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- PDB-5aum: Crystal structure of a Fab fragment with the ligand peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aum
タイトルCrystal structure of a Fab fragment with the ligand peptide
要素
  • Heavy chain of Fab fragment
  • Light chain of Fab fragment
  • peptide RENLYFQGKDG
キーワードIMMUNE SYSTEM/PEPTIDE / Antibody / peptide ligand / protease / ELISA / Western blotting / IMMUNE SYSTEM-PEPTIDE complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Rattus (ネズミ)
Potyviridae (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kitago, Y. / Takagi, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a Fab fragment with the ligand peptide
著者: Kitago, Y. / Takagi, J.
履歴
登録2015年4月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain of Fab fragment
A: Heavy chain of Fab fragment
B: Light chain of Fab fragment
L: Light chain of Fab fragment
C: peptide RENLYFQGKDG
D: peptide RENLYFQGKDG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,6247
ポリマ－106,5596
非ポリマー651
水10,647591
1
H: Heavy chain of Fab fragment
L: Light chain of Fab fragment
C: peptide RENLYFQGKDG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2793
ポリマ－53,2793
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19050 Å2
手法PISA
2
A: Heavy chain of Fab fragment
B: Light chain of Fab fragment
D: peptide RENLYFQGKDG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3454
ポリマ－53,2793
非ポリマー651
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)217.768, 217.768, 52.236
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-301-

ZN

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要素

#1: 抗体 Heavy chain of Fab fragment


分子量: 26009.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus (ネズミ) / Cell: hybridoma / Cell (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Mammalia (両生類)
#2: 抗体 Light chain of Fab fragment


分子量: 25941.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus (ネズミ) / Cell: hybridoma / Cell (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Mammalia (両生類)
#3: タンパク質・ペプチド peptide RENLYFQGKDG


分子量: 1328.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The modified TEV protease recognition sequence / 由来: (合成) Potyviridae (ウイルス)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20 % PEG 2000 MME, 0.5 M NaCl, 0.1 M Tris-HCl pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 88376 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.3 % / Rsym value: 0.148 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BFO

1bfo


解像度: 2.05→45.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.529 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22055 4424 5 %RANDOM
Rwork0.18917 ---
obs0.19076 83738 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.895 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20.12 Å20 Å2
2--0.23 Å2-0 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→45.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6609 0 1 591 7201
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.026758
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5111.9599210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7255863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.86924.016254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.828151086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2261532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21071
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5962.5493476
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5143.8074331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4182.7213280
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.39621.7610534
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 322 -
Rwork0.241 5914 -
obs--95.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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