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万見
- PDB-5b4i: Crystal structure of I86D mutant of phycocyanobilin:ferredoxin ox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b4i
タイトルCrystal structure of I86D mutant of phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase in complex with biliverdin (data 2)
要素Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Photosynthesis pigment / heme metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase / phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase activity / phytochromobilin:ferredoxin oxidoreductase activity / phytochromobilin biosynthetic process / cobalt ion binding
類似検索 - 分子機能
Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase / oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase - #20 / Ferredoxin-dependent bilin reductase / Ferredoxin-dependent bilin reductase / oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.11 Å
データ登録者Hagiwara, Y. / Wada, K. / Irikawa, T. / Unno, M. / Fukuyama, K. / Sugishima, M.
資金援助 日本, 7件
組織認可番号国
JSPS20370037 日本
JSPS22770096 日本
JSPS23370052 日本
JSPS24570122 日本
JSPS24870030 日本
JSPS25840026 日本
MEXT, Program to Disseminate Tenura Tracking 日本
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2016
タイトル: Atomic-resolution structure of the phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase I86D mutant in complex with fully protonated biliverdin
著者: Hagiwara, Y. / Wada, K. / Irikawa, T. / Sato, H. / Unno, M. / Yamamoto, K. / Fukuyama, K. / Sugishima, M.
履歴
登録2016年4月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7412
ポリマ－28,1581
非ポリマー5831
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.833, 95.691, 42.398
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-715-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase


分子量: 28158.086 Da / 分子数: 1 / 変異: I86D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / 遺伝子: pcyA / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q55891, phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
#2: 化合物 ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: sodium citrate, sodium chloride, Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→56.94 Å / Num. obs: 114063 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.1→1.15 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4QCD

4qcd


解像度: 1.11→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1525 --RANDOM
Rwork0.1268 ---
all-108124 --
obs-108124 99.5 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 39 / Occupancy sum non hydrogen: 2304.9
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.11→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2056 0 43 358 2457
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.0169
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.0336
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.0977
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.0966
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.0376
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.0544
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.1675

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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