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- PDB-5b0h: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN LEUKOCYTE CELL-DERIVED CHEMOTAXIN 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b0h
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN LEUKOCYTE CELL-DERIVED CHEMOTAXIN 2
要素Leukocyte cell-derived chemotaxin-2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / CHEMOKINE / M23 METALLOPEPTIDASE FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


skeletal system development / chemotaxis / extracellular space / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leukocyte cell-derived chemotaxin 2 / Leukocyte cell-derived chemotaxin 2, chordata / Glucose Permease (Domain IIA) / Glucose Permease (Domain IIA) / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte cell-derived chemotaxin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Zheng, H. / Miyakawa, T. / Sawano, Y. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Human Leukocyte Cell-derived Chemotaxin 2 (LECT2) Reveals a Mechanistic Basis of Functional Evolution in a Mammalian Protein with an M23 Metalloendopeptidase Fold
著者: Zheng, H. / Miyakawa, T. / Sawano, Y. / Asano, A. / Okumura, A. / Yamagoe, S. / Tanokura, M.
履歴
登録2015年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2
B: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7235
ポリマ－29,4962
非ポリマー2273
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area12480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.415, 63.514, 63.976
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Leukocyte cell-derived chemotaxin-2 / hLECT2


分子量: 14747.893 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-151 / 変異: I40V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LECT2 / プラスミド: PET48B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA-GAMI 2(DE3) / 参照: UniProt: O14960
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS CONFLICT IS DUE TO NATURAL VARIANT. THE ACCESSION NUMBER OF THIS HUMAN LECT2 GENE IS GENBANK ...THIS CONFLICT IS DUE TO NATURAL VARIANT. THE ACCESSION NUMBER OF THIS HUMAN LECT2 GENE IS GENBANK ACCESSION NO.BC093670.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.89 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG8000, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES / PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月30日
放射モノクロメーター: NUMERICAL LINK TYPE SI 111 DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 18525 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.1 % / Net I/σ(I): 51.9
反射 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.94→45.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 3.203 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 948 5.1 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.179 17531 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.53 Å20 Å20 Å2
2--0.64 Å2-0 Å2
3---0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→45.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2044 0 7 167 2218
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192102
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.022006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7451.962842
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9163.0054620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.015264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.91123.86488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.22215358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3651512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02484
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5841.5851062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5781.5851061
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3442.371324
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3452.3711325
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4521.8591040
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4431.8581036
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7832.6581512
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.34413.2212337
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.19413.0472301
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 69 -
Rwork0.174 1228 -
obs--96.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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