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Yorodumi- PDB-5ahm: IMP-bound form of the DeltaCBS mutant of IMPDH from Pseudomonas a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ahm | ||||||
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Title | IMP-bound form of the DeltaCBS mutant of IMPDH from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
Components | INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / CBS MODULE / DELETION MUTANT / ALLOSTERIC REGU NUCLEOTIDE METABOLISM | ||||||
Function / homology | Function and homology information IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.74 Å | ||||||
Authors | Labesse, G. / Alexandre, T. / Gelin, M. / Haouz, A. / Munier-Lehmann, H. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2015 Title: Crystallographic Studies of Two Variants of Pseudomonas Aeruginosa Impdh with Impaired Allosteric Regulation Authors: Labesse, G. / Alexandre, T. / Gelin, M. / Haouz, A. / Munier-Lehmann, H. | ||||||
History |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ahm.cif.gz | 284.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ahm.ent.gz | 230.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ahm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ahm_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5ahm_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 5ahm_validation.xml.gz | 33.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5ahm_validation.cif.gz | 49.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/5ahm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/5ahm | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ahlC 5ahnC 4dqwS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41702.574 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-92,202-489 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (bacteria) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9HXM5, IMP dehydrogenase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | DELETION OF THE CBS MODULE (RESIDUES 93-201) | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.9 Å3/Da / Density % sol: 34.5 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: HEPES 0.1 M PH 7.5, NH4SO4 1.26 M |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.98011 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98011 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→43.34 Å / Num. obs: 152733 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 0.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.74→1.81 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 98.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4DQW Resolution: 1.74→43.3 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.1 / Phase error: 19.12 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.74→43.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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