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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5av0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DAPK1 in complex with 7,3',4'-trihydroxyisoflavone. | ||||||
要素 | Death-associated protein kinase 1DAPK1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / death-associated protein kinase 1 / serine/threonine protein kinase / natural flavonoid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to hydroperoxide / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / defense response to tumor cell / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / calmodulin-dependent protein kinase activity / syntaxin-1 binding / regulation of NMDA receptor activity / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process ...cellular response to hydroperoxide / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / defense response to tumor cell / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / calmodulin-dependent protein kinase activity / syntaxin-1 binding / regulation of NMDA receptor activity / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of autophagy / regulation of autophagy / apoptotic signaling pathway / cellular response to type II interferon / マイクロフィラメント / regulation of apoptotic process / negative regulation of translation / postsynaptic density / protein autophosphorylation / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / apoptotic process / GTP binding / negative regulation of apoptotic process / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Yokoyama, T. / Mizuguchi, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015 タイトル: Structural Insight into the Interactions between Death-Associated Protein Kinase 1 and Natural Flavonoids. 著者: Yokoyama, T. / Kosaka, Y. / Mizuguchi, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5av0.cif.gz | 73.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5av0.ent.gz | 53 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5av0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/5av0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/5av0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33796.402 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-285 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DAPK1, DAPK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P53355, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-47X / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→35.9 Å / Num. obs: 21813 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 23.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.85→35.9 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.13 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→35.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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