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- PDB-5aj4: Structure of the 55S mammalian mitoribosome. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aj4
タイトルStructure of the 55S mammalian mitoribosome.
要素
  • (MITORIBOSOMAL ...) x 82
  • (UNASSIGNED HELICES) x 2
  • 28S RIBOSOMAL PROTEIN S18B, MITOCHONDRIAL
  • MRNA
  • P-SITE AND A-SITE TRNA
  • UNASSIGNED SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS
キーワードRIBOSOME / TRANSLATION / MITOCHONDRIA / MAMMALIAN 55S MITORIBOSOME / MAMMALIAN 55S MITOCHONDRIAL RIBOSOME / 28S SMALL SUBUNIT / 39S LARGE SUBUNIT / MRNA / TRNA / PTC / DECODING CENTER / CRYO- EM / SINGLE PARTICLE ANALYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational termination / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / ribonuclease III activity / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational termination / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / ribonuclease III activity / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial translation / organelle membrane / ribosomal small subunit binding / RNA processing / cell junction / regulation of translation / large ribosomal subunit / double-stranded RNA binding / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / rRNA binding / nuclear body / ribosome / structural constituent of ribosome / protein domain specific binding / translation / ribonucleoprotein complex / intracellular membrane-bounded organelle / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Coiled-coil domain-containing protein 142 / : / Coiled-coil protein 142 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial ...Coiled-coil domain-containing protein 142 / : / Coiled-coil protein 142 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / Small ribosomal subunit protein mS39, PPR / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein L35, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / Mitoribosomal protein mL52 / : / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / : / MRPL44 dsRNA-binding domain / Large ribosomal subunit protein mL44, endonuclease domain / : / Large ribosomal subunit protein bL9m C-terminal domain / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal subunit 39S / Pentatricopeptide repeat / : / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / PEBP-like superfamily / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / CHCH / CHCH domain / : / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein S18 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein uL16m ...GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein uL16m / Uncharacterized protein / : / : / Small ribosomal subunit protein mS31 / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein uL14m / Mitochondrial ribosomal protein S18A / Mitochondrial ribosomal protein L2 / 39S ribosomal protein L15, mitochondrial / 39S ribosomal protein L27, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein uL11m / : / Large ribosomal subunit protein mL38 / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein bL21m / 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosomal protein L4 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein mS33 / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL52 / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1 / Coiled-coil domain containing 142 / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein mL46 / : / Mitochondrial ribosomal protein S24 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1 / Small ribosomal subunit protein uS5m / : / Large ribosomal subunit protein bL35m / : / Large ribosomal subunit protein mL50 / : / Large ribosomal subunit protein bL19m / : / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein bL32m / Small ribosomal subunit protein mS39 / Small ribosomal subunit protein mS40 / Large ribosomal subunit protein mL62 / Large ribosomal subunit protein bL34m
類似検索 - 構成要素
生物種SUS SCROFA (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Greber, B.J. / Bieri, P. / Leibundgut, M. / Leitner, A. / Aebersold, R. / Boehringer, D. / Ban, N.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Ribosome. The complete structure of the 55S mammalian mitochondrial ribosome.
著者: Basil J Greber / Philipp Bieri / Marc Leibundgut / Alexander Leitner / Ruedi Aebersold / Daniel Boehringer / Nenad Ban /
要旨: Mammalian mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) synthesize mitochondrially encoded membrane proteins that are critical for mitochondrial function. Here we present the complete atomic structure of ...Mammalian mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) synthesize mitochondrially encoded membrane proteins that are critical for mitochondrial function. Here we present the complete atomic structure of the porcine 55S mitoribosome at 3.8 angstrom resolution by cryo-electron microscopy and chemical cross-linking/mass spectrometry. The structure of the 28S subunit in the complex was resolved at 3.6 angstrom resolution by focused alignment, which allowed building of a detailed atomic structure including all of its 15 mitoribosomal-specific proteins. The structure reveals the intersubunit contacts in the 55S mitoribosome, the molecular architecture of the mitoribosomal messenger RNA (mRNA) binding channel and its interaction with transfer RNAs, and provides insight into the highly specialized mechanism of mRNA recruitment to the 28S subunit. Furthermore, the structure contributes to a mechanistic understanding of aminoglycoside ototoxicity.
履歴
登録2015年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Database references / Other / Structure summary
改定 1.22016年5月25日Group: Source and taxonomy
改定 2.02017年8月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / em_image_scans ...atom_site / em_image_scans / em_software / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.pdbx_formal_charge / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1
改定 2.12018年4月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_nat / struct_ref_seq
