PDB-5akb: MutS in complex with the N-terminal domain of MutL - crystal form 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5akb

タイトル

MutS in complex with the N-terminal domain of MutL - crystal form 1

要素

DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTL
DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE / DNA MISMATCH REPAIR / COMPLEX / SLIDING CLAMP / CROSSLINKING

機能・相同性

機能・相同性情報

single-stranded DNA-dependent ATP-dependent DNA helicase complex / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / adenine/cytosine mispair binding / MutS complex / mismatch repair complex / regulation of DNA recombination / nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding / mismatched DNA binding / DNA binding, bending / ATP-dependent DNA damage sensor activity ...
類似検索 - 分子機能

DNA mismatch repair protein, MutL / MutL, C-terminal domain, regulatory subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein MutS / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.71 Å

データ登録者

Groothuizen, F.S. / Winkler, I. / Cristovao, M. / Fish, A. / Winterwerp, H.H.K. / Reumer, A. / Marx, A.D. / Hermans, N. / Nicholls, R.A. / Murshudov, G.N. ...

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: MutS/MutL crystal structure reveals that the MutS sliding clamp loads MutL onto DNA.
著者: Groothuizen, F.S. / Winkler, I. / Cristovao, M. / Fish, A. / Winterwerp, H.H. / Reumer, A. / Marx, A.D. / Hermans, N. / Nicholls, R.A. / Murshudov, G.N. / Lebbink, J.H. / Friedhoff, P. / Sixma, T.K.

履歴

登録	2015年3月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月27日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5akb.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5akb.ent.gz	944.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5akb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5akb_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5akb_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5akb_validation.xml.gz	100.3 KB	表示
CIF形式データ	5akb_validation.cif.gz	132.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/5akb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/5akb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5akcC 5akdC 1bknS 1w7aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5akc-1 5akc-2 5akc-3 5akd-1 5akd-2 5akd-3 6wpa-d 6d1u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
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キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
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Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
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解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
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#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

B: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

C: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTL

D: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTL

E: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

F: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTL

ヘテロ分子

394 kDa, 6 ポリマー
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1

A: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

B: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

C: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTL

D: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
263 kDa, 4 ポリマー
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2

E: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

F: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTL

ヘテロ分子

E: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

F: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
263 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	165.932, 188.544, 200.426
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.77, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	E
1	3	B
2	3	E
1	4	C
2	4	D
1	5	C
2	5	F
1	6	D
2	6	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	SER	SER	A	A	128 - 800	128 - 800
2	1	ARG	ARG	SER	SER	B	B	128 - 800	128 - 800
1	2	ARG	ARG	SER	SER	A	A	128 - 800	128 - 800
2	2	ARG	ARG	SER	SER	E	E	128 - 800	128 - 800
1	3	ARG	ARG	SER	SER	B	B	128 - 800	128 - 800
2	3	ARG	ARG	SER	SER	E	E	128 - 800	128 - 800
1	4	VAL	VAL	GLN	GLN	C	C	20 - 331	40 - 351
2	4	VAL	VAL	GLN	GLN	D	D	20 - 331	40 - 351
1	5	VAL	VAL	GLN	GLN	C	C	20 - 331	40 - 351
2	5	VAL	VAL	GLN	GLN	F	F	20 - 331	40 - 351
1	6	VAL	VAL	GLN	GLN	D	D	20 - 331	40 - 351
2	6	VAL	VAL	GLN	GLN	F	F	20 - 331	40 - 351

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

詳細

IN THIS STRUCTURE SINGLE CYSTEINES IN MUTS AND THE LN40 DOMAIN OF MUTL HAVE BEEN PLACED SUCH THAT CROSSLINKING OCCURS ONLY IN THE PRESENCE OF A DNA MISMATCH AND A NUCLEOTIDE (SEE WINKLER ET AL 2011, JBC). TO OBTAIN HOMOGENEOUS MATERIAL BOTH MUTS SUBUNITS HAVE BEEN CROSSLINKED TO A MUTL(LN40), WHEREAS FOR BIOLOGICAL FUNCTION ONLY ONE MUTL PER MUTS DIMER IS REQUIRED.

