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万見
- PDB-5b0c: Polyketide cyclase OAC from Cannabis sativa, Y27F mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b0c
タイトルPolyketide cyclase OAC from Cannabis sativa, Y27F mutant
要素Olivetolic acid cyclase
キーワードLYASE / Cannabis sativa / plant polyketide cyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


olivetolic acid cyclase / olivetolic acid biosynthetic process / cannabinoid biosynthetic process / pollen tube adhesion / cyclase activity / terpenoid biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stress-response A/B barrel domain-containing protein HS1/DABB1-like / Stress responsive alpha-beta barrel / Stress responsive A/B Barrel Domain / Stress-response A/B barrel domain profile. / Stress responsive A/B Barrel Domain / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Olivetolic acid cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Cannabis sativa (アサ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.602 Å
データ登録者Yang, X. / Matsui, T. / Mori, T. / Abe, I. / Morita, H.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Structural basis for olivetolic acid formation by a polyketide cyclase from Cannabis sativa
著者: Yang, X. / Matsui, T. / Kodama, T. / Mori, T. / Zhou, X. / Taura, F. / Noguchi, H. / Abe, I. / Morita, H.
履歴
登録2015年10月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Olivetolic acid cyclase
B: Olivetolic acid cyclase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4282
ポリマ－24,4282
非ポリマー00
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area10490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.920, 30.320, 36.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid ARO
21chain B and segid BRO

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AROA0
211chain B and segid BROB0

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要素

#1: タンパク質 Olivetolic acid cyclase


分子量: 12214.011 Da / 分子数: 2 / 変異: Y27F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cannabis sativa (アサ) / 遺伝子: OAC / プラスミド: pQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: I6WU39, olivetolic acid cyclase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.84 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100mM Sodium HEPES, pH 7.5, 25%(w/v) PEG3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月22日
放射モノクロメーター: Si(1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 23862 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 42.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Mean I/σ(I) obs: 13 / % possible all: 98.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.828
最高解像度最低解像度
Rotation36.49 Å1.82 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B08

5b08


解像度: 1.602→36.496 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2303 1194 5 %Random selection
Rwork0.1927 22672 --
obs0.1946 23862 99.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 50.71 Å2 / Biso mean: 15.6263 Å2 / Biso min: 5.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.602→36.496 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1684 0 0 229 1913
Biso mean---21.73 -
残基数----200
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071730
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1492342
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.058628
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A940X-RAY DIFFRACTION6.314TORSIONAL
12B940X-RAY DIFFRACTION6.314TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6017-1.66580.21841290.18052444257398
1.6658-1.74160.24511310.186624982629100
1.7416-1.83340.2641340.197625292663100
1.8334-1.94830.25251310.194424992630100
1.9483-2.09870.22161320.177925102642100
2.0987-2.30990.24671340.194525352669100
2.3099-2.64410.21591330.203925452678100
2.6441-3.33090.23631350.200225512686100
3.3309-36.50550.21341350.18822561269697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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