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- PDB-5aie: Not4 ring domain in complex with Ubc4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aie
タイトルNot4 ring domain in complex with Ubc4
要素
  • GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4
  • UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 4
キーワードLIGASE / SIGNALING PROTEIN / NOT4 RING DOMAIN / UBC4 / E2-E3 LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / Peroxisomal protein import / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins ...nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / Peroxisomal protein import / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / proteasome binding / ubiquitin conjugating enzyme activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein monoubiquitination / proteasomal protein catabolic process / cytosolic ribosome / rescue of stalled ribosome / ubiquitin binding / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / cellular response to heat / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / protein ubiquitination / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CNOT4, RNA recognition motif / NOT4, modified RING finger, HC subclass (C4C4-type) / CCR4-NOT transcription complex subunit 4 / RING/Ubox like zinc-binding domain / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. ...CNOT4, RNA recognition motif / NOT4, modified RING finger, HC subclass (C4C4-type) / CCR4-NOT transcription complex subunit 4 / RING/Ubox like zinc-binding domain / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4 / General negative regulator of transcription subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bhaskar, V. / Basquin, J. / Conti, E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Architecture of the Ubiquitylation Module of the Yeast Ccr4-not Complex.
著者: Bhaskar, V. / Basquin, J. / Conti, E.
履歴
登録2015年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年5月27日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4
B: UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2814
ポリマ－24,1502
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.112, 107.112, 62.203
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4 / NOT4 / MODULATOR OF TRANSCRIPTION 2


分子量: 6796.774 Da / 分子数: 1 / 断片: RING DOMAIN, RESIDUES 30-83 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / プラスミド: PEC-HIS-SUMO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P34909
#2: タンパク質 UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 4 / UBC4 / UBIQUITIN CARRIER PROTEIN 4 / UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE 4


分子量: 17353.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / プラスミド: PEC-HIS-SUMO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P15731, ubiquitin-protein ligase
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
配列の詳細RSM RESIDUES ARE LEFT OVER AFTER THE TAG CLEAVAGE TGSTGSTETG RESIDUES ARE THE ARTIFICIAL LINKER ...RSM RESIDUES ARE LEFT OVER AFTER THE TAG CLEAVAGE TGSTGSTETG RESIDUES ARE THE ARTIFICIAL LINKER USED TO FUSE THE C-TERMINUS OF THE RING DOMAIN OF NOT4 WITH THE N- TERMINAL METHIONINE OF THE UBC4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.86 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 10% (W/V) PEG 8000, 0.02 M OF L-NA-GLUTAMATE, 0.02 M OF ALANINE (RACEMIC), 0.02 M OF GLYCINE, 0.02 M OF LYSINE HCL (RACEMIC), 0.02 M OF SERINE (RACEMIC), 0.1 M BICINE PH 8.5 AND 20% (W/V) ...詳細: 10% (W/V) PEG 8000, 0.02 M OF L-NA-GLUTAMATE, 0.02 M OF ALANINE (RACEMIC), 0.02 M OF GLYCINE, 0.02 M OF LYSINE HCL (RACEMIC), 0.02 M OF SERINE (RACEMIC), 0.1 M BICINE PH 8.5 AND 20% (W/V) ETHYLENE GLYCOL AS CRYSTALLIZATION BUFFER AT ROOM TEMPERATURE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99995
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月10日
放射モノクロメーター: MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→53.56 Å / Num. obs: 6541 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 29.35
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→53.556 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 38.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2706 1200 9.2 %
Rwork0.22 --
obs0.2246 6505 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 87.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→53.556 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1573 0 2 0 1575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021621
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5252217
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.503589
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023239
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004292
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7969-2.90890.4471280.41931223X-RAY DIFFRACTION94
2.9089-3.04130.36791240.33261316X-RAY DIFFRACTION98
3.0413-3.20160.40511330.31151295X-RAY DIFFRACTION100
3.2016-3.40210.30261310.29731334X-RAY DIFFRACTION99
3.4021-3.66480.27471400.27041339X-RAY DIFFRACTION98
3.6648-4.03350.30551390.251282X-RAY DIFFRACTION99
4.0335-4.61680.31861580.20371314X-RAY DIFFRACTION100
4.6168-5.81560.24191220.21111328X-RAY DIFFRACTION100
5.8156-53.56580.19781250.16041345X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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