#1: タンパク質	DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS 分子量: 89476.086 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現詳細: BM(PEO)3 (THIOETHER) CROSSLINK BETWEEN-A 246 AND D 131, B 246 AND C 131, E 246 AND F 131 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P23909
#2: タンパク質	DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTL 分子量: 41275.738 Da / 分子数: 3 / Fragment: N-TERMINAL DOMAIN / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P23367
#3: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
配列の詳細	NATIVE CYSTEINES REPLACED AND ONE CYSTEINE INTRODUCED N-TERMINAL HIS-TAG. NATIVE CYSTEINES REPLACED ...NATIVE CYSTEINES REPLACED AND ONE CYSTEINE INTRODUCED N-TERMINAL HIS-TAG. NATIVE CYSTEINES REPLACED AND ONE CYSTEINE INTRODUCED

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 9-12% PEG8000, 100 MM TRIS PH 7.0, 200 MM MGCL2, 80-450 MM SODIUM MALONATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976251
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4.71→82.7 Å / Num. obs: 31052 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 2.5
反射シェル	解像度: 4.71→4.96 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0107	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1W7A AND 1BKN

1w7a

1bkn

解像度: 4.71→199.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.893 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.87 / SU B: 586.437 / SU ML: 2.651 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.453 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES WITH TLS ADDED RESIDUES ABE1-127, ABE660-669, E442-516, CDF1-19, CDF74-79, CDF126-131, CDF300-314, CDF332-349 ARE DISORDERED. CROSSLINKER BMPEO3 IS DISORDERED. IN THIS STRUCTURE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.34918	1499	4.8 %	RANDOM
R_work	0.31939	-	-	-
obs	0.32088	29545	97.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1.1 Å / 減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 234.958 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.07 Å²	0 Å²	-6.76 Å²
2-	-	-13.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	25.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.71→199.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21813	0	93	0	21906

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	22263
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.422	1.977	30153
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.375	5	2750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.291	23.308	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.613	15	3917
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.773	15	235
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	3448
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	16760
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.27	6.489	11055
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.694	9.724	13787
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.422	6.525	11201
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	20.784	60.142	90637
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	1746	0.07
1	2	B	1746	0.07
2	1	A	1236	0.31
2	2	E	1236	0.31
3	1	B	1234	0.32
3	2	E	1234	0.32
4	1	C	722	0.06
4	2	D	722	0.06
5	1	C	746	0.06
5	2	F	746	0.06
6	1	D	720	0.07
6	2	F	720	0.07

