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- PDB-5arl: crystal structure of porcine RNase 4 D80A mutant in complex with dCMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5arl
タイトルcrystal structure of porcine RNase 4 D80A mutant in complex with dCMP
要素RIBONUCLEASE 4
キーワードHYDROLASE / RIBONUCLEASE 4 / RNA DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA nuclease activity / antibacterial humoral response / endonuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / hydrolase activity / :
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Ribonuclease 4
類似検索 - 構成要素
生物種SUS SCROFA (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Liang, S. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis of Substrate Specificity in Porcine Rnase 4.
著者: Liang, S. / Acharya, K.R.
履歴
登録2015年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE 4
B: RIBONUCLEASE 4
C: RIBONUCLEASE 4
D: RIBONUCLEASE 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8888
ポリマ－62,6594
非ポリマー1,2294
水00
1
A: RIBONUCLEASE 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9722
ポリマ－15,6651
非ポリマー3071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RIBONUCLEASE 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9722
ポリマ－15,6651
非ポリマー3071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: RIBONUCLEASE 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9722
ポリマ－15,6651
非ポリマー3071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: RIBONUCLEASE 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9722
ポリマ－15,6651
非ポリマー3071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.962, 62.515, 70.216
Angle α, β, γ (deg.)89.78, 79.21, 78.90
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
RIBONUCLEASE 4 / RNASE 4 / RIBONUCLEASE PL3


分子量: 15664.789 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 29-147 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SUS SCROFA (ブタ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P15468, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物
ChemComp-DCM / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE


分子量: 307.197 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O7P
Has protein modificationY
配列の詳細THE FIRST TWO ALA ARE FROM THE N-TERMINAL TAG. DUE TO THE LACK OF SIDE CHAIN ELECTRON DENSITY, THE ...THE FIRST TWO ALA ARE FROM THE N-TERMINAL TAG. DUE TO THE LACK OF SIDE CHAIN ELECTRON DENSITY, THE RESIDUES ARE SHOWN AS ALA. THE FIRST MET IS FROM THE N-TERMINAL TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.79 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6
詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, 20 % (V/V) 2-PROPANOL, 20 % (W/V) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→29.5 Å / Num. obs: 14168 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 10.7 / % possible all: 65.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5ARJ

5arj


解像度: 2.61→68.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 18.543 / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.446 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29958 723 5.1 %RANDOM
Rwork0.25232 ---
obs0.25486 13322 90.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.109 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.89 Å2-2.15 Å2-2.18 Å2
2--0.48 Å24 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→68.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3864 0 80 0 3944
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5141.9315436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.13638478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0825478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.15622.453212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.54115702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.321552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021062
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6694.3881924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6694.3881923
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.8236.5722398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1164.7642112
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.606→2.673 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.448 41 -
Rwork0.394 621 -
obs--59.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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