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万見
- PDB-5b4s: Crystal Structure of GH80 chitosanase from Mitsuaria chitosanitabida -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b4s
タイトルCrystal Structure of GH80 chitosanase from Mitsuaria chitosanitabida
要素Chitosanase
キーワードHYDROLASE / CHITOSANASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / CHITOSAN
機能・相同性
機能・相同性情報


chitosanase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 80, chitosanase / Glycosyl hydrolase family 80 of chitosanase A / Chitosanases families 46 and 80 active sites signature. / Glycoside hydrolase, family 46 / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mitsuaria chitosanitabida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Kumasaka, T. / Yorinaga, Y. / Yamamoto, M. / Hamada, K. / Kawamukai, M.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of a family 80 chitosanase from Mitsuaria chitosanitabida
著者: Yorinaga, Y. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Hamada, K. / Kawamukai, M.
履歴
登録2016年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitosanase
B: Chitosanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3712
ポリマ－71,3712
非ポリマー00
水12,250680
1
A: Chitosanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6861
ポリマ－35,6861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chitosanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6861
ポリマ－35,6861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.879, 56.366, 207.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Chitosanase


分子量: 35685.641 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 81-391 / 変異: T128V / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Expression tag "MRGSHHHHHHTDPH" was attached to the N-terminus of the mature protein. Since the UniProt O82856 entry includes pre-pro sequence (1-80), the mature protein starts at 81th Ala residue.
由来: (組換発現) Mitsuaria chitosanitabida (バクテリア)
遺伝子: choA / プラスミド: pQE31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: O82856
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 680 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, ammonium sulphate, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1.02 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年2月8日
放射モノクロメーター: Diamond (400) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.02 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→43.66 Å / Num. obs: 61905 / % possible obs: 99.26 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 14.67 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 23.74
反射 シェル解像度: 1.75→1.812 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 12.38 / % possible all: 98.65

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→43.659 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 16.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1917 3150 5.09 %
Rwork0.1596 --
obs0.1612 61904 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→43.659 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4712 0 0 680 5392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064870
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0376627
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3481729
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069717
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005866
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.77610.21411370.16822509X-RAY DIFFRACTION99
1.7761-1.80390.21191230.16342490X-RAY DIFFRACTION99
1.8039-1.83350.21571430.16662488X-RAY DIFFRACTION99
1.8335-1.86510.20261410.17142520X-RAY DIFFRACTION99
1.8651-1.8990.25311340.16892492X-RAY DIFFRACTION99
1.899-1.93550.21991350.16282528X-RAY DIFFRACTION99
1.9355-1.9750.20691370.15682504X-RAY DIFFRACTION99
1.975-2.0180.19361370.15932529X-RAY DIFFRACTION99
2.018-2.06490.21371280.16362539X-RAY DIFFRACTION99
2.0649-2.11650.18911580.16022461X-RAY DIFFRACTION99
2.1165-2.17380.18061290.152585X-RAY DIFFRACTION99
2.1738-2.23770.19691460.1472495X-RAY DIFFRACTION99
2.2377-2.30990.19581570.1522523X-RAY DIFFRACTION99
2.3099-2.39250.19761420.14872547X-RAY DIFFRACTION100
2.3925-2.48830.17141040.16042580X-RAY DIFFRACTION99
2.4883-2.60150.19231400.162564X-RAY DIFFRACTION100
2.6015-2.73870.20281340.17172581X-RAY DIFFRACTION100
2.7387-2.91020.19341390.16862549X-RAY DIFFRACTION100
2.9102-3.13490.17371450.16862571X-RAY DIFFRACTION100
3.1349-3.45020.19191480.16862599X-RAY DIFFRACTION99
3.4502-3.94920.18141460.15922590X-RAY DIFFRACTION100
3.9492-4.97440.16011060.13672695X-RAY DIFFRACTION100
4.9744-43.67270.19031410.16622815X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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