PDB-5akc: MutS in complex with the N-terminal domain of MutL - crystal form 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5akc

タイトル

MutS in complex with the N-terminal domain of MutL - crystal form 2

要素

DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTL
DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

キーワード

HYDROLASE / DNA MISMATCH REPAIR / COMPLEX / SLIDING CLAMP / CROSSLINKING

機能・相同性

機能・相同性情報

single-stranded DNA-dependent ATP-dependent DNA helicase complex / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / adenine/cytosine mispair binding / MutS complex / mismatch repair complex / regulation of DNA recombination / mismatched DNA binding / DNA binding, bending / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair ...
類似検索 - 分子機能

DNA mismatch repair protein, MutL / MutL, C-terminal domain, regulatory subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein MutS / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 6.6 Å

データ登録者

Groothuizen, F.S. / Winkler, I. / Cristovao, M. / Fish, A. / Winterwerp, H.H.K. / Reumer, A. / Marx, A.D. / Hermans, N. / Nicholls, R.A. / Murshudov, G.N. ...

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: MutS/MutL crystal structure reveals that the MutS sliding clamp loads MutL onto DNA.
著者: Groothuizen, F.S. / Winkler, I. / Cristovao, M. / Fish, A. / Winterwerp, H.H. / Reumer, A. / Marx, A.D. / Hermans, N. / Nicholls, R.A. / Murshudov, G.N. / Lebbink, J.H. / Friedhoff, P. / Sixma, T.K.

履歴

登録	2015年3月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5akc.cif.gz	2.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5akc.ent.gz	1.9 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5akc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/5akc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/5akc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5akbC 5akdC 1bknS 1w7aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5akb-1 5akd-1 5akd-2 5akd-3 6wpa-d 0901 5d6s-d 6d1u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
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#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
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インスリン受容体 (Insulin receptor)
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ユビキチン (Ubiquitin)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
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#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
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登録構造単位

A: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

B: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

C: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTL

D: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTL

E: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

F: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

G: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTL

H: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTL

I: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

J: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

K: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTL

L: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTL

ヘテロ分子

788 kDa, 12 ポリマー
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1

A: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

B: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

C: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTL

D: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
263 kDa, 4 ポリマー
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2

