PDB-5ajt: Crystal structure of ligand-free phosphoribohydrolase lonely guy ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ajt

タイトル

Crystal structure of ligand-free phosphoribohydrolase lonely guy from Claviceps purpurea

要素

PHOSPHORIBOHYDROLASE LONELY GUY

キーワード

HYDROLASE / CYTOKININ / ROSSMANN FOLD / LYSINE DECARBOXYLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cytokinin biosynthetic process / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

CLAVICEPS PURPUREA (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.43 Å

データ登録者

Dzurova, L. / Savino, S. / Forneris, F.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: The three-dimensional structure of "Lonely Guy" from Claviceps purpurea provides insights into the phosphoribohydrolase function of Rossmann fold-containing lysine decarboxylase-like proteins.
著者: Dzurova, L. / Forneris, F. / Savino, S. / Galuszka, P. / Vrabka, J. / Frebort, I.

履歴

登録	2015年2月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月5日	Group: Database references
改定 2.0	2019年6月26日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / citation_author / entity / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_biol Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_auth_atom_name / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ajt.cif.gz	351.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ajt.ent.gz	291 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ajt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/5ajt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/5ajt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ajuC 2a33S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2aj4-2 5o9x-d 4c77-d 2r46-1 5jjp-4 6txb-1 5m10-d 4mka-1 6tuv-1 4xhu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PHOSPHORIBOHYDROLASE LONELY GUY

B: PHOSPHORIBOHYDROLASE LONELY GUY

C: PHOSPHORIBOHYDROLASE LONELY GUY

D: PHOSPHORIBOHYDROLASE LONELY GUY

ヘテロ分子

118 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PHOSPHORIBOHYDROLASE LONELY GUY

B: PHOSPHORIBOHYDROLASE LONELY GUY

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: PHOSPHORIBOHYDROLASE LONELY GUY

D: PHOSPHORIBOHYDROLASE LONELY GUY

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.540, 83.170, 163.652
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.03, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	PHOSPHORIBOHYDROLASE LONELY GUY 分子量: 29171.932 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CLAVICEPS PURPUREA (菌類) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: M1VUY5
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 100MM AMMONIUM TARTRATE, 100MM POTASSIUM SULFATE, 23% PEG3350, 17% GLYCEROL, 3% ETHYLENE GLYCOL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97626
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.43→46.47 Å / Num. obs: 41288 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 54.69 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 2.43→2.53 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A33

2a33

解像度: 2.43→46.471 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.02 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY RANGING FROM 24 TO 240

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2401	1937	4.7 %
R_work	0.2151	-	-
obs	0.2163	41189	98.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.43→46.471 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6544	0	70	129	6743

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6867
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.114	9316
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.109	2517
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	1036
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1219

