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- PDB-5aii: Discovery and characterization of thermophilic limonene-1,2-epoxi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aii
タイトルDiscovery and characterization of thermophilic limonene-1,2-epoxide hydrolases from hot spring metagenomic libraries. CH55-sample-PEG complex
要素LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / HISTIDINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / Chem-PG6 / TRIETHYLENE GLYCOL
類似検索 - 構成要素
生物種UNIDENTIFIED (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Ferrandi, E. / Sayer, C. / Isupov, M.N. / Annovazzi, C. / Marchesi, C. / Iacobone, G. / Peng, X. / Bonch-Osmolovskaya, E. / Wohlgemuth, R. / Littlechild, J.A. / Montia, D.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2015
タイトル: Discovery and Characterization of Thermophilic Limonene-1,2-Epoxide Hydrolases from Hot Spring Metagenomic Libraries
著者: Ferrandi, E.E. / Sayer, C. / Isupov, M.N. / Annovazzi, C. / Marchesi, C. / Iacobone, G. / Peng, X. / Bonch-Osmolovskaya, E. / Wohlgemuth, R. / Littlechild, J.A. / Montia, D.
履歴
登録2015年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22015年8月12日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
B: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
C: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
D: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
E: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
F: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
G: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
H: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
I: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
J: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
K: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
L: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
M: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
N: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
O: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
P: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,18896
ポリマ－234,23216
非ポリマー9,95680
水32,9671830
1
G: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
H: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,52513
ポリマ－29,2792
非ポリマー1,24611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-4.1 kcal/mol
Surface area12320 Å2
手法PISA
2
E: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
F: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2929
ポリマ－29,2792
非ポリマー1,0137
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint5.2 kcal/mol
Surface area11140 Å2
手法PISA
3
K: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
L: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,42212
ポリマ－29,2792
非ポリマー1,14310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint2.5 kcal/mol
Surface area11550 Å2
手法PISA
4
A: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
B: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,47911
ポリマ－29,2792
非ポリマー1,2009
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-7.6 kcal/mol
Surface area11740 Å2
手法PISA
5
O: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
P: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,44313
ポリマ－29,2792
非ポリマー1,16411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint2.7 kcal/mol
Surface area11920 Å2
手法PISA
6
C: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
D: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,89116
ポリマ－29,2792
非ポリマー1,61214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area11420 Å2
手法PISA
7
M: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
N: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,73613
ポリマ－29,2792
非ポリマー1,45711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint4.2 kcal/mol
Surface area13270 Å2
手法PISA
8
I: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
J: LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3999
ポリマ－29,2792
非ポリマー1,1207
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint10.7 kcal/mol
Surface area12100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.970, 104.230, 148.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.995, 0.037, 0.095), (0.028, -0.796, 0.605), (0.098, 0.604, 0.791)-25.34749, -26.89003, 10.4838
2given(-0.995, 0.037, 0.095), (0.028, -0.796, 0.605), (0.098, 0.604, 0.791)-25.34749, -26.89003, 10.4838
3given(0.998, 0.057, -0.031), (-0.058, 0.998, -0.01), (0.03, 0.012, 0.999)-16.38792, -0.83746, -70.99185
4given(-0.994, -0.032, 0.105), (0.09, -0.784, 0.614), (0.063, 0.62, 0.782)-43.60597, -27.22577, -60.83347
5given(0.997, -0.009, -0.078), (0.012, 0.999, 0.037), (0.078, -0.038, 0.996)-29.39355, -2.24842, 1.69702
6given(-0.99983, -0.01228, 0.01372), (0.01819, -0.7733, 0.63378), (0.00282, 0.63392, 0.77339)-0.7563, -0.27989, 0.07486
7given(0.892, -0.128, -0.434), (-0.167, 0.799, -0.578), (0.421, 0.588, 0.691)-6.51241, 13.15004, -16.66798
8given(-0.935, -0.135, -0.329), (0.137, -0.99, 0.017), (-0.328, -0.029, 0.944)-30.51628, -10.25231, -36.0321
9given(0.91, -0.14, -0.39), (-0.122, 0.809, -0.575), (0.396, 0.571, 0.719)42.67937, 14.6146, -90.98987
10given(-0.947, -0.092, -0.308), (0.084, -0.996, 0.039), (-0.31, 0.011, 0.951)19.38064, -10.74198, -108.93488
11given(0.882, -0.221, -0.417), (-0.085, 0.796, -0.599), (0.464, 0.564, 0.683)8.13233, 15.9502, -88.41555
12given(-0.92, -0.045, -0.39), (0.051, -0.999, -0.005), (-0.389, -0.025, 0.921)-12.16069, -9.29703, -108.25758
13given(-0.912, -0.073, -0.404), (0.071, -0.997, 0.02), (-0.404, -0.011, 0.915)6.29559, -10.11428, -36.69394
14given(0.857, -0.226, -0.464), (-0.107, 0.802, -0.588), (0.505, 0.553, 0.663)27.692, 15.35975, -15.59412
15given(-0.997, -0.069, 0.021), (0.068, -0.812, 0.58), (-0.023, 0.58, 0.814)-3.39372, -24.97018, -63.59216
16given(0.99, 0.041, -0.133), (-0.046, 0.998, -0.038), (0.131, 0.043, 0.99)24.62529, 1.57717, -69.93742

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 16分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

#1: タンパク質
LIMONENE-1,2-EPOXIDE HYDROLASE


分子量: 14639.479 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) UNIDENTIFIED (未定義) / プラスミド: PRHAM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): 10G / 参照: limonene-1,2-epoxide hydrolase

-
非ポリマー , 9種, 1910分子

#2: 化合物...
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム


分子量: 178.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O4
#7: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-HIS / HISTIDINE / ヒスチジン-Nα,3-ジカチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#9: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1830 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細GENBANK KP765710

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.19 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→104.2 Å / Num. obs: 336972 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.47→1.51 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NWW

1nww


解像度: 1.47→104.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.476 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2085 16691 5 %RANDOM
Rwork0.17523 ---
obs0.17687 320246 97.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.644 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20 Å20.66 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→104.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15204 0 663 1830 17697
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01917417
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6471.97723745
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.79252359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.83322.429774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.317152725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.24115189
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.22762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02113137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8796.4578440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.06910.84310595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9587.3938977
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.508 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 1297 -
Rwork0.284 22663 -
obs--94.1 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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