PDB-5aim: Crystal structure of T138 central eWH domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5aim

タイトル

Crystal structure of T138 central eWH domain

要素

TRANSCRIPTION FACTOR TAU 138 KDA SUBUNIT

キーワード

TRANSCRIPTION / TFIIIC / T138

機能・相同性

機能・相同性情報

5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / transcription by RNA polymerase III / protein localization to chromatin / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.401 Å

データ登録者

Male, G. / Glatt, S. / Mueller, C.W.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Architecture of TFIIIC and its role in RNA polymerase III pre-initiation complex assembly.
著者: Male, G. / von Appen, A. / Glatt, S. / Taylor, N.M. / Cristovao, M. / Groetsch, H. / Beck, M. / Muller, C.W.

履歴

登録	2015年2月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2018年2月14日	Group: Advisory / Atomic model / Database references カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.1	2024年5月1日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5aim.cif.gz	132.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5aim.ent.gz	108.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5aim.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5aim_validation.pdf.gz	436.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5aim_full_validation.pdf.gz	436.7 KB	表示
XML形式データ	5aim_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	5aim_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/5aim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/5aim	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5aemC 5aioC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1exg-d 4uij-4 3iqc-2 6sru-8 1izb-7 5hmi-2 5v1u-3 4ins-6 1exh-d 4djg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TRANSCRIPTION FACTOR TAU 138 KDA SUBUNIT

B: TRANSCRIPTION FACTOR TAU 138 KDA SUBUNIT

ヘテロ分子

22.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TRANSCRIPTION FACTOR TAU 138 KDA SUBUNIT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TRANSCRIPTION FACTOR TAU 138 KDA SUBUNIT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.090, 129.090, 68.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2079- HOH
2	1	A-2101- HOH
3	1	B-2072- HOH

#1: タンパク質	TRANSCRIPTION FACTOR TAU 138 KDA SUBUNIT / TFIIIC 138 KDA SUBUNIT / TRANSCRIPTION FACTOR C SUBUNIT 3 分子量: 11173.905 Da / 分子数: 2 / 断片: CENTRAL EWH DOMAIN, RESIDUES 546-641 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P34111
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.61 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 1.15 M NA CITRATE PH 6.2, 0.1 M NA CACODYLATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9763
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 42553 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 10.1 % / B_iso Wilson estimate: 20.37 Å² / R_merge(I) obs: 0.05
反射シェル	解像度: 1.4→1.43 Å / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 1.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: STRUCTURE OF THIS PROTEIN BY SULPHUR-SAD

解像度: 1.401→43.191 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1975	2127	5 %
R_work	0.1752	-	-
obs	0.1763	42552	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.401→43.191 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1518	0	12	197	1727

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1614
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.947	2167
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.102	657
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	247
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	275

