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- PDB-5am8: Crystal structure of the Angiotensin-1 converting enzyme N-domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5am8
タイトルCrystal structure of the Angiotensin-1 converting enzyme N-domain in complex with amyloid-beta 4-10
要素
  • ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME
  • BETA-AMYLOID PROTEIN 42
キーワードHYDROLASE / METALLOPROTEASE / AMYLOID-BETA
機能・相同性
機能・相同性情報


mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / exopeptidase activity / regulation of angiotensin metabolic process / substance P catabolic process / tripeptidyl-peptidase activity / peptidyl-dipeptidase A / regulation of renal output by angiotensin / negative regulation of gap junction assembly ...mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / exopeptidase activity / regulation of angiotensin metabolic process / substance P catabolic process / tripeptidyl-peptidase activity / peptidyl-dipeptidase A / regulation of renal output by angiotensin / negative regulation of gap junction assembly / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / metallodipeptidase activity / amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / neutrophil mediated immunity / growth cone filopodium / microglia development / hormone metabolic process / collateral sprouting in absence of injury / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway / mitogen-activated protein kinase kinase binding / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / mitogen-activated protein kinase binding / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / chloride ion binding / growth factor receptor binding / peptidase activator activity / arachidonate secretion / Golgi-associated vesicle / PTB domain binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / positive regulation of amyloid fibril formation / post-transcriptional regulation of gene expression / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / astrocyte projection / neuron remodeling / peptide catabolic process / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / heart contraction / nuclear envelope lumen / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of systemic arterial blood pressure / dendrite development / regulation of heart rate by cardiac conduction / TRAF6 mediated NF-kB activation / modulation of excitatory postsynaptic potential / signaling receptor activator activity / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / The NLRP3 inflammasome / negative regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / transition metal ion binding / main axon / blood vessel remodeling / regulation of multicellular organism growth / intracellular copper ion homeostasis / regulation of presynapse assembly / amyloid-beta metabolic process / hematopoietic stem cell differentiation / ECM proteoglycans / positive regulation of T cell migration / peptidyl-dipeptidase activity / regulation of vasoconstriction / neuronal dense core vesicle / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / positive regulation of chemokine production / cellular response to manganese ion / clathrin-coated pit / Notch signaling pathway / metallocarboxypeptidase activity / extracellular matrix organization / neuron projection maintenance / Mitochondrial protein degradation / astrocyte activation / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / axonogenesis / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / platelet alpha granule lumen / blood vessel diameter maintenance / positive regulation of glycolytic process / cellular response to cAMP / adult locomotory behavior / central nervous system development
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Amyloid-beta precursor protein / Angiotensin-converting enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Masuyer, G. / Larmuth, K.M. / Douglas, R.G. / Sturrock, E.D. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2016
タイトル: The Kinetic and Structural Characterisation of Amyloid-Beta Metabolism by Human Angiotensin-1- Converting Enzyme (Ace)
著者: Larmuth, K.M. / Masuyer, G. / Douglas, R.G. / Sturrock, E.D. / Acharya, K.R.
履歴
登録2015年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references
改定 1.22016年4月6日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME
B: ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME
C: ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME
D: ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME
P: BETA-AMYLOID PROTEIN 42
Q: BETA-AMYLOID PROTEIN 42
R: BETA-AMYLOID PROTEIN 42
S: BETA-AMYLOID PROTEIN 42
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,59453
ポリマ－293,9028
非ポリマー8,69345
水32,9491829
1
C: ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME
R: BETA-AMYLOID PROTEIN 42
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,62112
ポリマ－73,4752
非ポリマー2,14610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-28.2 kcal/mol
Surface area24590 Å2
手法PISA
2
A: ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME
P: BETA-AMYLOID PROTEIN 42
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,44913
ポリマ－73,4752
非ポリマー1,97411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-44.7 kcal/mol
Surface area24420 Å2
手法PISA
3
D: ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME
S: BETA-AMYLOID PROTEIN 42
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,66014
ポリマ－73,4752
非ポリマー2,18512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-40.4 kcal/mol
Surface area24830 Å2
手法PISA
4
B: ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME
Q: BETA-AMYLOID PROTEIN 42
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,86414
ポリマ－73,4752
非ポリマー2,38812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-39.5 kcal/mol
Surface area24150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.449, 101.760, 114.361
Angle α, β, γ (deg.)85.23, 86.07, 81.45
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDPQRS

