PDB-5aji: MscS D67R1 high resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5aji

タイトル

MscS D67R1 high resolution

要素

SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

intracellular water homeostasis / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / protein homooligomerization / monoatomic ion transmembrane transport / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.99 Å

データ登録者

Naismith, J.H. / Pliotas, C.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: The Role of Lipids in Mechanosensation.
著者: Pliotas, C. / Dahl, A.C.E. / Rasmussen, T. / Mahendran, K.R. / Smith, T.K. / Marius, P. / Gault, J. / Banda, T. / Rasmussen, A. / Miller, S. / Robinson, C.V. / Bayley, H. / Sansom, M.S.P. / ...

履歴

登録	2015年2月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月18日	Group: Database references
改定 1.2	2015年12月23日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5aji.cif.gz	699.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5aji.ent.gz	598 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5aji.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5aji_validation.pdf.gz	518.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5aji_full_validation.pdf.gz	541.4 KB	表示
XML形式データ	5aji_validation.xml.gz	62.3 KB	表示
CIF形式データ	5aji_validation.cif.gz	80.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/5aji ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/5aji	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ageS 5ait 5aiu S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zjt-d 5bp0-d 4zk1-d 2vv5-d 4zru-d 5j5g-d 2oau-d 3wip-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (12) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#107 - 2008年11月
機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels)
類似性 (12)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL

B: SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL

C: SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL

D: SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL

E: SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL

F: SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL

G: SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL

ヘテロ分子

219 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.330, 149.090, 173.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL / MSCS 分子量: 31095.234 Da / 分子数: 7 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THE PROTEIN IS SPIN LABELED ON D67C. / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C0S2, UniProt: P0C0S1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン分子量: 114.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈
#3: 化合物	ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン分子量: 86.175 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄
#4: 化合物	ChemComp-D10 / DECANE / デカン分子量: 142.282 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.29 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939
検出器	日付: 2013年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.99→64 Å / Num. obs: 66747 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 2.99→3.07 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 1.002 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0073 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4AGE

4age

解像度: 2.99→68.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 50.987 / SU ML: 0.373 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.017 / ESU R Free: 0.377 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED A HIGHER RESOLUTION VERSION OF 4AGE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26331	3401	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24446	-	-	-
obs	0.2454	63346	99.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 114.531 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.99→68.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13859	0	104	0	13963

