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- PDB-5anr: Structure of a human 4E-T - DDX6 - CNOT1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5anr
タイトルStructure of a human 4E-T - DDX6 - CNOT1 complex
要素
  • CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1
  • EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E TRANSPORTER
  • PROBABLE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX6
キーワードRNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / armadillo repeat domain binding / regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of mRNA catabolic process / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway ...negative regulation of deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / armadillo repeat domain binding / regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of mRNA catabolic process / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / trophectodermal cell differentiation / nuclear export signal receptor activity / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / viral RNA genome packaging / Deadenylation of mRNA / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / nuclear retinoic acid receptor binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / P-body assembly / RISC complex / mRNA stabilization / peroxisomal membrane / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / stem cell population maintenance / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of neuron differentiation / stress granule assembly / nuclear estrogen receptor binding / helicase activity / P-body / PML body / neuron differentiation / kinase binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / molecular adaptor activity / RNA helicase activity / negative regulation of translation / RNA helicase / nuclear speck / cadherin binding / translation / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular space / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein / Nucleocytoplasmic shuttling protein for mRNA cap-binding EIF4E / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, N-terminal domain / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat / CCR4-NOT subunit 1, TTP binding domain superfamily / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 ...Eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein / Nucleocytoplasmic shuttling protein for mRNA cap-binding EIF4E / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, N-terminal domain / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat / CCR4-NOT subunit 1, TTP binding domain superfamily / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-Not complex component, Not1 / CCR4-Not complex, Not1 subunit, domain of unknown function DUF3819 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / Probable ATP-dependent RNA helicase DDX6 / Eukaryotic translation initiation factor 4E transporter
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Basquin, J. / Oezguer, S. / Conti, E.
引用ジャーナル: Cell Rep. / 年: 2015
タイトル: Structure of a Human 4E-T/Ddx6/Cnot1 Complex Reveals the Different Interplay of Ddx6-Binding Proteins with the Ccr4-not Complex.
著者: Ozgur, S. / Basquin, J. / Kamenska, A. / Filipowicz, W. / Standart, N. / Conti, E.
履歴
登録2015年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1
B: PROBABLE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX6
C: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E TRANSPORTER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9773
ポリマ－77,9773
非ポリマー00
水4,972276
1
A: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1

B: PROBABLE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX6
C: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E TRANSPORTER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9773
ポリマ－77,9773
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_564-y,x-y+1,z-1/31
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-20.7 kcal/mol
Surface area29280 Å2
手法PISA
2
A: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1

B: PROBABLE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX6
C: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E TRANSPORTER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9773
ポリマ－77,9773
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z+1/31
Buried area4020 Å2
ΔGint-20.7 kcal/mol
Surface area29280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.129, 93.129, 175.329
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2133-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1 / CCR4-ASSOCIATED FACTOR 1 / NOT1H / NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1 HOMOLOG / HNOT1 / ...CCR4-ASSOCIATED FACTOR 1 / NOT1H / NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1 HOMOLOG / HNOT1 / CNOT1-MIF4G DOMAIN


分子量: 29695.352 Da / 分子数: 1 / 断片: MIF4G DOMAIN, UNP RESIDUES 1063-1314 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PEC_HIS_SUMO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: A5YKK6
#2: タンパク質 PROBABLE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX6 / ATP-DEPENDENT RNA HELICASE P54 / DEAD BOX PROTEIN 6 / ONCOGENE RCK / DDX6


分子量: 43189.195 Da / 分子数: 1 / 断片: RECA1 AND RECA2, UNP RESIDUES 95-469 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PEC_HIS_SUMO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: P26196, RNA helicase
#3: タンパク質・ペプチド EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E TRANSPORTER / 4E-T / EIF4E TRANSPORTER / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E NUCLEAR IMPORT FACTOR 1 / 4ET


分子量: 5092.398 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 199-239 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PEC_HIS_SUMO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q9NRA8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CHAIN A: QGPDSM IS COMING FROM THE CLEAVAGE SITE CHAIN B: RSM IS COMING FROM THE CLEAVAGE SITE ...CHAIN A: QGPDSM IS COMING FROM THE CLEAVAGE SITE CHAIN B: RSM IS COMING FROM THE CLEAVAGE SITE CHAIN C: RSM IS COMING FROM THE CLEAVAGE SITE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.01 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 50 MM TRIS PH 8.0, 35% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月26日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.32 Å / Num. obs: 51910 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 37.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 17.61
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CT4

4ct4


解像度: 2.102→47.324 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.05 / 位相誤差: 26.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2319 4923 5 %
Rwork0.1931 --
obs0.195 51865 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.102→47.324 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4929 0 0 276 5205
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0356784
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0071861
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039801
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005865
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1015-2.12540.43951450.37492814X-RAY DIFFRACTION89
2.1254-2.15040.36511630.34183069X-RAY DIFFRACTION99
2.1504-2.17660.32871650.31283145X-RAY DIFFRACTION98
2.1766-2.20420.32121640.29123102X-RAY DIFFRACTION100
2.2042-2.23320.29621590.29113090X-RAY DIFFRACTION99
2.2332-2.26380.32281680.27993146X-RAY DIFFRACTION99
2.2638-2.29610.32281620.27073107X-RAY DIFFRACTION100
2.2961-2.33040.26571630.25283167X-RAY DIFFRACTION100
2.3304-2.36680.28691630.23323119X-RAY DIFFRACTION100
2.3668-2.40560.3091660.23093121X-RAY DIFFRACTION100
2.4056-2.44710.24371670.20713159X-RAY DIFFRACTION100
2.4471-2.49160.24541620.21373107X-RAY DIFFRACTION100
2.4916-2.53950.3121680.22553165X-RAY DIFFRACTION100
2.5395-2.59130.22511630.21823136X-RAY DIFFRACTION100
2.5913-2.64770.27591650.20833161X-RAY DIFFRACTION100
2.6477-2.70920.22191670.20833114X-RAY DIFFRACTION100
2.7092-2.7770.26321630.20173118X-RAY DIFFRACTION100
2.777-2.85210.2511660.1983119X-RAY DIFFRACTION100
2.8521-2.9360.25091650.23167X-RAY DIFFRACTION100
2.936-3.03070.26761660.20153108X-RAY DIFFRACTION100
3.0307-3.1390.22971660.1993135X-RAY DIFFRACTION100
3.139-3.26470.22081600.19033121X-RAY DIFFRACTION100
3.2647-3.41320.22761630.18123154X-RAY DIFFRACTION100
3.4132-3.59310.22391690.16983143X-RAY DIFFRACTION100
3.5931-3.81810.22451650.17123149X-RAY DIFFRACTION100
3.8181-4.11280.20811660.16463124X-RAY DIFFRACTION100
4.1128-4.52640.1671650.15273126X-RAY DIFFRACTION100
4.5264-5.18060.20021680.16013154X-RAY DIFFRACTION100
5.1806-6.52430.22891680.20163109X-RAY DIFFRACTION100
6.5243-47.33630.1971630.15973156X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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