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity.pdbx_description / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 2.22019年12月18日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: atom_sites / struct_conn
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_sheet.number_strands
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "LA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "LA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2914
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: MITORIBOSOMAL 12S Ribosomal RNA
AB: MITORIBOSOMAL PROTEIN US2M, MRPS2
AC: MITORIBOSOMAL PROTEIN US3M, MRPS24
AE: MITORIBOSOMAL PROTEIN US5M, MRPS5
AF: MITORIBOSOMAL PROTEIN BS6M, MRPS6
AG: MITORIBOSOMAL PROTEIN US7M, MRPS7
AI: MITORIBOSOMAL PROTEIN US9M, MRPS9
AJ: MITORIBOSOMAL PROTEIN US10M, MRPS10
AK: MITORIBOSOMAL PROTEIN US11M, MRPS11
AL: MITORIBOSOMAL PROTEIN US12M, MRPS12
AN: MITORIBOSOMAL PROTEIN US14M, MRPS14
AO: MITORIBOSOMAL PROTEIN US15M, MRPS15
AP: MITORIBOSOMAL PROTEIN BS16M, MRPS16
AQ: MITORIBOSOMAL PROTEIN US17M, MRPS17
AR: MITORIBOSOMAL PROTEIN BS18M, MRPS18C
AU: MITORIBOSOMAL PROTEIN BS21M, MRPS21
AV: P-SITE AND A-SITE TRNA
AX: MRNA
AY: P-SITE AND A-SITE TRNA
Aa: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS22, MRPS22
Ab: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS23, MRPS23
Ac: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS25, MRPS25
Ad: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS26, MRPS26
Ae: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS27, MRPS27
Af: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS28, MRPS28
Ag: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS29, MRPS29
Ah: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS31, MRPS31
Ai: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS33, MRPS33
Aj: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS34, MRPS34
Ak: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS35, MRPS35
Am: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS37, MRPS37
An: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS38, MRPS38
Ao: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS39, MRPS39
Ap: 28S RIBOSOMAL PROTEIN S18B, MITOCHONDRIAL
As: UNASSIGNED HELICES
Az: UNASSIGNED HELICES
B0: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL27M, MRPL27
B1: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL28M, MRPL28
B2: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL29M, MRPL47
B3: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL30M, MRPL30
B4: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL31M, MRPL55
B5: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL32M, MRPL32
B6: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL33M, MRPL33
B7: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL34M, MRPL34
B8: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL35M, MRPL35
B9: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL36M, MRPL36
BA: MITORIBOSOMAL 16S Ribosomal RNA
BB: MITORIBOSOMAL CP TRNA
BD: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL2M, MRPL2
BE: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL3M, MRPL3
BF: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL4M, MRPL4
BI: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL9M, MRPL9
BJ: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL10M, MRPL10
BK: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL11M, MRPL11
BN: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL13M, MRPL13
BO: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL14M, MRPL14
BP: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL15M, MRPL15
BQ: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL16M, MRPL16
BR: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL17M, MRPL17
BS: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL18M, MRPL18
BT: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL19M, MRPL19
BU: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL20M, MRPL20
BV: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL21M, MRPL21
BW: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL22M, MRPL22
BX: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL23M, MRPL23
BY: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL24M, MRPL24
Ba: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML37, MRPL37
Bb: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML38, MRPL38
Bc: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML39, MRPL39
Bd: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML40, MRPL40
Be: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML41, MRPL41
Bf: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML42, MRPL42
Bg: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML43, MRPL43
Bh: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML44, MRPL44
Bi: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML45, MRPL45
Bj: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML46, MRPL46
Bk: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML48, MRPL48
Bl: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML49, MRPL49
Bm: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML50, MRPL50
Bn: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML51, MRPL51
Bo: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML52, MRPL52
Bp: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML53, MRPL53
Bq: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML54, MRPL54
Bt: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML63, MRPL57
Bu: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML62, MRPL58
Bv: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML64, MRPL59
Bw: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML65, MRPS30
Bx: MITORIBOSOMAL PROTEIN ML66, MRPS18A
Bz: UNASSIGNED SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,758,859447
ポリマ－2,749,49389
非ポリマー9,367358
水6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
MITORIBOSOMAL ... , 82種, 82分子 AAABACAEAFAGAIAJAKALANAOAPAQARAUAaAbAcAdAeAfAgAhAiAjAkAmAnAo...

