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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5b1h | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cystathionine beta-synthase from Lactobacillus plantarum | ||||||
要素 | Cystathionine beta-synthase | ||||||
キーワード | LYASE / Enzyme / PLP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cystathionine beta-synthase / cystathionine beta-synthase activity / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / cysteine biosynthetic process from serine 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lactobacillus plantarum WCFS1 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Matoba, Y. / Sugiyama, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017 タイトル: Crystallographic and mutational analyses of cystathionine beta-synthase in the H2 S-synthetic gene cluster in Lactobacillus plantarum 著者: Matoba, Y. / Yoshida, T. / Izuhara-Kihara, H. / Noda, M. / Sugiyama, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5b1h.cif.gz | 249.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5b1h.ent.gz | 200.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5b1h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/5b1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/5b1h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33537.008 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum WCFS1 (バクテリア) 株: WCFS1 / 遺伝子: cbs, lp_0256 / プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: F9UT54, cystathionine beta-synthase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.06 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: lithium sulfate, hepes |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.39→100 Å / Num. obs: 62935 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 85 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2Q3D 解像度: 2.4→29.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3284001.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 69.557 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.4→29.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.39→2.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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