E: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

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3

I: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

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ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	380.630, 126.460, 243.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.41, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	SER	SER	A	A	128 - 800	128 - 800
2	1	ARG	ARG	SER	SER	B	B	128 - 800	128 - 800
1	2	ARG	ARG	SER	SER	A	A	128 - 800	128 - 800
2	2	ARG	ARG	SER	SER	E	E	128 - 800	128 - 800
1	3	ARG	ARG	SER	SER	A	A	128 - 800	128 - 800
2	3	ARG	ARG	SER	SER	F	F	128 - 800	128 - 800
1	4	ARG	ARG	SER	SER	A	A	128 - 800	128 - 800
2	4	ARG	ARG	SER	SER	I	I	128 - 800	128 - 800
1	5	ARG	ARG	SER	SER	A	A	128 - 800	128 - 800
2	5	ARG	ARG	SER	SER	J	J	128 - 800	128 - 800
1	6	ARG	ARG	SER	SER	B	B	128 - 800	128 - 800
2	6	ARG	ARG	SER	SER	E	E	128 - 800	128 - 800
1	7	ARG	ARG	SER	SER	B	B	128 - 800	128 - 800
2	7	ARG	ARG	SER	SER	F	F	128 - 800	128 - 800
1	8	ARG	ARG	SER	SER	B	B	128 - 800	128 - 800
2	8	ARG	ARG	SER	SER	I	I	128 - 800	128 - 800
1	9	ARG	ARG	SER	SER	B	B	128 - 800	128 - 800
2	9	ARG	ARG	SER	SER	J	J	128 - 800	128 - 800
1	10	VAL	VAL	GLN	GLN	C	C	20 - 331	40 - 351
2	10	VAL	VAL	GLN	GLN	D	D	20 - 331	40 - 351
1	11	VAL	VAL	GLN	GLN	C	C	20 - 331	40 - 351
2	11	VAL	VAL	GLN	GLN	G	G	20 - 331	40 - 351
1	12	VAL	VAL	GLN	GLN	C	C	20 - 331	40 - 351
2	12	VAL	VAL	GLN	GLN	H	H	20 - 331	40 - 351
1	13	VAL	VAL	GLN	GLN	C	C	20 - 331	40 - 351
2	13	VAL	VAL	GLN	GLN	K	K	20 - 331	40 - 351
1	14	VAL	VAL	GLN	GLN	C	C	20 - 331	40 - 351
2	14	VAL	VAL	GLN	GLN	L	L	20 - 331	40 - 351
1	15	VAL	VAL	GLN	GLN	D	D	20 - 331	40 - 351
2	15	VAL	VAL	GLN	GLN	G	G	20 - 331	40 - 351
1	16	VAL	VAL	GLN	GLN	D	D	20 - 331	40 - 351
2	16	VAL	VAL	GLN	GLN	H	H	20 - 331	40 - 351
1	17	VAL	VAL	GLN	GLN	D	D	20 - 331	40 - 351
2	17	VAL	VAL	GLN	GLN	K	K	20 - 331	40 - 351
1	18	VAL	VAL	GLN	GLN	D	D	20 - 331	40 - 351
2	18	VAL	VAL	GLN	GLN	L	L	20 - 331	40 - 351
1	19	ARG	ARG	SER	SER	E	E	128 - 800	128 - 800
2	19	ARG	ARG	SER	SER	F	F	128 - 800	128 - 800
1	20	ARG	ARG	SER	SER	E	E	128 - 800	128 - 800
2	20	ARG	ARG	SER	SER	I	I	128 - 800	128 - 800
1	21	ARG	ARG	SER	SER	E	E	128 - 800	128 - 800
2	21	ARG	ARG	SER	SER	J	J	128 - 800	128 - 800
1	22	ARG	ARG	SER	SER	F	F	128 - 800	128 - 800
2	22	ARG	ARG	SER	SER	I	I	128 - 800	128 - 800
1	23	ARG	ARG	SER	SER	F	F	128 - 800	128 - 800
2	23	ARG	ARG	SER	SER	J	J	128 - 800	128 - 800
1	24	VAL	VAL	GLN	GLN	G	G	20 - 331	40 - 351
2	24	VAL	VAL	GLN	GLN	H	H	20 - 331	40 - 351
1	25	VAL	VAL	GLN	GLN	G	G	20 - 331	40 - 351
2	25	VAL	VAL	GLN	GLN	K	K	20 - 331	40 - 351
1	26	VAL	VAL	GLN	GLN	G	G	20 - 331	40 - 351
2	26	VAL	VAL	GLN	GLN	L	L	20 - 331	40 - 351
1	27	VAL	VAL	GLN	GLN	H	H	20 - 331	40 - 351
2	27	VAL	VAL	GLN	GLN	K	K	20 - 331	40 - 351
1	28	VAL	VAL	GLN	GLN	H	H	20 - 331	40 - 351
2	28	VAL	VAL	GLN	GLN	L	L	20 - 331	40 - 351
1	29	ARG	ARG	SER	SER	I	I	128 - 800	128 - 800
2	29	ARG	ARG	SER	SER	J	J	128 - 800	128 - 800
1	30	VAL	VAL	GLN	GLN	K	K	20 - 331	40 - 351
2	30	VAL	VAL	GLN	GLN	L	L	20 - 331	40 - 351

NCSアンサンブル:

詳細

IN THIS STRUCTURE SINGLE CYSTEINES IN MUTS AND THE LN40 DOMAIN OF MUTL HAVE BEEN PLACED SUCH THAT CROSSLINKING OCCURS ONLY IN THE PRESENCE OF A DNA MISMATCH AND A NUCLEOTIDE (SEE WINKLER ET AL 2011, JBC). TO OBTAIN HOMOGENEOUS MATERIAL BOTH MUTS SUBUNITS HAVE BEEN CROSSLINKED TO A MUTL(LN40), WHEREAS FOR BIOLOGICAL FUNCTION ONLY ONE MUTL PER MUTS DIMER IS REQUIRED.