#1: RNA鎖 MITORIBOSOMAL 12S Ribosomal RNA


分子量: 308989.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: GenBank: 223972359
#2: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US2M, MRPS2


分子量: 24986.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1S001
#3: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US3M, MRPS24


分子量: 15238.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1ST79
#4: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US5M, MRPS5


分子量: 37306.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1SU66
#5: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BS6M, MRPS6


分子量: 14283.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ZINC BINDING MOTIF WITH BS18M / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#6: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US7M, MRPS7


分子量: 24523.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1RVX4
#7: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US9M, MRPS9


分子量: 35515.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#8: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US10M, MRPS10


分子量: 23192.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#9: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US11M, MRPS11


分子量: 14251.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1SRT1
#10: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US12M, MRPS12


分子量: 12030.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#11: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US14M, MRPS14


分子量: 15120.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#12: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US15M, MRPS15


分子量: 27411.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#13: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BS16M, MRPS16


分子量: 13273.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ZINC BINDING MOTIF WITH MS25 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1SU70
#14: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US17M, MRPS17


分子量: 12133.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1RIU0
#15: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BS18M, MRPS18C


分子量: 11224.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ZINC BINDING MOTIF WITH BS6M / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#16: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BS21M, MRPS21


分子量: 10551.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: I3L971
#19: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS22, MRPS22


分子量: 39258.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#20: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS23, MRPS23


分子量: 21666.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#21: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS25, MRPS25


分子量: 19508.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ZINC BINDING MOTIF WITH BS16M / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#22: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS26, MRPS26


分子量: 20854.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1S8A5
#23: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS27, MRPS27


分子量: 28613.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PPR FOLD / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#24: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS28, MRPS28


分子量: 21014.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OB-FOLD / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#25: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS29, MRPS29


分子量: 44924.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: AAA ATPASE-LIKE FOLD / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#26: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS31, MRPS31


分子量: 12382.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1RME2
#27: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS33, MRPS33


分子量: 11720.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1S8G3
#28: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS34, MRPS34


分子量: 25681.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SH3-LIKE CORE FOLD / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#29: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS35, MRPS35


分子量: 31653.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PEPTIDYL TRNA HYDROLASE FOLD / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1SG95
#30: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS37, MRPS37


分子量: 13343.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1SU49
#31: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS38, MRPS38


分子量: 9078.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#32: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS39, MRPS39


分子量: 48540.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PPR FOLD / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: K7GKS8
#36: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL27M, MRPL27


分子量: 15943.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1RT79
#37: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL28M, MRPL28


分子量: 30148.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1RGV8, UniProt: A0A0R4J8D5*PLUS
#38: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL29M, MRPL47


分子量: 30085.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#39: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL30M, MRPL30


分子量: 18585.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1STE5
#40: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL31M, MRPL55


分子量: 15156.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: I3LQ65
#41: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL32M, MRPL32


分子量: 21537.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ZINC BINDING / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: I3LTC4
#42: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL33M, MRPL33


分子量: 7508.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#43: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL34M, MRPL34


分子量: 10871.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: W5IDC1
#44: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL35M, MRPL35


分子量: 21548.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1SVC5
#45: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL36M, MRPL36


分子量: 10841.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ZINC BINDING / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: I3LDE8
#46: RNA鎖 MITORIBOSOMAL 16S Ribosomal RNA


