PDB-5aum: Crystal structure of a Fab fragment with the ligand peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5aum

タイトル

Crystal structure of a Fab fragment with the ligand peptide

要素

Heavy chain of Fab fragment
Light chain of Fab fragment
peptide RENLYFQGKDG

キーワード

IMMUNE SYSTEM/PEPTIDE / Antibody / peptide ligand / protease / ELISA / Western blotting / IMMUNE SYSTEM-PEPTIDE complex

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Rattus (ネズミ)

Potyviridae (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Kitago, Y. / Takagi, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a Fab fragment with the ligand peptide
著者: Kitago, Y. / Takagi, J.

履歴

登録	2015年4月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月19日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5aum.cif.gz	192.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5aum.ent.gz	150.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5aum.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/5aum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/5aum	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bfoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1zea-d 1aif-1 4mhh-5 5mub-7 1t66-2 1kno-2 4x7t-1 5ye3-d 5ysl-3 1aif-2 6obd-1 6uc5-d 6bb4-3 6nuy-d 4imk-1 1gaf-d 1fvd-1 5dd6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Heavy chain of Fab fragment

A: Heavy chain of Fab fragment

B: Light chain of Fab fragment

L: Light chain of Fab fragment

C: peptide RENLYFQGKDG

D: peptide RENLYFQGKDG

ヘテロ分子

107 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Heavy chain of Fab fragment

L: Light chain of Fab fragment

C: peptide RENLYFQGKDG

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Heavy chain of Fab fragment

B: Light chain of Fab fragment

D: peptide RENLYFQGKDG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	217.768, 217.768, 52.236
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-301- ZN

#1: 抗体	Heavy chain of Fab fragment 分子量: 26009.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus (ネズミ) / Cell: hybridoma / Cell (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Mammalia (両生類)
#2: 抗体	Light chain of Fab fragment 分子量: 25941.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus (ネズミ) / Cell: hybridoma / Cell (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Mammalia (両生類)
#3: タンパク質・ペプチド	peptide RENLYFQGKDG 分子量: 1328.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The modified TEV protease recognition sequence / 由来: (合成) Potyviridae (ウイルス)
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20 % PEG 2000 MME, 0.5 M NaCl, 0.1 M Tris-HCl pH7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 88376 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.3 % / R_sym value: 0.148 / Net I/σ(I): 26.4
反射シェル	解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BFO

1bfo

解像度: 2.05→45.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 3.529 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22055	4424	5 %	RANDOM
R_work	0.18917	-	-	-
obs	0.19076	83738	99.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.895 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.23 Å²	0.12 Å²	0 Å²
2-	-	0.23 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→45.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6609	0	1	591	7201

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	6758
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.511	1.959	9210
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.725	5	863
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.869	24.016	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.828	15	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.226	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5028
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.596	2.549	3476
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.514	3.807	4331
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.418	2.721	3280
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.396	21.76	10534
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	322	-
R_work	0.241	5914	-
obs	-	-	95.47 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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