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- PDB-5ajs: Crystal structure of a coiled-coil domain from human THAP11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ajs
タイトルCrystal structure of a coiled-coil domain from human THAP11
要素THAP DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 11
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitochondrial transcription / TORC1 complex / electron transport chain / neuron differentiation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of neuron apoptotic process / cell population proliferation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...regulation of mitochondrial transcription / TORC1 complex / electron transport chain / neuron differentiation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of neuron apoptotic process / cell population proliferation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
THAP / Zinc finger domain in CG10631, C. elegans LIN-15B and human P52rIPK. / THAP-type zinc finger / THAP domain / Zinc finger THAP-type profile
類似検索 - ドメイン・相同性
THAP domain-containing protein 11
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cukier, C.D. / Maveyraud, L. / Milon, A. / Gervais, V.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: The C-Terminal Region of the Transcriptional Regulator Thap11 Forms a Parallel Coiled-Coil Domain Involved in Protein Dimerization.
著者: Cukier, C.D. / Maveyraud, L. / Saurel, O. / Guillet, V. / Milon, A. / Gervais, V.
履歴
登録2015年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22016年5月11日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THAP DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 11
B: THAP DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 11
C: THAP DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 11
D: THAP DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0304
ポリマ－32,0304
非ポリマー00
水57632
1
C: THAP DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 11
D: THAP DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0152
ポリマ－16,0152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-37.4 kcal/mol
Surface area8910 Å2
手法PISA
2
A: THAP DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 11
B: THAP DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0152
ポリマ－16,0152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-34.1 kcal/mol
Surface area9230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.757, 39.757, 204.127
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9969, 0.05653, 0.05395), (-0.0551, -0.9981, 0.02755), (0.0554, 0.02449, 0.9982)97.89, 23.62, -3.154
2given(-0.05142, 0.9986, -0.008135), (0.9986, 0.0515, 0.01087), (0.01127, -0.007565, -0.9999)21.42, -21.18, -0.06357
3given(0.1102, -0.9921, -0.06001), (-0.9939, -0.1095, -0.01439), (0.0077, 0.06123, -0.9981)75.29, 44.04, -2.093

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要素

#1: タンパク質
THAP DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 11


分子量: 8007.538 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 247-314 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETM-20-THAP11 (201-314) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96EK4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 %
解説: THE COILED-COIL PART OF THE ENTRY 1N6M - AMINO- ACIDS 300-345 - WAS USED AS A SEARCH MODEL.
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1 M NA/K PHOSPHATE PH 6.2, 0.2 M NACL, 40% (V/V) MPD, HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION, T = 285 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9686
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月21日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.508
11-H, K, -L20.492
反射解像度: 2.3→39.76 Å / Num. obs: 13992 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 52.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N6M

1n6m


解像度: 2.3→39.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 7.336 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29516 737 5.3 %THIN SHELLS
Rwork0.207 ---
obs0.21236 13209 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.591 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-32.55 Å20 Å20 Å2
2--32.55 Å20 Å2
3----65.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1880 0 0 32 1912
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191905
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021945
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7082.0082550
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82734410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7755250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.25122.16274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.13415389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.8481525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02397
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.588.0421003
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.5828.0381002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.98912.0061249
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.98.598902
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.116 1 -
Rwork0.237 1031 -
obs--97.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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