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.401-1.4336	0.3445	139	0.3989	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4336-1.4695	0.3067	142	0.2904	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4695-1.5092	0.238	141	0.2532	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5092-1.5536	0.3103	141	0.2223	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5536-1.6038	0.2299	141	0.2146	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6038-1.6611	0.2249	141	0.2157	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6611-1.7276	0.2235	141	0.2015	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7276-1.8062	0.2212	141	0.2085	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8062-1.9015	0.2205	142	0.1978	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9015-2.0206	0.2047	141	0.1899	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0206-2.1766	0.1956	143	0.1795	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1766-2.3956	0.198	141	0.1711	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3956-2.7422	0.2087	143	0.1726	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7422-3.4547	0.1974	143	0.1629	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4547-43.2117	0.1583	147	0.1453	2797	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3298	0.017	-0.0858	4.8999	5.15	6.9344	0.1207	-0.1023	0.0401	0.2477	-0.0885	-0.1516	-0.226	-0.0782	-0.0237	0.2146	-0.005	0.0322	0.158	0.0132	0.2449	-15.9505	-2.9693	-15.09
2	7.2407	2.1706	3.2042	3.5018	0.9999	7.0484	0.1878	-0.5444	0.0878	0.1696	-0.1746	-0.1996	0.1225	-0.1509	-0.0244	0.1518	-0.0202	0.0058	0.1608	0.0068	0.1728	-18.0485	-15.4764	-13.0871
3	4.5664	4.4039	-4.2366	4.4827	-3.2379	7.2393	-0.0151	-2.5231	-0.0788	1.8668	-0.3423	0.2001	-0.5484	0.637	0.2123	0.826	-0.0169	0.0709	0.6172	0.0325	0.5259	-13.5868	-10.0802	-4.5155
4	2.4039	3.2253	0.9203	5.4394	0.5681	2.0163	0.2881	-0.1959	0.1427	0.6516	-0.2413	0.5498	0.1022	-0.5855	-0.1666	0.2267	-0.0528	0.083	0.2273	-0.0194	0.2785	-26.8394	-7.5022	-16.5185
5	6.9841	5.9197	-5.6016	5.5408	-5.3345	4.4372	0.0474	-0.3042	-0.0062	-0.3749	-0.0959	0.2111	0.3907	-0.078	-0.0811	0.2201	-0.0598	0.0098	0.2456	0.0099	0.1993	-28.3647	-17.1253	-20.6854
6	3.0154	-3.2871	3.7908	3.5868	-3.8853	4.4713	0.3384	-0.1281	-0.4888	-0.3852	-0.0594	0.2856	1.2264	-0.5212	-0.1478	0.4037	-0.1236	-0.015	0.2427	-0.013	0.2028	-26.5333	-24.7147	-23.4513
7	4.5795	3.2556	-3.6618	2.1281	-2.2039	5.0621	-0.0704	0.2484	0.1885	-0.0541	0.0782	0.0919	0.0566	0.1245	-0.0324	0.1668	0.0011	-0.0363	0.1723	0.0294	0.2507	3.4628	-16.2614	-22.7768
8	3.4558	0.6222	-0.3656	4.7937	-0.2809	6.2565	-0.0285	0.3227	-0.0112	-0.2852	0.0021	-0.0808	0.2041	-0.1567	0.0084	0.1391	0.0148	0.0213	0.1451	-0.002	0.2266	-8.7409	-22.4977	-23.6519
9	1.2948	-1.3386	-0.1097	1.511	0.7233	3.4338	0.5116	1.1679	0.3225	0.0007	-0.6876	-0.0251	0.3585	0.1477	0.2148	0.5937	-0.1564	0.325	1.0439	-0.0135	0.6708	-4.6596	-21.2857	-32.8012
10	9.0482	2.7018	1.1816	8.685	-3.0842	2.1148	0.0584	0.7641	-0.851	-0.5466	0.0603	-0.2145	0.6094	0.3336	-0.0692	0.229	0.0281	-0.0161	0.2251	-0.0519	0.4373	3.7469	-25.9139	-22.7641
11	7.4807	6.8209	0.669	5.1344	1.2917	0.502	0.1432	-0.0493	-0.4489	0.3091	-0.2062	-0.4297	0.3116	0.153	0.0256	0.3311	0.0049	-0.0476	0.1601	0.0379	0.4141	-3.3808	-33.7113	-15.0718
12	6.0198	1.5866	-2.8175	4.1248	2.0037	6.9592	-0.1519	-0.2233	-0.4273	0.1823	-0.0168	0.1947	0.0928	0.3354	0.0592	0.2981	0.026	-0.0308	0.1635	0.0539	0.2861	-4.1693	-27.9445	-11.3969
13	3.4261	1.2549	2.5902	3.3302	-1.9331	5.2262	-0.0767	-0.2222	-0.1336	0.5157	-0.083	0.5386	0.8097	-0.5275	0.1786	0.4016	-0.0343	0.1072	0.2101	0.0111	0.3508	-13.6785	-32.1934	-10.3229

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN B AND (RESID 543 THROUGH 566 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND (RESID 567 THROUGH 584 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND (RESID 585 THROUGH 591 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 592 THROUGH 613 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 614 THROUGH 627 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 628 THROUGH 640 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 543 THROUGH 566 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 567 THROUGH 584 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESID 585 THROUGH 592 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESID 593 THROUGH 604 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN A AND (RESID 605 THROUGH 618 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN A AND (RESID 619 THROUGH 627 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN A AND (RESID 628 THROUGH 639 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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