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万見
- PDB-5b68: Crystal structure of apo amylomaltase from Corynebacterium glutamicum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b68
タイトルCrystal structure of apo amylomaltase from Corynebacterium glutamicum
要素4-alpha-glucanotransferase4-α-グルカノトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / (beta/alpha)8-barrel
機能・相同性Glycoside hydrolase, family 77 / 4-α-グルカノトランスフェラーゼ / 4-α-グルカノトランスフェラーゼ / 4-alpha-glucanotransferase activity / beta-maltose 4-alpha-glucanotransferase activity / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / 4-α-グルカノトランスフェラーゼ / 4-α-グルカノトランスフェラーゼ
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Joo, S. / Kim, S. / Kim, K.-J.
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Amylomaltase from Corynebacterium glutamicum.
著者: Joo, S. / Kim, S. / Seo, H. / Kim, K.J.
履歴
登録2016年5月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-alpha-glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,93413
ポリマ－79,6761
非ポリマー1,25812
水10,665592
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.044, 83.251, 124.821
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 4-alpha-glucanotransferase / 4-α-グルカノトランスフェラーゼ / Amylomaltase / Disproportionating enzyme


分子量: 79676.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0R7P4S4, UniProt: Q8NNA7*PLUS, 4-α-グルカノトランスフェラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス / Bis-tris methane


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Ammonium sulfate, Bis-tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 81053 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/av σ(I): 34.725 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.7-1.732.90.298190.7
1.73-1.7630.294191.5
1.76-1.793.20.278192.2
1.79-1.833.40.263192.2
1.83-1.873.60.234192.9
1.87-1.913.80.217194
1.91-1.964.10.192195.7
1.96-2.024.50.17196.1
2.02-2.074.80.153197.6
2.07-2.1450.137197.6
2.14-2.225.30.12197.7
2.22-2.315.30.107197.6
2.31-2.415.60.097197.7
2.41-2.545.70.089198.3
2.54-2.75.90.079198.3
2.7-2.916.20.073198.6
2.91-3.26.40.065199.4
3.2-3.666.80.058199.5
3.66-4.616.80.053199.4
4.616.10.055196.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JJH

5jjh


解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.671 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.107 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 3971 4.9 %RANDOM
Rwork0.1809 ---
obs0.1994 77043 96.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.2 Å2 / Biso mean: 30.509 Å2 / Biso min: 14.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.14 Å2-0 Å20 Å2
2--0.63 Å2-0 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5511 0 71 592 6174
Biso mean--56.61 36.93 -
残基数----703
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0195720
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025313
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8631.9677797
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.068312211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5465706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.94523.922283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.88915903
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0491550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0216525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021305
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6822.8032821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6832.8022820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7874.1913528
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 260 -
Rwork0.321 5203 -
all-5463 -
obs--89.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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