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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ajt | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of ligand-free phosphoribohydrolase lonely guy from Claviceps purpurea | |||||||||
![]() | PHOSPHORIBOHYDROLASE LONELY GUY | |||||||||
![]() | HYDROLASE / CYTOKININ / ROSSMANN FOLD / LYSINE DECARBOXYLASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Dzurova, L. / Savino, S. / Forneris, F. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The three-dimensional structure of "Lonely Guy" from Claviceps purpurea provides insights into the phosphoribohydrolase function of Rossmann fold-containing lysine decarboxylase-like proteins. 著者: Dzurova, L. / Forneris, F. / Savino, S. / Galuszka, P. / Vrabka, J. / Frebort, I. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 351.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 291 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29171.932 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-TAR / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 100MM AMMONIUM TARTRATE, 100MM POTASSIUM SULFATE, 23% PEG3350, 17% GLYCEROL, 3% ETHYLENE GLYCOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97626 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.43→46.47 Å / Num. obs: 41288 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 54.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.43→2.53 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2A33 解像度: 2.43→46.471 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.02 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: RESIDUES VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY RANGING FROM 24 TO 240
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.43→46.471 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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