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- PDB-5axm: Crystal structure of Thg1 like protein (TLP) with tRNA(Phe) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5axm
タイトルCrystal structure of Thg1 like protein (TLP) with tRNA(Phe)
要素
  • RNA (75-MER)
  • tRNA(His)-5'-guanylyltransferase (Thg1) like protein
キーワードTransferase/RNA / Transferase / Transferase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA guanylyltransferase activity / tRNA modification / GTP binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
tRNAHis guanylyltransferase Thg1 / tRNAHis guanylyltransferase catalytic domain / tRNAHis guanylyltransferase Thg1 superfamily / tRNAHis guanylyltransferase / tRNA(His) guanylyltransferase (Thg1) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / tRNA(His)-5'-guanylyltransferase (Thg1) like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Kimura, S. / Suzuki, T. / Yu, J. / Kato, K. / Yao, M.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2016
タイトル: Template-dependent nucleotide addition in the reverse (3'-5') direction by Thg1-like protein
著者: Kimura, S. / Suzuki, T. / Chen, M. / Kato, K. / Yu, J. / Nakamura, A. / Tanaka, I. / Yao, M.
履歴
登録2015年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA(His)-5'-guanylyltransferase (Thg1) like protein
B: tRNA(His)-5'-guanylyltransferase (Thg1) like protein
P: RNA (75-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0817
ポリマ－82,9843
非ポリマー974
水1,838102
1
A: tRNA(His)-5'-guanylyltransferase (Thg1) like protein
B: tRNA(His)-5'-guanylyltransferase (Thg1) like protein
P: RNA (75-MER)
ヘテロ分子

A: tRNA(His)-5'-guanylyltransferase (Thg1) like protein
B: tRNA(His)-5'-guanylyltransferase (Thg1) like protein
P: RNA (75-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,16214
ポリマ－165,9686
非ポリマー1948
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area19330 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area59730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.258, 127.582, 143.801
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 tRNA(His)-5'-guanylyltransferase (Thg1) like protein


分子量: 29325.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans (古細菌)
プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A1C7D1G9*PLUS
#2: RNA鎖 RNA (75-MER)


分子量: 24332.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細142nd residue in the original sequence is PYL(PYRROLYSINE). This is (PYL)142W mutant. The residues ...142nd residue in the original sequence is PYL(PYRROLYSINE). This is (PYL)142W mutant. The residues 244-251 are expression tags.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 3350, tri-potassium citrate / PH範囲: 7.5 - 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.97319 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→50 Å / Num. obs: 35102 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.21→2.34 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WBZ, 1EHZ

3wbz

1ehz


解像度: 2.21→48.144 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2427 1763 5.02 %
Rwork0.2155 --
obs0.2169 35099 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→48.144 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3710 1569 4 102 5385
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075551
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7177826
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5482325
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029904
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003723
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.207-2.26670.3171510.28052417X-RAY DIFFRACTION97
2.2667-2.33340.30581360.23752538X-RAY DIFFRACTION100
2.3334-2.40870.25721160.24242554X-RAY DIFFRACTION100
2.4087-2.49480.3371240.23822558X-RAY DIFFRACTION100
2.4948-2.59470.29441270.23182575X-RAY DIFFRACTION100
2.5947-2.71280.25511260.22992554X-RAY DIFFRACTION100
2.7128-2.85580.27141300.23852556X-RAY DIFFRACTION100
2.8558-3.03470.25381410.22982554X-RAY DIFFRACTION100
3.0347-3.26890.27751440.2182549X-RAY DIFFRACTION100
3.2689-3.59780.23351270.20732587X-RAY DIFFRACTION100
3.5978-4.11810.19981480.19072589X-RAY DIFFRACTION100
4.1181-5.18750.22941480.18462590X-RAY DIFFRACTION100
5.1875-48.15560.21421450.21342715X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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