(0.999997, 4.9E-5, -0.002566), (4.6E-5, -1, -0.00087), (-0.002566, 0.00087, -0.999996)-0.01392, 75.329033, 97.700737
5given(1), (1), (1)
6given(0.999998, -0.000652, -0.001801), (-0.000653, -1, -0.000254), (-0.0018, 0.000255, -0.999998)-0.06043, 75.226967, 97.650864

-
要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein


分子量: 56454.793 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Wilson-Smith/1933(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Wilson-Smith/1933 H1N1 / 遺伝子: NP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1K9H2, UniProt: P15682*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NUZ / [4-(2-chloro-4-nitrophenyl)piperazin-1-yl](5-methyl-3-phenyl-1,2-oxazol-4-yl)methanone / nucleozin


分子量: 426.853 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H19ClN4O4
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.05 M magnesium acetate, 0.1 M MES, 7% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 55848 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/av σ(I): 16.094 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
3-3.113.40.557194.6
3.11-3.233.40.384193.5
3.23-3.383.30.27193.6
3.38-3.563.30.185192.7
3.56-3.783.30.116192.8
3.78-4.073.20.08191.6
4.07-4.483.20.059189.6
4.48-5.133.10.057189.1
5.13-6.463.30.061194.5
6.46-503.20.033190.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0151精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IQH

2iqh


解像度: 3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 21.35 / SU ML: 0.374 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.505 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2623 2824 5.1 %RANDOM
Rwork0.2001 ---
obs0.2032 52949 92.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 189.43 Å2 / Biso mean: 75.76 Å2 / Biso min: 34.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.38 Å20 Å21.51 Å2
2---1.07 Å20 Å2
3----2.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19894 0 60 0 19954
Biso mean--119.43 --
残基数----2533
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01920274
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4741.95927263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.18452499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.17922.104946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.494153635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.27515260
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.22982
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02115289
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2557.32310098
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.89310.9712563
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6847.71810173
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1614LOOSE POSITIONAL0.025
1A1676TIGHT THERMAL2.70.5
1A1614LOOSE THERMAL2.9710
2B1625LOOSE POSITIONAL0.025
2B1692TIGHT THERMAL2.730.5
2B1625LOOSE THERMAL3.1610
3E1618LOOSE POSITIONAL0.035
3E1684TIGHT THERMAL2.630.5
3E1618LOOSE THERMAL3.2610
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 229 -
Rwork0.3 3912 -
all-4141 -
obs--92.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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