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	14130
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	14603
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.203	1.976	19143
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.003	3	33172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.395	5	1802
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.27	23.16	557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.035	15	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.629	15	124
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	2340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	15867
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	3227
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.209	4.76	7229
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.209	4.76	7228
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.088	7.139	9024
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.431	5.076	6901
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.99→3.067 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.413	252	-
R_work	0.399	4622	-
obs	-	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4619	-0.3737	0.772	10.2538	3.3127	4.149	0.1014	1.0511	-0.2461	-0.9245	0.0198	-0.1638	0.0488	-0.0311	-0.1212	1.6008	-0.1753	0.0314	1.4331	0.1709	0.4952	-13.427	5.461	-21.321
2	45.8087	-8.2184	14.0365	1.489	-2.5237	4.3211	-0.7044	0.7608	2.2681	0.146	-0.0387	-0.4187	-0.4101	0.273	0.7431	1.8585	-0.6016	-0.2257	0.8249	0.4447	1.0849	-4.607	27.395	-0.76
3	0.4533	-1.1734	0.6246	7.8828	3.1259	5.8731	0.0545	0.3528	0.1664	-0.7904	-0.4315	-0.416	-0.3207	0.4544	0.377	1.2675	-0.2236	-0.1638	1.1487	0.1065	0.466	-13.889	7.343	-6.968
4	8.1964	0.612	1.6903	1.1724	0.6288	2.933	-0.2885	0.411	0.8129	-0.5155	0.0706	-0.4221	-0.4036	0.1637	0.2178	0.7201	-0.0668	-0.0614	0.1597	0.1456	0.6496	6.644	16.134	17.906
5	1.55	0.2153	0.4604	2.4491	-0.6513	3.2989	-0.2257	-0.2362	0.5385	0.3719	-0.1065	-0.7878	-0.4213	0.0363	0.3322	0.8094	-0.1436	-0.3964	0.078	-0.0379	1.1166	21.06	26.544	50.699
6	6.9593	-4.7857	-1.7821	7.7687	-2.4789	3.5463	0.724	2.1615	0.2389	-1.3303	-0.6273	0.1082	0.6056	-1.1924	-0.0967	2.2199	-0.3861	-0.5867	1.5113	0.5901	1.2717	-24.59	23.111	-15.007
7	4.4601	1.9024	9.9797	2.6744	4.4939	23.6228	-0.6344	0.211	0.7033	-0.2471	0.2369	0.2944	-1.2616	-0.0139	0.3974	1.1953	0.0429	-0.3287	0.4805	0.3142	1.3391	-23.983	29.831	12.057
8	4.6862	0.1369	-0.479	0.1857	-0.9	5.9468	-0.1439	1.3855	0.6325	-0.2692	0.0547	0.1246	0.5001	-0.4591	0.0892	1.2249	-0.1817	-0.384	0.7297	0.1302	0.562	-21.771	14.228	-1.697
9	5.606	0.9896	2.2658	5.5781	2.1483	6.135	-0.0383	0.0393	0.3136	-0.0574	-0.224	0.2461	-0.4369	-0.1731	0.2623	0.5973	0.0351	-0.1805	0.0246	-0.0206	0.5655	-9.314	24.224	31.694
10	1.8021	-0.1365	0.9449	1.8349	0.0338	2.1809	-0.1375	-0.5127	0.3652	0.604	-0.0091	-0.2027	-0.2065	-0.2508	0.1466	0.9529	-0.0222	-0.2751	0.1572	-0.1495	0.6663	3.384	21.238	58.249
11	7.0041	-2.8334	-0.2265	8.6518	-2.185	0.7061	0.1112	0.8731	1.1164	-0.2559	0.3009	0.9895	-0.0005	-0.2848	-0.412	1.2557	0.339	-0.5834	0.9095	0.1479	1.1374	-42.149	25.94	3.177
12	2.5602	-1.6552	4.2268	7.6575	1.2167	9.4798	-0.5866	-0.5747	0.5232	0.3024	-0.2536	0.2095	-1.0176	-1.3564	0.8402	0.8891	0.3957	-0.2077	1.0817	-0.0341	1.0934	-39.395	16.271	28.1
13	3.6991	-0.5177	-0.0912	3.4846	-3.4836	9.9808	-0.0368	0.7478	1.1046	-0.6776	-0.2097	0.2223	-0.0308	-0.5223	0.2465	0.9513	0.0265	-0.3837	0.3461	0.0893	0.7913	-30.465	14.953	10.288
14	3.4827	2.958	2.8909	7.2625	2.6296	4.8557	0.1947	-0.5305	0.2456	0.7255	-0.2117	0.2033	-0.1407	-0.9204	0.0171	0.6728	0.0286	-0.0857	0.2973	-0.0829	0.4506	-18.451	12.43	44.833
15	4.2429	-1.4254	-0.2634	2.9117	0.237	1.3718	-0.0386	-0.742	-0.0487	0.7826	0.0316	-0.0442	0.0631	-0.2745	0.007	1.1886	-0.0663	-0.2099	0.5623	0.0104	0.3327	-0.766	-0.207	71.727
16	3.4735	2.5986	1.1539	7.6567	-2.2779	2.799	0.2547	0.8067	0.3809	-0.4385	0.1682	1.8524	-0.216	-0.071	-0.4229	0.8759	0.4622	-0.2169	1.5766	0.0776	1.3405	-55.838	11.899	11.661
17	9.2191	-4.8811	2.5023	4.7751	-4.0522	10.0086	-0.4621	-0.9058	0.2571	0.3432	0.6122	0.3901	0.0513	-1.972	-0.1502	0.6662	-0.1448	-0.1754	1.0856	0.1397	0.7931	-41.829	-8.847	29.852
18	0.1269	-0.2269	0.4607	4.9878	-1.6358	2.503	0.0211	-0.0483	0.2106	-0.4082	-0.2773	0.6467	-0.1062	-0.4281	0.2562	0.8707	0.2512	-0.272	0.7908	0.1192	0.9303	-38.823	5.527	14.464
19	2.9791	-0.2422	1.566	3.7081	3.3282	8.1196	-0.0447	-0.4968	-0.1794	0.6751	-0.0217	0.4963	0.5445	-0.6363	0.0664	0.605	-0.0965	-0.0428	0.2728	0.0967	0.4819	-19.448	-7.856	44.962
20	5.0982	0.9893	0.9314	3.3246	-0.3666	2.0783	0.1291	-0.7563	-0.485	0.7334	-0.0995	-0.4526	0.3247	-0.1369	-0.0296	0.9894	-0.0458	-0.2717	0.3309	0.2255	0.5371	7.605	-20.008	64.567