#1: タンパク質
ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME / ACE / DIPEPTIDYL CARBOXYPEPTIDASE I / KININASE II / CD143 / ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME / SOLUBLE FORM


分子量: 72592.477 Da / 分子数: 4 / 断片: N DOMAIN, UNP RESIDUES 30-658 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MINIMALLY GLYCOSYLATED MUTANT / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO K1
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P12821, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素, peptidyl-dipeptidase A
#2: タンパク質・ペプチド
BETA-AMYLOID PROTEIN 42 / BETA-APP42 / AMYLOID-BETA


分子量: 882.921 Da / 分子数: 4 / 断片: FRAGMENT 4-10, UNP RESIDUES 675-681 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ONLY DI-PEPTIDE ASP-SER (7-8) VISIBLE IN STRUCTURE / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P05067

-
糖 , 6種, 12分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6) ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 1862分子

#8: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#12: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#13: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1829 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細MINIMALLY GLYCOSYLATED MUTANT

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.06 M DIVALENT CATIONS, 0.1 M TRIS/BICINE PH 8.5, 30 % PEG550MME/PEG20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→113.8 Å / Num. obs: 293455 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 84

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NXQ

3nxq


解像度: 1.9→113.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 7.757 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ONLY RESIDUES 7-8 OF AMYLOID-BETA 4-10 WERE VISIBLE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22382 12020 5 %RANDOM
Rwork0.18543 ---
obs0.18735 227394 93.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.005 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.15 Å20.34 Å2-0.19 Å2
2--0.01 Å2-0.33 Å2
3---1.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→113.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19874 0 550 1829 22253
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01921119
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0219237
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3421.95828725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.808344114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.70852440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.14823.7441071
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.283153232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.25815136
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.23001
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02123718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1091.8239754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1091.8239753
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8322.72512178
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5352.07511365
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 702 -
Rwork0.315 13751 -
obs--76.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.15850.1168-0.07630.3314-0.05830.25650.04050.00640.03690.0398-0.0073-0.01540.01190.0233-0.03310.04180.0121-0.03610.006-0.00950.08161.010624.4262-1.8492
20.22820.13980.03120.2717-0.02280.18020.0010.0610.01190.07820.0434-0.03170.0055-0.0024-0.04440.05540.0019-0.02370.01710.00590.0442-30.360266.3154-59.5999
30.5082-0.03720.10860.07720.05120.1741-0.02320.0502-0.01670.02670.00950.0026-0.01920.00760.01370.0313-0.0065-0.02230.03850.02120.034612.84576.73141.1717
40.2628-0.0105-0.01850.11770.05460.24490.00010.032-0.04890.04620.009-0.0129-0.03060.0143-0.00910.0444-0.0071-0.03070.01060.00830.06-33.395617.9706-56.4492
510.9222.1265-5.63120.4143-1.09882.98360.3172-0.63040.30390.0646-0.12420.062-0.2920.3081-0.1930.25250.01860.01550.0469-0.02420.0893-0.896726.89290.0235
66.48610.5938-6.37260.1198-0.16758.90640.2186-0.24920.3195-0.0207-0.07430.0562-0.4808-0.084-0.14430.09640.0197-0.01220.0582-0.01590.068-31.876768.7157-57.6436
732.8721-2.3983-3.383414.89862.63650.7372-0.0890.2103-0.88470.2712-0.03630.23650.0552-0.02560.12530.05320.00530.01850.0279-0.0030.063111.295474.63473.679
811.4559-1.4985-6.5710.19610.85963.7693-0.2564-0.045-0.43560.03520.00530.05760.14860.02380.25110.0825-0.0078-0.00470.0274-0.01080.0491-34.571115.8794-54.1337
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 1204
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 1205
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 1203
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 1205
5X-RAY DIFFRACTION5P7 - 8
6X-RAY DIFFRACTION6Q7 - 8
7X-RAY DIFFRACTION7R7 - 8
8X-RAY DIFFRACTION8S7 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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