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万見
- PDB-5ah5: Crystal structure of the ternary complex of Agrobacterium radioba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ah5
タイトルCrystal structure of the ternary complex of Agrobacterium radiobacter K84 agnB2 LeuRS-tRNA-LeuAMS
要素
  • LEUCINE--TRNA LIGASE
  • TRNA-LEU TAA ISOACCEPTOR
キーワードLIGASE/RNA / LIGASE-RNA COMPLEX / LEUCINE-TRNA / LEUCINE-TRNA LIGASE ACTIVITY ATP + L-LEUCINE + TRNA(LEU) GIVES AMP + DIPHOSPHATE + L-LEUCYL-TRNA(LEU) / AMINOACYL- TRNA EDITING ACTIVITY / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE / PROTEIN BIOSYNTHESIS / TOXIC MOEITY 84 RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


leucine-tRNA ligase / leucine-tRNA ligase activity / leucyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #590 / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucine-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase ...Ubiquitin-like (UB roll) - #590 / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucine-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-O-(L-leucylsulfamoyl)adenosine / : / RNA / RNA (> 10) / Leucine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種AGROBACTERIUM RADIOBACTER K84 (根粒菌)
AGROBACTERIUM TUMEFACIENS (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Palencia, A. / Chopra, S. / Virus, C. / Schulwitz, S. / Temple, B.R. / Cusack, S. / Reader, J.S.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2016
タイトル: Structural Characterization of Antibiotic Self-Immunity tRNA Synthetase in Plant Tumour Biocontrol Agent.
著者: Chopra, S. / Palencia, A. / Virus, C. / Schulwitz, S. / Temple, B.R. / Cusack, S. / Reader, J.
履歴
登録2015年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEUCINE--TRNA LIGASE
B: LEUCINE--TRNA LIGASE
C: TRNA-LEU TAA ISOACCEPTOR
D: TRNA-LEU TAA ISOACCEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,26115
ポリマ－238,6214
非ポリマー1,64011
水15,691871
1
B: LEUCINE--TRNA LIGASE
D: TRNA-LEU TAA ISOACCEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,1798
ポリマ－119,3112
非ポリマー8686
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-75.3 kcal/mol
Surface area43960 Å2
手法PISA
2
A: LEUCINE--TRNA LIGASE
C: TRNA-LEU TAA ISOACCEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,0837
ポリマ－119,3112
非ポリマー7725
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-62.3 kcal/mol
Surface area44360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.910, 50.320, 170.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 LEUCINE--TRNA LIGASE / LEUCYL-TRNA SYNTHETASE


分子量: 92351.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) AGROBACTERIUM RADIOBACTER K84 (根粒菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: B9JQP8, leucine-tRNA ligase
#2: RNA鎖 TRNA-LEU TAA ISOACCEPTOR


分子量: 26959.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) AGROBACTERIUM TUMEFACIENS (植物への病原性)
株: C58 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 882分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-LSS / 5'-O-(L-leucylsulfamoyl)adenosine / 5-O-N-LEUCYL-SULFAMOYLADENOSINE


分子量: 459.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N7O7S
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 871 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細CONTAINS A C-TERM TAG BELONGING TO THE EXPRESSION VECTOR PET28-A

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES PH 6.5, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 27 % PEG 5000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97934
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.6 Å / Num. obs: 160330 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2BTE, 4AS1

2bte

4as1


解像度: 2.1→48.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.191 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23732 8487 5 %RANDOM
Rwork0.19416 ---
obs0.19634 160330 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.507 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å2-0.79 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12364 3423 91 871 16749
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01716645
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0213607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7361.78923394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.137331481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.70551570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.3523.389602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.711152110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.68715106
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.22563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02116397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023886
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0584.8486268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0584.8486268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.7987.2397827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.7987.2387828
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6635.30810377
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6445.30110358
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.0057.8615533
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.17941.54920232
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.16441.54119955
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 635 -
Rwork0.309 11686 -
obs--99.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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