21	0.7894	0.8076	-0.369	3.8565	2.8598	3.6425	-0.0385	0.1392	0.1071	-0.2989	-0.5303	0.7324	-0.2043	-0.9016	0.5688	0.6822	-0.2876	-0.2353	1.3832	0.1851	1.3913	-55.412	-12.538	11.755
22	10.5146	-6.7732	2.9884	6.6815	-2.4767	4.2831	0.3307	-0.3665	-0.6827	0.1112	-0.1718	0.465	0.5877	-0.7035	-0.1588	0.8235	-0.2423	-0.35	0.4353	0.1683	0.7563	-32.848	-22.553	15.237
23	2.1265	-0.2223	0.931	1.2607	-1.1754	3.3676	0.1334	0.0183	-0.3257	-0.0645	-0.1227	0.1306	0.4453	-0.0511	-0.0106	0.5834	-0.0441	-0.1416	0.1085	0.0829	0.5312	-12.824	-18.698	31.977
24	3.1516	1.1067	1.4376	3.4692	0.8241	2.4121	0.1106	-0.0415	-0.3546	0.157	-0.0425	-0.8016	0.3407	0.2178	-0.0681	0.6699	0.0552	-0.272	0.076	0.1918	0.9832	22.675	-26.165	48.137
25	61.1355	86.4128	99.7133	335.5768	77.5431	181.4689	-2.6076	4.9454	-1.4844	9.4303	7.5621	6.6758	-8.1431	7.9239	-4.9545	1.0966	0.0827	0.486	1.759	-0.5202	3.0065	37.481	7.233	64.598
26	9.5073	2.371	2.8312	2.6489	0.014	2.225	0.4262	0.5554	-1.4606	-0.6173	0.0799	-0.0448	0.7271	0.1154	-0.5061	1.1232	0.0321	-0.2878	0.6227	-0.3313	0.9852	-19.04	-25.959	-0.708
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28	19.9354	1.0048	2.603	0.5637	0.3868	0.6981	-0.1331	0.6679	-0.4965	-0.4098	0.0575	0.2186	0.1279	0.082	0.0756	0.8418	-0.0269	-0.1157	0.4823	0.014	0.5628	-10.309	-15.036	13.857
29	4.9085	-2.0321	2.6086	3.9017	-4.5696	5.5822	0.1842	0.7517	-0.4739	-0.1851	-0.5307	-0.4904	0.4208	0.7439	0.3466	0.6301	0.0627	-0.0188	0.2724	0.0573	0.7498	8.653	-19.31	23.328
30	2.2129	0.0005	1.0358	3.8583	1.637	3.8197	0.089	0.3559	0.0409	-0.0171	-0.0205	-1.0986	0.2403	0.531	-0.0686	0.4247	0.0143	-0.0847	0.2792	0.1701	1.2833	36.323	-8.677	38.198
31	10.3976	6.0702	2.8223	5.5974	2.1461	6.0881	-0.1577	2.3282	-1.0637	-1.2715	0.5037	-0.7479	0.255	1.0872	-0.346	1.4469	0.1358	0.0772	1.4052	-0.1991	0.5887	-7.335	-9.337	-13.486
32	6.0007	3.619	2.5836	4.9771	2.0755	3.4027	-0.0802	1.1218	-0.1581	-0.9359	0.1369	0.4194	0.5622	0.3582	-0.0567	0.9726	-0.0321	-0.1208	0.7526	-0.1596	0.5652	-15.709	-9.593	-4.415
33	6.366	-2.9363	2.9716	8.0106	-0.8101	2.9609	-0.2129	0.7083	0.4237	-0.7056	-0.2541	-1.1322	0.278	0.3813	0.467	0.7022	-0.0694	0.1886	0.3387	0.1194	0.6379	12.981	-1.529	14.318
34	3.2124	-0.194	0.8191	3.3307	0.7471	4.5672	-0.0987	0.4442	0.6077	-0.349	-0.1128	-1.0383	-0.5201	0.5751	0.2114	0.5803	-0.2336	-0.0457	0.2351	0.2329	1.3371	34.094	15.642	32.758
35	7.5708	-0.0419	-4.5815	2.1855	2.7511	12.8655	-0.3182	-0.1829	0.1863	0.2414	0.2247	-0.8174	0.0699	0.7877	0.0935	0.4469	-0.0633	-0.3631	0.3156	0.1489	1.2968	37.497	9.309	49.894

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	52 - 64
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	65 - 104
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	105 - 178
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	179 - 281
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	25 - 42
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	43 - 76
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	77 - 111
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	112 - 148
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	149 - 279
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	25 - 45
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	46 - 76
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	77 - 116
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	117 - 180
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	181 - 279
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	17 - 43
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	44 - 77
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	78 - 111
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	112 - 180
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	181 - 279
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	17 - 43
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	44 - 92
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	93 - 179
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	180 - 274
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	275 - 278
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	25 - 72
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	73 - 97
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	98 - 127
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	128 - 181
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	182 - 280
31	X-RAY DIFFRACTION	31	G	25 - 66
32	X-RAY DIFFRACTION	32	G	68 - 110
33	X-RAY DIFFRACTION	33	G	111 - 179
34	X-RAY DIFFRACTION	34	G	180 - 254
35	X-RAY DIFFRACTION	35	G	255 - 278

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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