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.43-2.4908	0.4595	138	0.3788	2778	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4908-2.5581	0.3809	147	0.3628	2800	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5581-2.6334	0.3395	151	0.325	2766	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6334-2.7184	0.3818	130	0.32	2799	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7184-2.8155	0.3696	135	0.307	2728	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8155-2.9282	0.3557	147	0.3001	2807	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9282-3.0615	0.351	141	0.2815	2813	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0615-3.2228	0.2707	139	0.2657	2774	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2228-3.4247	0.2476	138	0.2527	2793	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4247-3.689	0.2187	121	0.2165	2828	X-RAY DIFFRACTION	99
3.689-4.0601	0.186	145	0.1907	2822	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0601-4.6471	0.198	105	0.163	2849	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6471-5.853	0.2086	161	0.1673	2832	X-RAY DIFFRACTION	99
5.853-46.4793	0.1793	139	0.1619	2863	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5908	-0.1393	0.2142	0.8206	0.5553	0.7435	-0.2426	0.1287	0.4646	0.4416	0.3489	-0.367	-0.4016	0.0358	-0.0559	0.4946	-0.0587	-0.0849	0.7152	-0.043	0.5212	15.8436	40.6974	78.9666
2	3.6892	-0.6047	-1.2382	0.0993	0.2583	0.5626	0.2591	-0.2921	1.3223	-0.6439	0.1122	0.053	-1.1958	0.6132	0.0016	0.6744	-0.0612	-0.0073	0.6422	0.2158	0.5717	17.7956	47.4944	71.7614
3	0.6237	0.5802	0.1949	0.645	-0.2686	1.2808	0.079	0.1944	0.6302	-0.0442	-0.1678	-0.0823	-0.0806	0.0474	0.0002	0.45	-0.1004	-0.1058	0.5184	0.0496	0.5626	18.8357	45.2479	84.1446
4	0.2213	-0.369	-0.0056	0.5211	0.0141	0.2915	0.2397	0.6148	-0.2777	0.294	-0.2127	-0.2854	0.3974	0.4924	0.0008	0.473	-0.1385	-0.0883	0.6561	-0.0434	0.5096	30.0603	44.0505	95.4866
5	0.8066	0.2343	0.6669	0.1058	0.1049	0.5674	0.0775	-0.1972	-0.253	0.2523	-0.179	0.2259	-0.0985	0.0149	0	0.5094	-0.0437	-0.046	0.5264	-0.0858	0.4718	16.8614	37.7021	90.8205
6	0.6771	-0.0634	0.8397	0.4121	-0.5045	1.4579	0.1215	0.303	0.2077	-0.0996	0.1049	0.2216	0.0717	-0.0575	-0.0002	0.336	-0.0435	-0.0515	0.5514	-0.0622	0.4075	10.2945	32.3753	77.0065
7	2.2322	-1.795	-0.5536	1.6272	0.0643	0.9265	-0.1505	0.4768	-0.9879	-0.1743	0.0554	0.4612	0.0156	-0.1877	-0.0377	0.3448	-0.0134	-0.1384	0.7657	-0.2202	0.3644	5.2382	22.8153	67.7377
8	0.2953	-0.0748	0.028	0.28	0.2665	0.3194	0.1501	0.8507	-0.0674	-0.8174	-0.2639	0.9346	-0.4058	-0.2433	-0.014	0.4549	-0.0779	-0.0845	0.6493	0.1022	0.5246	5.29	42.0473	70.1793
9	0.182	0.0648	-0.2141	0.0964	-0.1677	0.413	-0.1674	0.0587	0.1151	-0.2206	-0.1634	0.4771	-0.028	-0.1509	0.0005	0.3752	0.01	-0.0471	0.6302	0.0444	0.4673	-10.6168	28.8855	71.9786
10	0.1819	0.0984	-0.178	0.0543	-0.1223	0.1731	0.0026	-0.0465	-0.633	-0.1256	0.0611	0.2349	0.0691	0.0089	0.0002	0.474	-0.0307	0.042	0.676	-0.1913	0.7915	14.0045	7.2758	77.7191
11	1.4592	1.9222	-1.6742	2.5158	-2.2246	3.9685	-0.4744	0.0467	-0.9732	-0.5234	-0.1459	-0.7018	0.8556	-0.2825	-1.311	0.4296	-0.2048	0.084	0.6843	-0.708	1.1298	12.311	0.9757	70.1327
12	0.1313	0.0905	0.1693	0.79	-0.5569	1.0589	-0.3001	-0.073	-0.7673	0.031	0.0806	0.7214	0.1291	-0.0652	0	0.4021	-0.0401	0.0789	0.4901	-0.1451	0.994	10.6827	2.6566	82.581
13	0.4435	-0.0776	-0.3628	0.4833	-0.1659	0.5367	0.9983	0.2353	0.1796	0.5924	-0.5577	1.4841	0.4997	-0.7548	0.0037	0.6572	-0.1284	0.111	0.7291	-0.1377	1.1481	-1.4807	3.3758	93.0888
14	1.0358	0.101	-0.109	0.2479	0.4409	0.6891	-0.1778	-0.0406	-0.4552	0.1791	-0.347	0.0056	0.2306	0.026	-0.0024	0.4571	-0.0897	-0.033	0.5832	-0.0522	0.6486	12.4003	9.6284	89.8216
15	0.1043	-0.1951	0.2101	0.3015	-0.2815	1.1429	-0.5669	0.3579	-0.7731	0.2838	0.2269	0.077	-0.1364	0.0193	-0.0025	0.3457	-0.0396	-0.0185	0.6134	-0.1422	0.6318	18.9968	16.4696	78.6861
16	1.6679	-0.6975	-0.9475	0.7338	-0.0344	0.6068	0.1818	0.3847	-0.3332	-0.0748	-0.1593	-0.479	0.0588	0.116	0	0.312	-0.032	-0.0089	0.717	-0.1382	0.4697	22.8474	19.9099	69.9072
17	0.6584	0.4146	-0.6478	0.2727	0.1716	1.4493	-0.0102	-0.4074	-0.6865	-0.152	-0.5076	-0.3278	0.3181	0.1353	-0.004	0.3849	0.0433	-0.0202	0.6232	-0.0864	0.6391	34.8695	13.2102	71.5635
18	0.7805	-0.2516	0.4425	1.0056	-1.0804	1.1023	-0.1178	-0.1449	-0.1694	-0.0017	0.0904	-0.7894	0.2785	0.2319	-0.0019	0.7469	0.0773	0.3484	0.4995	-0.0002	0.7895	33.2859	64.0497	117.4348
19	0.8406	-0.7216	0.7957	0.5681	-0.774	1.2436	0.0367	0.0415	-0.1677	-0.1769	-0.1942	-0.6136	0.4015	0.3519	0.0002	0.6231	0.0796	0.2434	0.4855	0.0469	0.8828	33.1803	61.54	126.1533
20	0.4446	0.3733	0.234	0.3118	0.1707	0.1332	-0.3071	-0.2968	-0.8394	-0.3372	0.3999	-0.283	0.3205	0.4206	0.0001	0.6557	0.1948	0.2679	0.7022	0.1678	1.0686	31.7251	50.1027	137.2169
21	2.0019	1.2763	2.9243	0.3217	0.4539	0.8932	0.3635	-1.6035	0.3832	-0.4015	-0.5653	-0.2333	0.1496	0.0942	-0.0321	0.4896	0.1532	0.1108	0.3994	0.1973	0.6346	30.1045	58.692	133.6598
22	0.5883	0.4009	0.0259	0.9881	-0.2857	1.4953	-0.0019	-0.0262	-0.0053	-0.1742	-0.1205	-0.6133	-0.1549	-0.2134	0	0.7044	0.0759	0.1281	0.3692	0.0397	0.4438	20.6248	69.2447	121.59
23	1.642	0.3145	0.4701	0.4486	0.2649	0.2532	-0.2024	0.0509	0.2784	-0.9661	-0.1122	0.0533	0.3874	0.1019	-0.0989	1.1129	0.072	0.1459	0.4477	0.1098	0.4139	14.0243	74.4768	108.9083
24	0.8222	-0.546	0.0585	0.9266	-0.7175	1.3244	-0.853	0.0855	-0.0971	0.2018	0.3025	-0.1788	0.0255	0.2954	-0.1852	0.7407	0.0012	0.1801	0.4596	-0.0205	0.5712	22.6878	85.6202	113.5155
25	0.702	-0.5534	-0.308	0.9	0.7876	0.7014	-0.0197	-0.1014	0.1153	-0.7242	0.0625	0.4988	0.1513	-0.1892	-0.0002	0.9348	0.0899	-0.0328	0.5262	-0.0115	0.5919	-4.4321	65.7079	118.0935
26	0.2167	-0.0452	-0.2134	0.2342	-0.1535	0.3328	-0.2103	0.1991	-0.1559	0.7259	-0.1197	-0.0447	-1.3253	-0.7239	-0.0428	1.0009	0.2222	-0.3526	0.638	-0.0705	0.6493	-10.4245	67.4738	110.2037
27	0.5451	0.0611	-0.3482	0.5571	-0.0751	0.4433	0.1913	-0.277	0.4743	-0.315	-0.1702	1.0683	-0.4673	-0.174	0.0062	0.7724	0.109	-0.3148	0.5889	-0.0715	0.6803	-10.7286	68.1669	119.5528
28	0.3466	-0.2103	-0.1936	0.1258	0.1484	0.4423	0.3143	-1.0504	0.2332	0.0716	-0.5914	0.7965	0.136	-0.1615	-0.0008	0.4834	0.0568	-0.0108	0.6371	-0.0421	0.7093	-6.9041	69.9235	129.3284
29	0.5069	0.4238	0.0331	1.0813	0.5302	0.5782	-0.2002	-0.1854	-0.0096	-0.1764	0.0311	0.1006	-0.2685	-0.1747	-0.0003	0.595	0.1229	-0.0413	0.4535	0.014	0.5131	-5.7169	72.711	131.6502
30	0.7029	0.2502	0.0084	0.2742	0.2712	1.3187	0.0518	-0.2143	-0.3363	-0.2706	-0.1036	0.5167	-0.0643	-0.0918	0.0034	0.7199	0.0155	-0.0336	0.4302	-0.0324	0.4368	4.7564	60.8854	119.2892
31	2.4499	0.8563	-0.423	1.0677	0.0038	0.6951	-0.2336	0.0737	-0.8353	-0.5228	0.0218	-0.4185	-0.0854	-0.0426	-0.1357	0.9526	0.0891	0.0309	0.3373	-0.107	0.2392	8.7062	57.3075	110.6353
32	0.4334	-0.4632	-0.1744	0.3818	0.1334	0.9978	-0.1953	0.464	-0.5166	-0.0892	-0.0965	0.5807	-0.2859	-0.0832	-0.0022	0.7212	-0.0135	-0.058	0.5142	-0.0088	0.4978	2.1223	45.0572	111.7037

