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- PDB-5av3: Crystal structure of DAPK1-kaempferol complex in the presence of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5av3
タイトルCrystal structure of DAPK1-kaempferol complex in the presence of iodide ions.
要素Death-associated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / death-associated protein kinase 1 / serine/threonine protein kinase / natural flavonoid
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to hydroperoxide / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / defense response to tumor cell / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of NMDA receptor activity / syntaxin-1 binding / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors ...cellular response to hydroperoxide / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / defense response to tumor cell / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of NMDA receptor activity / syntaxin-1 binding / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of autophagy / regulation of autophagy / apoptotic signaling pathway / cellular response to type II interferon / protein autophosphorylation / actin cytoskeleton / regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / calmodulin binding / protein kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / negative regulation of translation / postsynaptic density / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / GTP binding / glutamatergic synapse / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Death-associated protein kinase 1 / Roc domain profile. / Roc domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Ankyrin repeats (many copies) / Ankyrin repeat / Death-like domain superfamily ...Death-associated protein kinase 1 / Roc domain profile. / Roc domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Ankyrin repeats (many copies) / Ankyrin repeat / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Chem-KMP / Death-associated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yokoyama, T. / Mizuguchi, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Insight into the Interactions between Death-Associated Protein Kinase 1 and Natural Flavonoids.
著者: Yokoyama, T. / Kosaka, Y. / Mizuguchi, M.
履歴
登録2015年6月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Death-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,22511
ポリマ－33,7961
非ポリマー1,42810
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.884, 62.357, 88.329
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Death-associated protein kinase 1 / DAP kinase 1


分子量: 33796.402 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-285 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DAPK1, DAPK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P53355, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-KMP / 3,5,7-TRIHYDROXY-2-(4-HYDROXYPHENYL)-4H-CHROMEN-4-ONE / KAEMPHEROL


分子量: 286.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O6
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1.7 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44.2 Å / Num. obs: 20853 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 10 % / Net I/σ(I): 76.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化解像度: 1.9→44.164 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.55 / 位相誤差: 21.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2327 1064 5.13 %
Rwork0.1825 --
obs0.1851 20727 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.164 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2229 0 30 209 2468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042297
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9513104
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.887878
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004398
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9005-1.98690.28291230.18752333X-RAY DIFFRACTION96
1.9869-2.09170.21191290.17382393X-RAY DIFFRACTION98
2.0917-2.22270.22071300.17142444X-RAY DIFFRACTION98
2.2227-2.39440.23291380.18532411X-RAY DIFFRACTION99
2.3944-2.63530.25181410.18752460X-RAY DIFFRACTION99
2.6353-3.01650.26331200.19442499X-RAY DIFFRACTION100
3.0165-3.80020.22981340.18312513X-RAY DIFFRACTION100
3.8002-44.17640.2141490.17752610X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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