分子量: 504538.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#47: RNA鎖 MITORIBOSOMAL CP TRNA


分子量: 15180.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BUILT AS POLY-PURINE AND POLY-PYRIMIDINE / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#48: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL2M, MRPL2


分子量: 33270.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1RRN2
#49: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL3M, MRPL3


分子量: 38427.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#50: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL4M, MRPL4


分子量: 33251.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1S3J8
#51: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL9M, MRPL9


分子量: 30373.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: I3LR45
#52: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL10M, MRPL10


分子量: 29449.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ZINC BINDING MOTIF WITH PROTEIN ML66 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1RWJ0
#53: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL11M, MRPL11


分子量: 20809.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1RU54
#54: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL13M, MRPL13


分子量: 20633.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1S286
#55: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL14M, MRPL14


分子量: 15955.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1RQV7
#56: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL15M, MRPL15


分子量: 33481.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1RSH0
#57: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL16M, MRPL16


分子量: 28680.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1RI89
#58: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL17M, MRPL17


分子量: 19268.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1RMQ4
#59: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL18M, MRPL18


分子量: 20582.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1SB64, UniProt: A0A0R4J8D5*PLUS
#60: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL19M, MRPL19


分子量: 32957.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: N-TERMINAL RESIDUES 54-68 CONTACT THE 28S SUBUNIT FOOT AND ARE BUILT AS UNK
由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 参照: UniProt: I3LNJ0
#61: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL20M, MRPL20


分子量: 17554.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 参照: UniProt: F1RJD0
#62: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL21M, MRPL21


分子量: 23154.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 参照: UniProt: F1RY70
#63: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL22M, MRPL22


分子量: 24313.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ)
#64: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL23M, MRPL23


分子量: 17643.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ)
#65: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL24M, MRPL24


分子量: 24893.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 参照: UniProt: F1RHJ1
#66: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML37, MRPL37


分子量: 47935.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RESTRICTION ENDONUCLEASE-LIKE FOLD / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#67: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML38, MRPL38


分子量: 44656.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PEBP-LIKE FOLD / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1RW03
#68: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML39, MRPL39


分子量: 38523.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TRNA SYNTHETASE DOMAIN LIKE FOLD / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#69: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML40, MRPL40


分子量: 24075.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HOMOLOG TO YEAST ML40 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1RK59
#70: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML41, MRPL41


分子量: 15073.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HOMOLOG TO YEAST ML41 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#71: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML42, MRPL42


分子量: 15908.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#72: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML43, MRPL43


分子量: 17728.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THIOREDOXIN LIKE FOLD / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1S8U4
#73: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML44, MRPL44


分子量: 37527.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RNASE III DOMAIN-LIKE FOLD / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1SR64
#74: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML45, MRPL45


分子量: 36119.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CYSTATIN-LIKE FOLD / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#75: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML46, MRPL46


分子量: 32215.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NUDIX HYDROLASE-LIKE FOLD / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1SRT0
#76: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML48, MRPL48


分子量: 23749.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FERREDOXIN-LIKE FOLD / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#77: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML49, MRPL49


分子量: 18957.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: EIF1-LIKE FOLD / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#78: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML50, MRPL50


分子量: 18351.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ACP-LIKE FOLD / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: I3L9H6
#79: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML51, MRPL51


分子量: 15219.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: STAR PROTEIN DIMERIZATION DOMAIN / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#80: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML52, MRPL52


分子量: 13813.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1S9B7
#81: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML53, MRPL53


分子量: 12015.747 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THIOREDOXIN-LIKE FOLD / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1SLH8
#82: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML54, MRPL54


分子量: 15957.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#83: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML63, MRPL57


分子量: 12001.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HOMEO-DOMAIN-LIKE FOLD / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#84: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML62, MRPL58


分子量: 23281.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PEPTIDYL-TRNA HYDROLASE / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: W5IDC0
#85: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML64, MRPL59


分子量: 25347.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#86: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML65, MRPS30


分子量: 49071.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RESTRICTION ENDONUCLEASE-LIKE FOLD / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#87: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN ML66, MRPS18A


分子量: 22273.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ZINC BINDING MOTIF WITH UL10 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1RRH6

