PDB-6mt7: Phlebotomus duboscqi salivary D7 protein, selenomethionine derivative

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mt7

タイトル

Phlebotomus duboscqi salivary D7 protein, selenomethionine derivative

要素

26.7 kDa salivary protein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / odorant-binding protein / leukotriene / thromboxane

機能・相同性

Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / odorant binding / sensory perception of smell / toxin activity / extracellular space / Long form salivary protein D7L

機能・相同性情報

生物種

Phlebotomus duboscqi (昆虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Andersen, J.F. / Jablonka, W.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Functional and structural similarities of D7 proteins in the independently-evolved salivary secretions of sand flies and mosquitoes.
著者: Jablonka, W. / Kim, I.H. / Alvarenga, P.H. / Valenzuela, J.G. / Ribeiro, J.M.C. / Andersen, J.F.

履歴

登録	2018年10月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mt7.cif.gz	219.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mt7.ent.gz	174.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mt7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/6mt7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/6mt7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mtfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mtf-1 6w5o-8 6mtf-2 4pfr-2 1e0c-d 6w5o-5 3wp0-d 1oii-2 1fdr-d 6w5o-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 26.7 kDa salivary protein

B: 26.7 kDa salivary protein

ヘテロ分子

54.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 26.7 kDa salivary protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 26.7 kDa salivary protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.908, 101.515, 33.539
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	26.7 kDa salivary protein 分子量: 26966.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phlebotomus duboscqi (昆虫) / 遺伝子: M01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q06KA2
#2: 化合物	ChemComp-TRT / FRAGMENT OF TRITON X-100 / 1-{2-[2-(2-METHOXYETHOXY)ETHOXY]ETHOXY}-4-(1,1,3,3-TETRAMETHYLBUTYL)BENZENE 分子量: 352.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆O₄ / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.84 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 6000m 0.1M MES pH 6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97499 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97499 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 90692 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 1.604 / Net I/σ(I): 12.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.78-1.81	3.4	0.194	4486	0.953	0.118	0.229	0.827	98.7
1.81-1.84	4.1	0.172	4533	0.973	0.093	0.197	0.876	99.2
1.84-1.88	4.4	0.164	4475	0.978	0.084	0.185	0.941	99
1.88-1.92	4.5	0.141	4460	0.982	0.072	0.159	0.943	99.3
1.92-1.96	4.5	0.125	4603	0.985	0.064	0.141	0.991	99.5
1.96-2	4.5	0.113	4483	0.988	0.057	0.127	1.052	99.7
2-2.05	4.5	0.097	4527	0.99	0.049	0.109	1.101	99.7
2.05-2.11	4.5	0.087	4575	0.993	0.045	0.098	1.165	99.7
2.11-2.17	4.6	0.082	4501	0.992	0.041	0.092	1.265	99.8
2.17-2.24	4.6	0.08	4605	0.993	0.041	0.09	1.4	99.9
2.24-2.32	4.6	0.08	4489	0.993	0.041	0.09	1.536	99.9
2.32-2.42	4.6	0.078	4590	0.993	0.04	0.088	1.759	100
2.42-2.53	4.6	0.078	4500	0.993	0.04	0.088	1.96	100
2.53-2.66	4.7	0.074	4532	0.993	0.038	0.083	2.038	100
2.66-2.83	4.7	0.065	4577	0.995	0.033	0.073	1.914	100
2.83-3.04	4.8	0.057	4577	0.996	0.029	0.064	1.892	100
3.04-3.35	4.8	0.058	4537	0.995	0.03	0.066	2.365	100
3.35-3.83	4.7	0.056	4512	0.996	0.029	0.063	2.898	100
3.83-4.83	4.8	0.047	4590	0.997	0.024	0.052	2.445	100
4.83-10	4.8	0.043	4540	0.998	0.022	0.049	2.032	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.78→43.371 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.34 / 位相誤差: 19.22

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2062	4492	4.96 %
R_work	0.1683	-	-
obs	0.1702	90597	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.41 Å² / B_iso mean: 17.3937 Å² / B_iso min: 5.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.78→43.371 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3746	0	50	509	4305
B_iso mean	-	-	18.36	27.22	-
残基数	-	-	-	-	460

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7803-1.8005	0.2797	154	0.2246	2750	2904	98
1.8005-1.8217	0.285	150	0.2158	2818	2968	99
1.8217-1.8439	0.2724	130	0.1893	2967	3097	99
1.8439-1.8672	0.2288	156	0.1904	2887	3043	99
1.8672-1.8918	0.2034	153	0.1628	2774	2927	99
1.8918-1.9177	0.2051	140	0.1681	2830	2970	99
1.9177-1.9451	0.2183	137	0.177	2940	3077	100
1.9451-1.9741	0.2423	139	0.1824	2909	3048	100
1.9741-2.005	0.2075	141	0.1868	2823	2964	100
2.005-2.0379	0.2249	124	0.1744	2884	3008	100
2.0379-2.073	0.2573	143	0.1772	2906	3049	100
2.073-2.1107	0.199	187	0.1722	2867	3054	100
2.1107-2.1513	0.2631	135	0.1727	2820	2955	100
2.1513-2.1952	0.1935	125	0.1635	2905	3030	100
2.1952-2.2429	0.2	185	0.1667	2933	3118	100
2.2429-2.2951	0.2176	194	0.1716	2767	2961	100
2.2951-2.3525	0.2216	133	0.1716	2888	3021	100
2.3525-2.4161	0.2201	149	0.1748	2945	3094	100
2.4161-2.4872	0.2179	164	0.1717	2832	2996	100
2.4872-2.5675	0.1626	141	0.1647	2901	3042	100
2.5675-2.6592	0.2063	137	0.1688	2861	2998	100
2.6592-2.7657	0.2269	181	0.1663	2898	3079	100
2.7657-2.8915	0.1834	167	0.1689	2836	3003	100
2.8915-3.0439	0.1828	190	0.1637	2872	3062	100
3.0439-3.2346	0.2387	131	0.1675	2849	2980	100
3.2346-3.4842	0.2281	144	0.1648	2902	3046	100
3.4842-3.8347	0.1946	140	0.1513	2884	3024	100
3.8347-4.3891	0.1699	126	0.1436	2891	3017	100
4.3891-5.528	0.1642	132	0.156	2936	3068	100
5.528-43.3838	0.1741	164	0.1769	2830	2994	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 35.3196 Å / Origin y: 2.6787 Å / Origin z: 0.7016 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0995 Å²	-0.0159 Å²	0.0036 Å²	-	0.0712 Å²	0.0193 Å²	-	-	0.0751 Å²
L	0.7816 °²	-0.3323 °²	0.2492 °²	-	-0.0043 °²	-0.0437 °²	-	-	0.1734 °²
S	-0.0312 Å °	0.0062 Å °	0.0414 Å °	0.025 Å °	0.0098 Å °	-0.0186 Å °	-0.0131 Å °	0.0204 Å °	0.0207 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	0 - 230
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	0 - 230
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1 - 510

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)