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- PDB-5b2d: Crystal structure of Mumps virus hemagglutinin-neuraminidase boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b2d
タイトルCrystal structure of Mumps virus hemagglutinin-neuraminidase bound to 3-sialyllactose
要素HN protein
キーワードVIRAL PROTEIN / glycoprotein / beta-propeller / receptor binding / sugar
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase activity / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-sialyl-alpha-lactose / HN protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mumps virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.177 Å
データ登録者Kubota, M. / Takeuchi, K. / Watanabe, S. / Ohno, S. / Matsuoka, R. / Kohda, D. / Hiramatsu, H. / Suzuki, Y. / Nakayama, T. / Terada, T. ...Kubota, M. / Takeuchi, K. / Watanabe, S. / Ohno, S. / Matsuoka, R. / Kohda, D. / Hiramatsu, H. / Suzuki, Y. / Nakayama, T. / Terada, T. / Shimizu, K. / Shimizu, N. / Yanagi, Y. / Hashiguchi, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Trisaccharide containing alpha 2,3-linked sialic acid is a receptor for mumps virus
著者: Kubota, M. / Takeuchi, K. / Watanabe, S. / Ohno, S. / Matsuoka, R. / Kohda, D. / Nakakita, S.I. / Hiramatsu, H. / Suzuki, Y. / Nakayama, T. / Terada, T. / Shimizu, K. / Shimizu, N. / ...著者: Kubota, M. / Takeuchi, K. / Watanabe, S. / Ohno, S. / Matsuoka, R. / Kohda, D. / Nakakita, S.I. / Hiramatsu, H. / Suzuki, Y. / Nakayama, T. / Terada, T. / Shimizu, K. / Shimizu, N. / Shiroishi, M. / Yanagi, Y. / Hashiguchi, T.
履歴
登録2016年1月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD ..._chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HN protein
B: HN protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,11115
ポリマ－108,5362
非ポリマー3,57513
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7950 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area32360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.875, 136.875, 177.274
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 HN protein / Hemagglutinin-neuraminidase


分子量: 54267.961 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 106-582 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mumps virus (ウイルス) / 株: Hoshino / 遺伝子: HN / 細胞株 (発現宿主): 293SGnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9WAF5, exo-alpha-sialidase
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / 3'-sialyl-alpha-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 633.552 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 3'-sialyl-alpha-lactose
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: sodium acetate, ammonium sulfate, glycerol, 3-sialyllactose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.177→177.274 Å / Num. obs: 98249 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.177→2.184 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 1.083 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
autoPROCdata processing
XDSdata processing
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1E8V

1e8v


解像度: 2.177→118.537 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.98 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1906 4907 5 %
Rwork0.1765 --
obs0.1783 98172 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.177→118.537 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7036 0 231 234 7501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067490
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10910250
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4952568
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.191190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051296
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1771-2.21470.27632500.24484641X-RAY DIFFRACTION95
2.2147-2.25490.25392520.23864629X-RAY DIFFRACTION95
2.2549-2.29830.29142360.24044643X-RAY DIFFRACTION95
2.2983-2.34520.21272370.22854686X-RAY DIFFRACTION95
2.3452-2.39620.23522270.2284651X-RAY DIFFRACTION95
2.3962-2.4520.24122440.2214673X-RAY DIFFRACTION95
2.452-2.51330.23272400.20684655X-RAY DIFFRACTION95
2.5133-2.58120.20852670.20984634X-RAY DIFFRACTION95
2.5812-2.65720.2062150.20074663X-RAY DIFFRACTION96
2.6572-2.74290.19872570.19544673X-RAY DIFFRACTION95
2.7429-2.8410.21032430.18714651X-RAY DIFFRACTION95
2.841-2.95470.19572530.18324627X-RAY DIFFRACTION95
2.9547-3.08920.18452350.17774691X-RAY DIFFRACTION95
3.0892-3.2520.19342440.18124682X-RAY DIFFRACTION95
3.252-3.45580.18642790.16664607X-RAY DIFFRACTION94
3.4558-3.72250.17732330.15914679X-RAY DIFFRACTION95
3.7225-4.09710.16772580.15424668X-RAY DIFFRACTION95
4.0971-4.68960.1562560.13854674X-RAY DIFFRACTION95
4.6896-5.90740.17162330.1464707X-RAY DIFFRACTION95
5.9074-56.2290.18042460.17914728X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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