#1: タンパク質	DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS / MUTS 分子量: 89476.086 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現詳細: BM(PEO)3 (THIOETHER) CROSSLINK BETWEEN A 246 AND D 131, B 246 AND C 131, E 246 AND H 131, F 246 AND G 131, I 246 AND L 131, J 246 AND K 131 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / プラスミド: PET3D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834(DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P23909
#2: タンパク質	DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTL / MUTL 分子量: 41275.738 Da / 分子数: 6 / Fragment: N-TERMINAL DOMAIN / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P23367
#3: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
配列の詳細	NATIVE CYSTEINES REPLACED AND ONE CYSTEINE INTRODUCED N-TERMINAL HIS-TAG. NATIVE CYSTEINES REPLACED ...NATIVE CYSTEINES REPLACED AND ONE CYSTEINE INTRODUCED N-TERMINAL HIS-TAG. NATIVE CYSTEINES REPLACED AND ONE CYSTEINE INTRODUCED

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 68 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 9-12% PEG8000, 100 MM TRIS PH 7.0, 200 MM MGCL2, 80-450 MM SODIUM MALONATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00809
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00809 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 6.6→49.94 Å / Num. obs: 21305 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 3.4
反射シェル	解像度: 6.6→7.13 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0107	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1W7A AND 1BKN

1w7a

1bkn

解像度: 6.6→243.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.882 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.831 / SU B: 919.149 / SU ML: 3.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 2.965 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES WITH TLS ADDED. RESIDUES ABEFIJ1-127, ABEFIJ660-669, CDGHKLF1-19, CDGHKLF74-79, CDGHKLF126-131, CDGHKL300-314, CDGHKL332- -349 ARE DISORDERED. CROSSLINKER BMPEO3 IS DISORDERED. IN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29142	1088	5.1 %	RANDOM
R_work	0.25895	-	-	-
obs	0.26067	20185	95.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1.2 Å / 減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 253.138 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-24.46 Å²	0 Å²	4.92 Å²
2-	-	14.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 6.6→243.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	44868	0	186	0	45054

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	45792
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.504	1.976	62016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.029	5	5652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.796	23.288	2190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.118	15	8070
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.441	15	486
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	7080
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	34494
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	1770	0.02
1	2	B	1770	0.02
2	1	A	1770	0.02
2	2	E	1770	0.02
3	1	A	1764	0.01
3	2	F	1764	0.01
4	1	A	1770	0.02
4	2	I	1770	0.02
5	1	A	1776	0.03
5	2	J	1776	0.03
6	1	B	1772	0.02
6	2	E	1772	0.02
7	1	B	1776	0.02
7	2	F	1776	0.02
8	1	B	1784	0.02
8	2	I	1784	0.02
9	1	B	1788	0.03
9	2	J	1788	0.03
10	1	C	708	0.06
10	2	D	708	0.06
11	1	C	720	0.09
11	2	G	720	0.09
12	1	C	708	0.09
12	2	H	708	0.09
13	1	C	726	0.06
13	2	K	726	0.06
14	1	C	744	0.04
14	2	L	744	0.04
15	1	D	720	0.09
15	2	G	720	0.09
16	1	D	718	0.05
16	2	H	718	0.05
17	1	D	714	0.03
17	2	K	714	0.03
18	1	D	718	0.03
18	2	L	718	0.03
19	1	E	1778	0.02
19	2	F	1778	0.02
20	1	E	1770	0.01
20	2	I	1770	0.01
21	1	E	1782	0.04
21	2	J	1782	0.04
22	1	F	1774	0.02
22	2	I	1774	0.02
23	1	F	1780	0.03
23	2	J	1780	0.03
24	1	G	712	0.05
24	2	H	712	0.05
25	1	G	716	0.09
25	2	K	716	0.09
26	1	G	734	0.1
26	2	L	734	0.1
27	1	H	714	0.04
27	2	K	714	0.04
28	1	H	722	0.06
28	2	L	722	0.06
29	1	I	1780	0.03
29	2	J	1780	0.03
30	1	K	730	0.01
30	2	L	730	0.01

