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- PDB-5b6e: Crystal Structure of cytidine monophosphate hydroxymethylase MilA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b6e
タイトルCrystal Structure of cytidine monophosphate hydroxymethylase MilA with hmCMP
要素CMP 5-hydroxymethylase
キーワードTRANSFERASE / hydroxymethylase
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5HM / CMP 5-hydroxymethylase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rimofaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gong, Z. / Wu, G. / He, X.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural basis of the substrate preference towards CMP for a thymidylate synthase MilA involved in mildiomycin biosynthesis
著者: Zhao, G. / Chen, C. / Xiong, W. / Gao, T. / Deng, Z. / Wu, G. / He, X.
履歴
登録2016年5月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CMP 5-hydroxymethylase
B: CMP 5-hydroxymethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7634
ポリマ－73,0562
非ポリマー7062
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area23280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.323, 109.323, 112.867
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 CMP 5-hydroxymethylase / cytidine monophosphate hydroxymethylase


分子量: 36528.031 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 5-329 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces rimofaciens (バクテリア)
遺伝子: milA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4Y380
#2: 化合物 ChemComp-5HM / 5-(hydroxymethyl)cytidine 5'-(dihydrogen phosphate) / 5-hydroxymethylcytidine 5'-monophosphate


タイプ: RNA linking / 分子量: 353.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N3O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate trihydrate(pH 6.5), 1.4 M sodium acetate trihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 68810 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JNH

5jnh


解像度: 1.8→49.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.143 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2075 3515 4.9 %RANDOM
Rwork0.1872 ---
obs0.1881 68810 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 50.17 Å2 / Biso mean: 22.571 Å2 / Biso min: 13.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å2-0.1 Å2-0 Å2
2---0.1 Å2-0 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→49.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5089 0 46 201 5336
Biso mean--19.34 25.23 -
残基数----637
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0195279
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9841.9417189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.698311109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0855633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.36821.913277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.63615769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7171563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6031.8832546
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6031.8832547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0362.8193173
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 249 -
Rwork0.221 5043 -
all-5292 -
obs--98.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2575-0.14580.00450.2772-0.03460.11890.00540.01490.0206-0.02470.00830.013-0.02570.0147-0.01380.0337-0.0149-0.00680.00830.00360.0194-14.660570.1768125.0072
20.2971-0.21720.03950.5034-0.13440.0466-0.0218-0.025-0.0592-0.04150.02060.02550.02060.00710.00120.03210.00290.01020.01750.00650.01543.525138.6504132.1501
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 329
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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