PDB-5aqb: DARPin-based Crystallization Chaperones exploit Molecular Geometr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5aqb

タイトル

DARPin-based Crystallization Chaperones exploit Molecular Geometry as a Screening Dimension in Protein Crystallography

要素

3G61_DB15V4
GREEN FLUORESCENT PROTEIN

キーワード

CHAPERONE / CRYSTALLIZATION CHAPERONE / DESIGNED ANKYRIN REPEAT PROTEIN (DARPIN) / RIGID DOMAIN FUSION

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

AEQUOREA VICTORIA (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.37 Å

データ登録者

Batyuk, A. / Wu, Y. / Honegger, A. / Heberling, M. / Plueckthun, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Darpin-Based Crystallization Chaperones Exploit Molecular Geometry as a Screening Dimension in Protein Crystallography
著者: Batyuk, A. / Wu, Y. / Honegger, A. / Heberling, M. / Plueckthun, A.

履歴

登録	2015年9月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月6日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月18日	Group: Database references
改定 2.0	2019年10月23日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status ...atom_site / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 3.0	2023年11月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / database_PDB_caveat Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.1	2024年1月10日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5aqb.cif.gz	391.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5aqb.ent.gz	328.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5aqb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/5aqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/5aqb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5aq7C 5aq8C 5aq9C 5aqaC 1gflS 1svxS 3dtmS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1idj-d 7nci-d 6wt2-d 2ii1-2 3peq-d 1n97-d 4uy9-d 5xra-d 6iab-d 6tfi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3G61_DB15V4

B: GREEN FLUORESCENT PROTEIN

72.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.150, 96.170, 92.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.99, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2093- HOH

#1: タンパク質	3G61_DB15V4 分子量: 46254.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): XL1-BLUE
#2: タンパク質	GREEN FLUORESCENT PROTEIN 分子量: 26063.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) AEQUOREA VICTORIA (オワンクラゲ) プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: P42212
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 717 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.8 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 詳細: PEG3350 20.0% W/V, SODIUM FORMATE 0.2 M, BIS TRIS PROPANE 0.1 M, PH 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00001
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月6日 / 詳細: RH COATED MERIDIONALLY FOCUSSING MIRROR
放射	モノクロメーター: FIXED-EXIT LN2 COOLED DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.37→48.08 Å / Num. obs: 143759 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1.09 / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 20.21 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 1.37→1.42 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3DTM, 1SVX CHAIN A AND 1GFL

3dtm

1svx

1gfl

解像度: 1.37→48.085 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1768	7178	5 %
R_work	0.1564	-	-
obs	0.1574	143449	99.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.37→48.085 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4931	0	0	717	5648

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5294
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.985	7239
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.088	2021
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	826
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	952

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.37-1.3855	0.4427	204	0.4216	3770	X-RAY DIFFRACTION	83
1.3855-1.4018	0.4403	226	0.4001	4304	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4018-1.4189	0.3946	235	0.3715	4463	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4189-1.4369	0.3466	244	0.3302	4637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4369-1.4558	0.319	238	0.3175	4523	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4558-1.4757	0.2678	242	0.2744	4585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4757-1.4968	0.2463	243	0.2612	4612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4968-1.5192	0.2549	238	0.2311	4529	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5192-1.5429	0.2779	239	0.2211	4538	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5429-1.5682	0.2322	242	0.207	4596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5682-1.5953	0.1897	241	0.1974	4582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5953-1.6243	0.2064	239	0.1853	4538	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6243-1.6555	0.1931	243	0.1723	4611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6555-1.6893	0.1895	242	0.1739	4607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6893-1.726	0.1902	239	0.1693	4531	X-RAY DIFFRACTION	100
1.726-1.7662	0.1821	239	0.1617	4538	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7662-1.8104	0.1725	243	0.1606	4616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8104-1.8593	0.1716	238	0.1554	4527	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8593-1.914	0.185	239	0.1506	4569	X-RAY DIFFRACTION	100
1.914-1.9758	0.155	243	0.1435	4611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9758-2.0464	0.1712	243	0.1444	4607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0464-2.1284	0.1606	240	0.1429	4571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1284-2.2252	0.1779	241	0.1432	4575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2252-2.3425	0.1679	240	0.1375	4555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3425-2.4893	0.1476	241	0.1384	4578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4893-2.6815	0.1656	242	0.1378	4603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6815-2.9513	0.1606	243	0.1465	4609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9513-3.3783	0.1662	241	0.1451	4578	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3783-4.2558	0.1472	243	0.1365	4625	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2558-48.1146	0.1761	247	0.1473	4683	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5892	2.882	0.3763	6.6383	1.1858	0.2621	-0.5384	0.1087	0.5871	0.0888	0.0063	0.3514	-1.3064	-0.1268	-0.0722	0.9042	0.1218	-0.2534	0.347	-0.0047	0.4158	15.779	124.5929	3.0257
2	0.9252	-1.308	1.3692	1.1013	-2.0999	3.443	0.0212	0.0133	-0.0354	-0.0295	-0.0813	-0.0697	-0.048	0.0696	0.0292	0.2614	0.0248	-0.056	0.2264	-0.0233	0.2324	25.5476	104.6579	11.9341
3	0.9372	-0.1825	0.3719	1.1796	-0.0922	0.9843	-0.0029	-0.0369	-0.0248	0.0089	-0.0096	0.033	-0.0132	-0.0387	0.03	0.1346	-0.0082	0.0107	0.1536	-0.0037	0.1671	47.7705	78.3684	34.1749
4	1.3431	0.1901	0.4104	1.2319	0.0237	2.0755	0.0068	0.1472	-0.004	-0.0833	-0.0093	-0.0875	0.0096	0.1607	-0.0003	0.1901	0.0455	0.0104	0.1974	-0.0134	0.1714	13.2102	102.9367	-23.6286
5	1.5816	0.3014	0.4263	1.0983	0.0284	1.7928	0.0521	0.001	-0.0577	0.0166	-0.0162	-0.14	0.1204	0.1561	0.0049	0.159	0.0563	-0.0065	0.1614	-0.0078	0.1555	16.5428	100.6355	-12.8791
6	0.7432	0.0679	0.6947	0.5544	0.0336	1.0161	-0.0726	0.1389	0.0821	-0.0467	0.0267	-0.0946	-0.101	0.2427	-0.0167	0.1989	0.0205	-0.0008	0.2397	-0.0095	0.2079	16.3525	108.8703	-17.0378

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 18 THROUGH 49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 50 THROUGH 180 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 181 THROUGH 428 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 68 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 69 THROUGH 187 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 188 THROUGH 231 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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