LS精密化シェル

解像度: 6.6→6.771 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.431	79	-
R_work	0.401	1494	-
obs	-	-	97.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7232	0.2217	0.3893	1.7268	0.3254	3.5823	0.393	-0.0729	-0.496	0.0254	0.0068	0.2813	0.4447	0.5141	-0.3998	4.7403	0.2179	-0.3329	0.1844	-0.0373	1.1299	433.2325	9.8965	310.9274
2	2.6088	-0.0705	0.5281	0.6281	0.8411	3.8058	0.1023	0.0014	0.4233	-0.2135	-0.1583	0.17	-0.6639	0.7658	0.056	5.0915	0.0092	-0.0865	0.4135	-0.0587	1.2941	436.3412	38.9709	312.7122
3	5.5487	4.9702	0.567	9.4285	4.2607	3.2096	-0.2373	-0.5287	-0.912	-0.3173	-0.3304	0.2828	0.1214	0.1635	0.5677	4.3521	0.4477	-0.2729	1.8531	-0.1206	0.81	437.2991	6.0465	266.4416
4	6.6898	-2.503	-1.3412	7.4931	1.6545	3.8251	0.0145	0.9896	0.1862	-0.3006	-0.4655	0.9234	0.1212	-0.0448	0.451	4.6239	-0.6829	-0.0903	1.7594	-0.4204	0.3366	445.3289	42.1459	355.0615
5	2.3602	-0.5693	-0.1328	2.4715	-0.6758	0.8467	-0.1049	-0.1757	-0.2041	-0.1929	0.0787	0.5521	0.3047	-0.4299	0.0262	5.9165	-0.0154	-0.1706	0.3146	-0.0576	0.5655	507.58	59.9682	323.8043
6	2.447	-0.6968	0.2547	0.6523	0.3635	1.7727	0.1622	-0.4708	-0.0911	0.1203	0.1245	-0.3887	-0.2701	0.0788	-0.2866	5.7331	0.3078	-0.0023	0.1303	0.0462	0.402	531.2639	56.0961	340.8896
7	3.006	-1.4671	-0.3437	4.0073	-2.0738	2.2441	-0.3204	-0.2823	-0.5388	-0.1363	0.5541	0.2715	0.3874	-1.2045	-0.2337	5.0189	0.1089	-0.0992	1.7562	-0.1587	1.1178	487.5535	91.2624	348.6605
8	6.0428	0.5606	0.5972	1.0148	0.4235	0.357	0.0812	0.2689	-0.4291	0.2103	0.1616	0.2975	0.1233	0.3268	-0.2428	3.333	0.244	0.2499	1.5479	-0.5644	2.3388	557.7815	36.8884	310.7398
9	3.7264	2.0984	0.0018	1.5481	0.8748	2.3031	-0.2442	1.0541	1.097	-0.4294	0.3894	0.4342	-0.2351	-0.5055	-0.1452	5.5501	0.1376	0.1483	0.976	0.5741	0.9251	536.1409	0.0502	253.2497
10	2.3438	1.2077	0.4722	2.7026	-0.6831	2.9293	-0.2765	0.1716	1.3693	-0.0659	0.5291	0.7314	0.0076	-1.6605	-0.2526	6.2017	0.4475	0.0983	1.0752	0.4364	1.254	514.4794	-8.7598	270.9701
11	7.9021	0.7157	-1.7551	4.9192	0.2277	3.2466	-0.2841	-0.3978	0.1024	-0.2941	0.4606	0.5014	-0.2348	0.5047	-0.1765	4.3418	0.2126	-0.0089	0.5817	-0.7641	1.7658	558.8147	24.4657	283.5034
12	8.0142	2.9252	-0.3512	2.1051	0.8658	1.3086	0.0339	0.2815	1.1128	-0.3097	0.0095	0.406	-0.4508	-0.9717	-0.0435	5.0982	-0.025	-0.0021	2.2531	0.1118	1.3363	500.4753	-43.4967	246.7836

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	128 - 1802
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	128 - 1802
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	20 - 331
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	20 - 331
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	128 - 1802
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	128 - 1802
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	20 - 331
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	20 - 331
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	128 - 1802
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	128 - 1802
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	20 - 331
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	20 - 331

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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