-
RNA鎖 , 2種, 3分子 AVAYAX

#17: RNA鎖 P-SITE AND A-SITE TRNA


分子量: 19163.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#18: RNA鎖 MRNA


分子量: 3545.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER

-
タンパク質 , 2種, 2分子 ApBz

#33: タンパク質 28S RIBOSOMAL PROTEIN S18B, MITOCHONDRIAL


分子量: 22027.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: Q767K8
#88: タンパク質 UNASSIGNED SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS


分子量: 8017.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BUILT AS UNK / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AsAz

#34: タンパク質・ペプチド UNASSIGNED HELICES


分子量: 1379.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER
#35: タンパク質・ペプチド UNASSIGNED HELICES


分子量: 1464.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER

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非ポリマー , 4種, 698分子

#89: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#90: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#91: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#92: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES 251-266 OF US9M BUILT AS UNK RESIDUES 309-356 OF MS22 BUILT AS UNK PPR FOLD OF mS27 BUILT ...RESIDUES 251-266 OF US9M BUILT AS UNK RESIDUES 309-356 OF MS22 BUILT AS UNK PPR FOLD OF mS27 BUILT AS UNK RESIDUES 52-69 OF MS29 BUILT AS UNK RESIDUES 152-158 OF MS34 BUILT AS UNK N-TERMINAL SEQUENCE OF MS38 IS MISSING PPR FOLD OF MS39 BUILT AS UNK ALL RESIDUES OF CHAINS s,z (UNASSIGNED HELICES AND FOLDS) BUILT AS UNK MRNA BUILT AS POLY-PYRIMIDINE A- AND P-SITE tRNAs (CHAINS Y,V) BUILT AS POLY-PYRIMIDINE AND POLY-PURINE GENBANK REFERENCE FOR CHAIN F EW168165.2 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN J AK233895.1 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN N FD598185.1 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN O AK343256.1 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN a AK348087.1 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN b XP_005669015.1 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN f DN116920.1 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN g XP_003361167.1 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN j NP_001231761.1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SUS SCROFA 55S MITOCHONDRIAL RIBOSOME / タイプ: RIBOSOME
詳細: QUANTIFOIL HOLEY CARBON GRIDS WERE COATED WITH A THIN CARBON FILM.
緩衝液名称: 20 MM HEPES-KOH, 50 MM KCL, 40 MM MGCL2, 1 MM DTT / pH: 7.4 / 詳細: 20 MM HEPES-KOH, 50 MM KCL, 40 MM MGCL2, 1 MM DTT
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 詳細: MIXTURE OF LIQUID ETHANE AND PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年5月30日
詳細: IMAGES WERE ACQUIRED IN 2 SESSIONS ON A FEI TITAN KRIOS IN MAY 2014.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 100000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ温度: 85 K
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1CTFFIND3CTF補正
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3EMAN1.9３次元再構成
4RELION1.2３次元再構成
5RELION1.3３次元再構成
CTF補正詳細: PER DETECTOR FRAME
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: MAXIMUM LIKELIHOOD BASED REFINEMENT IMPLEMENTED IN RELION.
解像度: 3.8 Å / 粒子像の数: 60872 / ピクセルサイズ（実測値）: 1.39 Å
詳細: FOR VISUALIZATION PURPOSES THE FINAL MAP WAS FILTERED AND AMPLITUDE CORRECTED IN RELION. THE COMBINED COORDINATES WERE REFINED IN RECIPROCAL SPACE USING PHENIX.REFINE AGAINST THE MLHL TARGET. ...詳細: FOR VISUALIZATION PURPOSES THE FINAL MAP WAS FILTERED AND AMPLITUDE CORRECTED IN RELION. THE COMBINED COORDINATES WERE REFINED IN RECIPROCAL SPACE USING PHENIX.REFINE AGAINST THE MLHL TARGET. FOR THIS, THE CRYO-EM MAPS (EMD-2914) WERE CONVERTED TO RECIPROCAL SPACE STRUCTURE FACTORS.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--HIGH RESOLUTION CRYO-EM
精密化最高解像度: 3.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数43028 23144 178 118 66468

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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