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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ajm | ||||||||||||
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タイトル | H5 (VN1194) Asn186Lys Mutant Haemagglutinin in Complex with Avian Receptor Analogue 3'SLN | ||||||||||||
![]() | (HAEMAGGLUTININ ...) x 2 | ||||||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / HAEMAGGLUTININ / HAEMAGGLUTININ MUTANT / H5N1 / INFLUENZA / SIALIC ACID / GLYCOPROTEIN / VIRUS RECEPTOR / AVIAN FLU / SIALYLLACTOSAMINE / 3SLN / 3'SLN / 6SLN / 6'SLN / LSTA | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Xiong, X. / Xiao, H. / Martin, S.R. / Coombs, P.J. / Liu, J. / Collins, P.J. / Vachieri, S.G. / Walker, P.A. / Lin, Y.P. / McCauley, J.W. ...Xiong, X. / Xiao, H. / Martin, S.R. / Coombs, P.J. / Liu, J. / Collins, P.J. / Vachieri, S.G. / Walker, P.A. / Lin, Y.P. / McCauley, J.W. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Enhanced Human Receptor Binding by H5 Haemagglutinins. 著者: Xiong, X. / Xiao, H. / Martin, S.R. / Coombs, P.J. / Liu, J. / Collins, P.J. / Vachieri, S.G. / Walker, P.A. / Lin, Y.P. / Mccauley, J.W. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 219.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 178.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4cqpC ![]() 4cqqC ![]() 4cqrC ![]() 4cqsC ![]() 4cquC ![]() 4cqvC ![]() 4cqwC ![]() 4cqxC ![]() 4cqyC ![]() 4cqzC ![]() 4cr0C ![]() 4bgwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-HAEMAGGLUTININ ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 36965.844 Da / 分子数: 1 / 断片: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 17-342 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Variant: ASN186LYS MUTANT / 参照: UniProt: Q6DQ34 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 19097.990 Da / 分子数: 1 断片: HA2 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 347-512 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Variant: ASN186LYS MUTANT / 参照: UniProt: Q6DQ34 |
-糖 , 5種, 6分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#5: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 3'-sialyl-N-acetyllactosamine |
#6: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#7: 糖 |
-非ポリマー , 2種, 164分子 ![](data/chem/img/MPO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#8: 化合物 | ChemComp-MPO / |
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#9: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
配列の詳細 | MULTIBASIC |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.1 M HEPES/MOPS PH 7.0, 0.05 M MGCL2, 28-30% PEG 550 MME, SEEDED WITH CRUSHED WILD-TYPE VN1194 HA CRYSTALS. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→50.79 Å / Num. obs: 33498 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.58 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4BGW 解像度: 2.45→150.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 16.592 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 78.353 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→150.99 Å
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拘束条件 |
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