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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5aw4 | |||||||||||||||
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タイトル | Kinetics by X-ray crystallography: Rb+-substitution of bound K+ in the E2.MgF42-.2K+ crystal after 1.5 min | |||||||||||||||
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![]() | HYDROLASE/TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / ION PUMP / ATPASE / K+ BINDING / HALOACID DEHYDROGENEASE SUPERFAMILY / PHOSPHATE ANALOGUE / ATP-BINDING / HYDROLASE / ION TRANSPORT / NUCLEOTIDE-BINDING / PHOSPHOPROTEIN / HYDROLASE-TRANSPORT PROTEIN COMPLEX / KINETICS | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of monoatomic ion transport / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / sodium ion export across plasma membrane / intracellular potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / ATPase activator activity / sodium channel regulator activity / monoatomic ion transport ...regulation of monoatomic ion transport / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / sodium ion export across plasma membrane / intracellular potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / ATPase activator activity / sodium channel regulator activity / monoatomic ion transport / proton transmembrane transport / sarcolemma / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Ogawa, H. / Cornelius, F. / Hirata, A. / Toyoshima, C. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Sequential substitution of K(+) bound to Na(+),K(+)-ATPase visualized by X-ray crystallography. 著者: Ogawa, H. / Cornelius, F. / Hirata, A. / Toyoshima, C. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 269.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 209.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 980 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1010 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 63.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5avqC ![]() 5avrC ![]() 5avsC ![]() 5avtC ![]() 5avuC ![]() 5avvC ![]() 5avwC ![]() 5avxC ![]() 5avyC ![]() 5avzC ![]() 5aw0C ![]() 5aw1C ![]() 5aw2C ![]() 5aw3C ![]() 5aw5C ![]() 5aw6C ![]() 5aw7C ![]() 5aw8C ![]() 5aw9C ![]() 2zxeS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABG
#1: タンパク質 | 分子量: 113309.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 35176.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 8225.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-糖 , 2種, 2分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#10: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 6種, 10分子 ![](data/chem/img/MF4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/RB.gif)
![](data/chem/img/CLR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/RB.gif)
![](data/chem/img/CLR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-MF4 / | ||||||
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#6: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||||
#7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-CLR / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.96 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: microdialysis / pH: 7 詳細: PEG 3000, MPD, potassium acetate, potassium chloride, magnesium chloride, potassium fluoride, MES/TRIS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.813 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 46818 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.78 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2ZXE 解像度: 2.8→14.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 6188636.29 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3.5 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED, Rigid body refinement
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 25.11 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 100.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→14.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.062 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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