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 24 THROUGH 39 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 40 THROUGH 55 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 56 THROUGH 94 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 95 THROUGH 114 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 115 THROUGH 140 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 141 THROUGH 186 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 187 THROUGH 209 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 210 THROUGH 225 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'A' AND (RESID 226 THROUGH 240 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 24 THROUGH 39 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 40 THROUGH 55 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 56 THROUGH 94 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 95 THROUGH 114 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 115 THROUGH 140 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'B' AND (RESID 141 THROUGH 169 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'B' AND (RESID 170 THROUGH 215 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'B' AND (RESID 216 THROUGH 240 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'C' AND (RESID 24 THROUGH 55 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN 'C' AND (RESID 56 THROUGH 94 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN 'C' AND (RESID 95 THROUGH 114 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN 'C' AND (RESID 115 THROUGH 127 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN 'C' AND (RESID 128 THROUGH 186 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN 'C' AND (RESID 187 THROUGH 215 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN 'C' AND (RESID 216 THROUGH 240 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN 'D' AND (RESID 24 THROUGH 39 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN 'D' AND (RESID 40 THROUGH 55 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN 'D' AND (RESID 56 THROUGH 81 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN 'D' AND (RESID 82 THROUGH 94 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN 'D' AND (RESID 95 THROUGH 140 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN 'D' AND (RESID 141 THROUGH 169 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN 'D' AND (RESID 170 THROUGH 215 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN 'D' AND (RESID 216 THROUGH 240 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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