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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5amw | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Strawberry Pathogenesis-Related 10 (PR-10) Fra a 2 protein (A141F) processed with the CrystalDirect automated mounting and cryo-cooling technology | ||||||
![]() | Fra a 2 allergen | ||||||
![]() | ALLERGEN / PYR/PYL/RCAR / BET V 1 / FLAVONOIDS / AUTOMATED CRYSTAL HARVESTING / AUTOMATED CRYO-COOLING / CRYSTALDIRECT | ||||||
機能・相同性 | ![]() flavonoid biosynthetic process / response to biotic stimulus / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zander, U. / Casanal, A. / Pott, D. / Valpuesta, V. / Hoffmann, G. / Cornaciu, I. / Cipriani, F. / Marquez, J.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Automated Harvesting and Processing of Protein Crystals Through Laser Photoablation. 著者: Zander, U. / Hoffmann, G. / Cornaciu, I. / Marquette, J.-P. / Papp, G. / Landret, C. / Seroul, G. / Sinoir, J. / Roewer, M. / Felisaz, F. / Rodriguez-Puente, S. / Mariaule, V. / Murphy, P. / ...著者: Zander, U. / Hoffmann, G. / Cornaciu, I. / Marquette, J.-P. / Papp, G. / Landret, C. / Seroul, G. / Sinoir, J. / Roewer, M. / Felisaz, F. / Rodriguez-Puente, S. / Mariaule, V. / Murphy, P. / Mathieu, M. / Cipriani, F. / Marquez, J.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 76.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 430.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5amxC ![]() 5amzC ![]() 5an4C ![]() 5andC ![]() 5aneC ![]() 5angC ![]() 5aniC ![]() 5anjC ![]() 5ankC ![]() 5anlC ![]() 5anoC ![]() 5dwpC ![]() 5ebhC ![]() 5an2 C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.2541, 0.0207, 0.967), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17739.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.68 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.1 M BIS-TRIS,PH=5.5, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 25% PEG 3350, |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 28520 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0123 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 4.868 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES, REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.023 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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