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万見
- PDB-5an3: Structure of an Sgt1-Skp1 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5an3
タイトルStructure of an Sgt1-Skp1 Complex
要素
  • SGT1
  • SUPPRESSOR OF KINETOCHORE PROTEIN 1
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / septin ring assembly / The NLRP3 inflammasome / regulation of exit from mitosis ...RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / septin ring assembly / The NLRP3 inflammasome / regulation of exit from mitosis / kinetochore assembly / exit from mitosis / vacuolar acidification / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / protein neddylation / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / mitochondrial fusion / silent mating-type cassette heterochromatin formation / regulation of metabolic process / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / cullin family protein binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / DNA replication origin binding / ubiquitin ligase complex / regulation of protein-containing complex assembly / subtelomeric heterochromatin formation / negative regulation of cytoplasmic translation / endomembrane system / regulation of mitotic cell cycle / G1/S transition of mitotic cell cycle / kinetochore / G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic cell cycle / protein-folding chaperone binding / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / endoplasmic reticulum / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein Sgt1-like / SGS domain / SGS domain / SGS domain profile. / CS domain / CS domain / CS domain profile. / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily ...Protein Sgt1-like / SGS domain / SGS domain / SGS domain profile. / CS domain / CS domain / CS domain profile. / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / HSP20-like chaperone / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Tetratricopeptide repeat domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Suppressor of kinetochore protein 1 / Protein SGT1
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Willhoft, O. / Vaughan, C.K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: The crystal structure of the Sgt1-Skp1 complex: the link between Hsp90 and both SCF E3 ubiquitin ligases and kinetochores.
著者: Willhoft, O. / Kerr, R. / Patel, D. / Zhang, W. / Al-Jassar, C. / Daviter, T. / Millson, S.H. / Thalassinos, K. / Vaughan, C.K.
履歴
登録2015年9月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SGT1
B: SGT1
C: SGT1
D: SUPPRESSOR OF KINETOCHORE PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3634
ポリマ－67,3634
非ポリマー00
水39622
1
A: SGT1
B: SGT1
C: SGT1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4763
ポリマ－52,4763
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
D: SUPPRESSOR OF KINETOCHORE PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8871
ポリマ－14,8871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.560, 94.560, 122.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 SGT1 / SUPPRESSOR OF G2 ALLELE OF SKP1


分子量: 17492.070 Da / 分子数: 3 / 断片: TPR DOMAIN, UNP RESIDUES 1-150 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): T7 EXPRESS LYSY/IQ / 参照: UniProt: Q08446
#2: タンパク質 SUPPRESSOR OF KINETOCHORE PROTEIN 1 / CENTROMERE DNA-BINDING PROTEIN COMPLEX CBF3 SUBUNIT D / E3 UBIQUITIN LIGASE COMPLEX SCF SUBUNIT SKP1 / SKP1


分子量: 14886.524 Da / 分子数: 1 / 断片: BTBPOZ DOMAIN, UNP RESIDUES 1-35,65-158 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): T7 EXPRESS LYSY/IQ / 参照: UniProt: P52286
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.84 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.325 M MGCL2, 22.5% PEG-6000, 0.1 M TRIS-HCL PH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979494
検出器タイプ: ADSC ADSC Q105 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979494 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→81.89 Å / Num. obs: 15826 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 21.5 % / Biso Wilson estimate: 86.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 2.82→2.89 Å / 冗長度: 21.9 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.82→19.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9337 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8998 / SU R Cruickshank DPI: 1.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.105 / SU Rfree Blow DPI: 0.322 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.33
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2407 968 6.15 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.2043 15739 99.98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.4323 Å20 Å20 Å2
2---4.4323 Å20 Å2
3---8.8646 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.441 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.82→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3707 0 0 22 3729
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013790HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.985166HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1658SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes68HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes576HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3790HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.65
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion515SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4425SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.82→3.02 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2858 175 6.27 %
Rwork0.2421 2618 -
all0.245 2793 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.61232.3624-4.73535.4894-2.70797.7882-0.12690.0708-0.0052-0.6368-0.1398-0.9116-0.14340.77010.2667-0.1539-0.1309-0.0076-0.45650.0441-0.345327.82320.294226.5189
21.98620.6654-1.54756.5327-3.62896.214-0.0441-0.09510.20580.4242-0.11970.051-0.40520.32120.1638-0.2208-0.0157-0.0447-0.31770.0415-0.221620.75655.436948.8887
32.58230.53650.88274.65730.5272.66950.1367-0.10630.27490.266-0.1070.0358-0.0146-0.2883-0.0297-0.2394-0.03640.0032-0.20630.021-0.23494.897133.543229.2299
47.6982-5.8916-5.01486.08543.90686.0337-0.34120.2631-0.11850.5598-0.2410.30210.1492-0.58820.5822-0.1711-0.03890.0185-0.0876-0.2805-0.143-10.839348.276645.8423
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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