LS精密化シェル

解像度: 4.71→4.832 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.415	111	-
R_work	0.45	2230	-
obs	-	-	97.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9658	3.0677	1.1843	2.6199	1.0543	0.4349	-0.3877	-0.4913	-0.0502	0.2687	0.1651	0.3176	0.1666	0.1072	0.2226	2.4897	0.7154	0.7846	3.2234	0.0431	0.8664	192.0585	-2.8862	270.6282
2	2.348	-1.7678	1.6945	3.9109	-0.7407	2.251	-0.1751	-0.3041	-0.3678	0.434	0.2193	1.0105	0.2288	-0.0016	-0.0442	1.7847	0.1404	0.7268	3.1012	0.1127	0.4838	203.0412	-11.3925	237.9357
3	0.0908	-0.3496	0.1407	1.9959	-0.6907	0.2525	-0.0948	0.1107	0.1884	-0.2106	-0.031	-0.0793	-0.0368	0.0882	0.1258	2.1404	-0.0417	0.0958	2.3667	-0.0246	1.9478	189.1203	41.2253	196.9357
4	5.0455	1.5285	-0.6863	0.5156	-0.5698	4.7445	-0.1711	-0.0746	-0.6281	-0.0535	-0.1728	-0.3719	-0.1605	0.1757	0.3438	1.8755	0.2953	0.205	2.1216	-0.1716	1.9901	243.7167	-13.9646	252.5531
5	2.7282	2.5705	1.7051	2.5188	1.6616	1.1332	-0.1154	0.051	0.4233	-0.0209	0.1089	0.1372	-0.3007	0.0354	0.0065	2.237	0.1988	0.4785	3.0195	-0.39	0.9868	243.6531	5.4063	224.9999
6	2.0797	-1.4324	1.2256	2.3482	-1.097	2.2555	-0.554	-0.6641	1.3681	0.3243	0.0387	-0.6875	-0.0147	0.0729	0.5153	2.1661	0.4152	0.1534	3.1968	-0.9397	1.187	222.3732	22.0586	248.2453
7	1.4123	0.9445	-0.5029	4.4987	-1.0381	0.6164	-0.2134	0.2045	0.0401	0.2863	0.4457	0.153	0.0963	-0.0223	-0.2323	1.9628	0.0548	0.011	2.126	-0.0111	1.8291	162.7148	34.6791	220.3844
8	9.5393	2.2364	3.2228	12.9063	-2.6481	2.0287	0.293	-0.4444	-0.276	-0.2706	-0.2122	-0.1119	0.1037	-0.1631	-0.0808	2.1242	0.2119	0.283	2.4485	-0.3052	1.0923	223.694	-12.535	274.2528
9	4.4809	2.9222	1.4594	2.5831	0.1701	1.7859	-0.6747	-0.0497	-0.3873	0.2874	0.4618	-0.3195	-0.5353	0.0698	0.2129	2.2026	0.3772	0.6371	3.1429	-0.3088	0.3852	230.6202	-23.4052	218.0139
10	1.837	-0.4477	0.1286	0.8665	0.7691	2.5814	-0.0302	-0.1711	-0.0323	-0.4286	0.0749	0.1222	0.0029	-0.3818	-0.0447	1.9216	-0.061	0.1094	2.1407	0.0733	1.6859	208.4706	-34.4481	197.8721
11	1.7471	0.9164	0.6536	1.8019	-0.4864	0.779	-0.077	-0.3001	0.4403	0.1235	-0.0357	0.1589	-0.1242	-0.0404	0.1127	2.0835	0.1233	0.1544	2.2901	-0.2522	1.8875	209.4434	23.726	280.7063
12	1.4575	-0.0111	-0.3263	1.9453	-0.4426	0.187	-0.0674	-0.0757	0.0531	-0.3598	0.1763	0.31	-0.0204	0.0823	-0.109	2.1501	0.0355	0.07	2.2769	-0.0641	1.9784	206.3779	55.2018	276.3421
13	1.6509	-0.5307	-1.0734	1.6692	-0.8232	1.7679	0.088	0.1022	-0.0385	0.0055	0.2007	-0.219	0.0625	-0.1132	-0.2887	1.9865	0.02	0.0158	2.1792	-0.0076	1.8034	243.935	-54.9532	269.9471
14	0.0706	0.0904	-0.0991	1.4495	-0.1509	0.1692	0.0326	0.0508	-0.0568	-0.0967	0.0427	-0.0797	0.109	-0.0279	-0.0753	1.9369	-0.0314	0.1278	2.2329	0.0257	1.7701	212.7917	-65.1789	283.3903
15	3.4605	-3.6269	-0.6276	3.9075	0.6835	0.1358	-0.3274	-0.2411	-0.2895	-0.025	0.3623	0.5902	-0.1596	0.0362	-0.0349	2.2737	-0.0645	0.2435	2.3697	0.1843	2.1772	212.587	-27.051	305.8473
16	0.2171	-0.0117	0.6088	1.3737	0.4527	1.9125	0.0463	0.0251	-0.0477	-0.0598	0.0999	0.1348	-0.1022	-0.029	-0.1462	1.8495	-0.048	0.1087	2.284	0.1214	1.981	183.9557	-54.7212	301.7071
17	0.1083	-0.0493	-0.2728	1.0183	1.074	1.7722	0.0681	0.1678	-0.1519	0.2864	-0.1225	0.0685	0.3335	-0.0813	0.0544	2.0593	-0.0473	-0.0112	2.2747	0.0054	2.1507	168.9275	-78.0271	285.8062

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	128 - 266
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	267 - 442
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	517 - 765
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1800 - 1802
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	443 - 516
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	766 - 800
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	128 - 266
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	267 - 442
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	517 - 765
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1800 - 1802
11	X-RAY DIFFRACTION	7	B	443 - 516
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	766 - 800
13	X-RAY DIFFRACTION	9	C	20 - 204
14	X-RAY DIFFRACTION	10	C	205 - 331
15	X-RAY DIFFRACTION	11	D	20 - 204
16	X-RAY DIFFRACTION	12	D	205 - 331
17	X-RAY DIFFRACTION	13	E	128 - 266
18	X-RAY DIFFRACTION	14	E	267 - 765
19	X-RAY DIFFRACTION	14	E	1800 - 1802
20	X-RAY DIFFRACTION	15	E	766 - 800
21	X-RAY DIFFRACTION	16	F	20 - 204
22	X-RAY DIFFRACTION	17	F	205 - 331

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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