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- PDB-5b4e: Sulfur Transferase TtuA in complex with iron sulfur cluster and A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b4e
タイトルSulfur Transferase TtuA in complex with iron sulfur cluster and ATP derivative
要素Sulfur Transferase TtuA
キーワードTRANSFERASE / sulfur transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-5-methyluridine54 2-sulfurtransferase / cytosolic tRNA wobble base thiouridylase complex / tRNA wobble position uridine thiolation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / transferase activity / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytoplasmic tRNA 2-thiolation protein 1 / tRNA thiolation protein, TtcA/Ctu1 type / tRNA(Ile)-lysidine/2-thiocytidine synthase, N-terminal / PP-loop family / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / ISOPROPYL ALCOHOL / IRON/SULFUR CLUSTER / tRNA-5-methyluridine(54) 2-sulfurtransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.698 Å
データ登録者Chen, M. / Narai, S. / Tanaka, Y. / Yao, M.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Biochemical and structural characterization of oxygen-sensitive 2-thiouridine synthesis catalyzed by an iron-sulfur protein TtuA
著者: Chen, M. / Asai, S.I. / Narai, S. / Nambu, S. / Omura, N. / Sakaguchi, Y. / Suzuki, T. / Ikeda-Saito, M. / Watanabe, K. / Yao, M. / Shigi, N. / Tanaka, Y.
履歴
登録2016年4月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22017年5月24日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfur Transferase TtuA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,93412
ポリマ－37,3091
非ポリマー1,62511
水70339
1
A: Sulfur Transferase TtuA
ヘテロ分子

A: Sulfur Transferase TtuA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,86924
ポリマ－74,6192
非ポリマー3,25022
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area6460 Å2
ΔGint-204 kcal/mol
Surface area30180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.911, 92.911, 266.854
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sulfur Transferase TtuA / tRNA sulfur transferase / Veg136 protein


分子量: 37309.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: TT_C0106 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72LF3

-
非ポリマー , 6種, 50分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M sodium acetate (pH 3.8-5.6), 30-60%(v/v) 1,2-propanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.35 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.35 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.698→46.5 Å / Num. obs: 35452 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.74 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.698→2.86 Å / 冗長度: 7.62 % / Rmerge(I) obs: 0.721 / Mean I/σ(I) obs: 2.74 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.698→46.455 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.79
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 982 5 %
Rwork0.2156 --
obs0.2167 19640 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.698→46.455 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2399 0 75 39 2513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092521
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9643406
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.624961
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047368
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004424
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.698-2.84020.30541380.26812566X-RAY DIFFRACTION99
2.8402-3.01810.27871360.23362603X-RAY DIFFRACTION100
3.0181-3.25110.22981350.21652607X-RAY DIFFRACTION100
3.2511-3.57820.23321400.19842640X-RAY DIFFRACTION100
3.5782-4.09570.19191400.19592645X-RAY DIFFRACTION100
4.0957-5.15910.2361430.20812715X-RAY DIFFRACTION100
5.1591-46.46240.24991500.22972882X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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