[日本語] English
万見
- PDB-6jjm: Crystal structure of Mumps virus hemagglutinin-neuraminidase boun... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jjm
タイトルCrystal structure of Mumps virus hemagglutinin-neuraminidase bound to the oligosaccharide portion of the GM2 ganglioside
要素HN protein
キーワードVIRAL PROTEIN / glycoprotein / beta-propeller / receptor binding / sugar
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin-neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mumps rubulavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.049 Å
データ登録者Kubota, M. / Matsuoka, R. / Suzuki, T. / Yonekura, K. / Yanagi, Y. / Hashiguchi, T.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18fk0108014h 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)24115005 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)17H05820 日本
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2019
タイトル: Molecular Mechanism of the Flexible Glycan Receptor Recognition by Mumps Virus.
著者: Kubota, M. / Matsuoka, R. / Suzuki, T. / Yonekura, K. / Yanagi, Y. / Hashiguchi, T.
履歴
登録2019年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HN protein
B: HN protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,98414
ポリマ－108,5362
非ポリマー4,44812
水8,413467
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10610 Å2
ΔGint30 kcal/mol
Surface area31790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.257, 137.257, 178.009
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HN protein / Hemagglutinin-neuraminidase


分子量: 54267.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mumps rubulavirus (ウイルス) / 遺伝子: HN / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9WAF5

-
糖 , 3種, 10分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 836.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3[DGlcpNAcb1-4]DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-4/a4-b1_b3-c2_b4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 469分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: sodium acetate, ammonium sulfate, glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.049→44.94 Å / Num. obs: 118595 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 21.1 % / Net I/σ(I): 29.4
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.049→44.928 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 5877 4.96 %
Rwork0.183 --
obs0.1839 118595 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.049→44.928 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7342 0 10 467 7819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037578
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79610392
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.644428
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511210
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041304
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0488-2.07210.33181740.3013526X-RAY DIFFRACTION95
2.0721-2.09650.25561920.26363734X-RAY DIFFRACTION99
2.0965-2.1220.26482150.25183741X-RAY DIFFRACTION100
2.122-2.14890.2581780.22733760X-RAY DIFFRACTION100
2.1489-2.17720.23761980.21343767X-RAY DIFFRACTION100
2.1772-2.2070.23691980.20923723X-RAY DIFFRACTION100
2.207-2.23850.2292030.20113745X-RAY DIFFRACTION100
2.2385-2.27190.22711810.19853791X-RAY DIFFRACTION100
2.2719-2.30740.23062140.19773714X-RAY DIFFRACTION100
2.3074-2.34520.20761930.18553786X-RAY DIFFRACTION100
2.3452-2.38570.21441990.18973756X-RAY DIFFRACTION100
2.3857-2.42910.19921790.1863785X-RAY DIFFRACTION100
2.4291-2.47580.23761950.19073787X-RAY DIFFRACTION100
2.4758-2.52630.22372060.18743722X-RAY DIFFRACTION100
2.5263-2.58120.23651690.18893805X-RAY DIFFRACTION100
2.5812-2.64130.22581850.19383771X-RAY DIFFRACTION100
2.6413-2.70730.2041740.18563775X-RAY DIFFRACTION100
2.7073-2.78050.23592080.18913750X-RAY DIFFRACTION100
2.7805-2.86230.20831890.19133766X-RAY DIFFRACTION100
2.8623-2.95470.2321890.19193764X-RAY DIFFRACTION100
2.9547-3.06030.2361960.19353785X-RAY DIFFRACTION100
3.0603-3.18280.20871960.19393769X-RAY DIFFRACTION100
3.1828-3.32760.18732260.18183714X-RAY DIFFRACTION100
3.3276-3.50290.20871840.17643808X-RAY DIFFRACTION100
3.5029-3.72230.2011950.17453768X-RAY DIFFRACTION100
3.7223-4.00960.19132100.16573761X-RAY DIFFRACTION100
4.0096-4.41270.16092250.15963757X-RAY DIFFRACTION100
4.4127-5.05050.1642090.15543756X-RAY DIFFRACTION100
5.0505-6.36030.18691880.17143800X-RAY DIFFRACTION100
6.3603-44.93870.19142090.19533832X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3672-0.64370.0243.5475-0.41422.00360.1097-0.11740.26870.20050.06920.1334-0.4296-0.2368-0.17220.31230.01220.08810.2896-0.0140.261188.0322153.6994-10.9863
21.9764-0.19972.85225.1937-0.98734.8815-0.11890.8316-0.2393-0.41680.0011-0.69640.36480.54490.09150.3123-0.03660.0910.2935-0.0880.368299.4454141.6862-23.6991
31.13110.1329-0.09271.6335-0.38371.9623-0.01050.32660.0829-0.39820.12590.06480.0016-0.1247-0.12290.3337-0.01970.03660.37610.0140.322390.586150.1689-34.3196
41.6554-0.27980.1321.7223-0.64432.50630.08020.0520.3251-0.01920.0195-0.0143-0.42730.0157-0.09520.3435-0.04490.07240.2496-0.00810.378995.527160.4741-21.9064
52.5707-1.44480.18033.1618-0.38951.87810.00080.0981-0.2199-0.14390.0533-0.25450.38560.2421-0.0680.30110.02830.00660.288-0.06020.2964108.6113121.7439-12.59
66.0112-2.0648-0.52783.6943-2.60625.18430.0115-0.42680.80360.6577-0.01880.0817-0.77020.06390.04280.2894-0.01620.05620.3163-0.05480.3209102.7555137.23290.1157
71.7641-0.390.11611.224-0.40232.0641-0.0029-0.4743-0.07050.29920.0497-0.0490.0801-0.0132-0.05060.2876-0.023-0.00420.3382-0.03560.2664106.8973125.737510.7616
81.6686-0.22570.79841.79-0.41612.71490.0604-0.1357-0.04090.0837-0.0402-0.25150.13320.3484-0.02130.23060.0126-0.00590.396-0.03970.3607118.0882125.8676-1.8877
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 132 through 174 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 175 through 208 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 209 through 438 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 439 through 583 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 132 through 174 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 175 through 208 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 209 through 438 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 439 through 583 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る