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- PDB-2q3d: 2.2 A Resolution Crystal Structure of O-Acetylserine Sulfhydrylas... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2q3d | ||||||
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Title | 2.2 A Resolution Crystal Structure of O-Acetylserine Sulfhydrylase (OASS) From MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS in Complex with the Reaction Intermediate ALPHA-AMINOACRYLATE | ||||||
![]() | Cysteine synthase A | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Mycobacterium tuberculosis / Pyridoxal-5'-phosphate / sulphur metabolism / cysteine biosynthesis / alpha-aminoacrylate intermediate | ||||||
Function / homology | ![]() Cysteine synthesis from O-acetylserine / cysteine synthase / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process / cysteine biosynthetic process from serine / pyridoxal phosphate binding / extracellular region / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schneider, G. / Schnell, R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Insights into Catalysis and Inhibition of O-Acetylserine Sulfhydrylase from Mycobacterium tuberculosis: CRYSTAL STRUCTURES OF THE ENZYME {alpha}-AMINOACRYLATE INTERMEDIATE AND AN ...Title: Structural Insights into Catalysis and Inhibition of O-Acetylserine Sulfhydrylase from Mycobacterium tuberculosis: CRYSTAL STRUCTURES OF THE ENZYME {alpha}-AMINOACRYLATE INTERMEDIATE AND AN ENZYME-INHIBITOR COMPLEX. Authors: Schnell, R. / Oehlmann, W. / Singh, M. / Schneider, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 74.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 55.9 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2q3bSC ![]() 2q3cC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Details | The OASS forms a dimer, the second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -y+1, -x+1, -z+1/2. |
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Components
#1: Protein | Mass: 33067.891 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P0A534, UniProt: P9WP55*PLUS, cysteine synthase |
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#2: Chemical | ChemComp-PDA / |
#3: Chemical | ChemComp-MPD / ( |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.6 Å3/Da / Density % sol: 65.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.2 Details: 0.1 M HEPES, 80% MPD. SOAKED WITH 1 mM O-ACETYL-SERINE FOR 30 MINUTES BEFORE FREEZING., pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Oct 19, 2006 Details: First mirror: Water-cooled vertically collimating cylindrical mirror (R = 7300 m). Second mirror: Toroid mirror for horizontal and vertical focusing (R=3300m, R=27mm). |
Radiation | Monochromator: Double crystal monochromator, Si(111). The first crystal is water cooled. Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→71.8 Å / Num. all: 24607 / Num. obs: 24607 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.32 Å / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3550 / % possible all: 99.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 2Q3B, Holoenzyme Resolution: 2.2→28.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 13.344 / SU ML: 0.158 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.179 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.42 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→28.35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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