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- PDB-5b5z: Crystal structure of PtLCIB4 H88A mutant, a homolog of the limiti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b5z
タイトルCrystal structure of PtLCIB4 H88A mutant, a homolog of the limiting CO2-inducible protein LCIB
要素PtLCIB4 H88A mutant
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / metalloenzyme
機能・相同性Limiting CO2-inducible protein B/C, beta carbonyic anhydrase domain / Limiting CO2-inducible proteins B/C beta carbonyic anhydrases / metal ion binding / Limiting CO2-inducible protein B/C beta carbonyic anhydrase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Phaeodactylum tricornutum (海洋性珪藻)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Jin, S. / Sun, J. / Wunder, T. / Tang, D. / Mueller-Caja, O.M. / Gao, Y.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Singapore National Research FoundationNRF-RF2009-RF001-267 シンガポール
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016
タイトル: Structural insights into the LCIB protein family reveals a new group of beta-carbonic anhydrases
著者: Jin, S. / Sun, J. / Wunder, T. / Tang, D. / Cousins, A.B. / Sze, S.K. / Mueller-Cajar, O. / Gao, Y.G.
履歴
登録2016年5月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年10月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PtLCIB4 H88A mutant
B: PtLCIB4 H88A mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6124
ポリマ－60,4822
非ポリマー1312
水6,071337
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.079, 48.124, 59.922
Angle α, β, γ (deg.)76.77, 87.96, 86.05
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 PtLCIB4 H88A mutant


分子量: 30240.807 Da / 分子数: 2 / 変異: H88A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phaeodactylum tricornutum (海洋性珪藻)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7FR29*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The sequence database of this protein is BAV00141 in GenBank. The residues (-12)-1 are N-terminal ...The sequence database of this protein is BAV00141 in GenBank. The residues (-12)-1 are N-terminal expression tags. This structure is H88A mutant.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.74 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 200 mM sodium acetate trihydrate, 100 mM Tris, 27% w/v PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→47.96 Å / Num. obs: 68811 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B5Y

5b5y


解像度: 1.6→47.955 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2072 3304 5.05 %
Rwork0.1792 --
obs0.1806 65411 95.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3572 0 2 337 3911
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073647
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1094939
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.131293
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041553
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005646
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.62290.24731520.20592450X-RAY DIFFRACTION92
1.6229-1.64710.29571360.20532583X-RAY DIFFRACTION95
1.6471-1.67280.26531240.20772601X-RAY DIFFRACTION95
1.6728-1.70030.26211530.20742589X-RAY DIFFRACTION95
1.7003-1.72960.26111240.22092590X-RAY DIFFRACTION95
1.7296-1.7610.2621400.21182593X-RAY DIFFRACTION96
1.761-1.79490.28121310.20982619X-RAY DIFFRACTION96
1.7949-1.83150.24591510.20632617X-RAY DIFFRACTION96
1.8315-1.87140.23191420.19572615X-RAY DIFFRACTION96
1.8714-1.91490.23031320.19242604X-RAY DIFFRACTION96
1.9149-1.96280.2181500.19522580X-RAY DIFFRACTION96
1.9628-2.01590.21541260.18642669X-RAY DIFFRACTION96
2.0159-2.07520.21951380.19312618X-RAY DIFFRACTION96
2.0752-2.14220.20361370.18872618X-RAY DIFFRACTION97
2.1422-2.21870.21731250.18312651X-RAY DIFFRACTION97
2.2187-2.30750.2031450.18712610X-RAY DIFFRACTION96
2.3075-2.41260.20381490.18892614X-RAY DIFFRACTION96
2.4126-2.53980.22931290.18952596X-RAY DIFFRACTION95
2.5398-2.69890.19051550.19062596X-RAY DIFFRACTION96
2.6989-2.90720.23741410.18442573X-RAY DIFFRACTION95
2.9072-3.19970.19621430.17072545X-RAY DIFFRACTION93
3.1997-3.66260.19851410.16092481X-RAY DIFFRACTION91
3.6626-4.61390.14731210.14932554X-RAY DIFFRACTION93
4.6139-47.97630.19821190.16742541X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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