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- PDB-5ah3: Crystal structure of the Mep2 mutant R452D,S453D from Candida albicans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ah3
タイトルCrystal structure of the Mep2 mutant R452D,S453D from Candida albicans
要素MEP2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE / MEMBRANE PROTEIN AMMONIUM TRANSPORTER MEP2 CANDIDA ALBICANS
機能・相同性
機能・相同性情報


filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / ammonium transmembrane transport / ammonium channel activity / filamentous growth / cellular response to nitrogen starvation / cellular response to starvation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ammonium transporter, conserved site / Ammonium transporters signature. / Ammonium transporter / Ammonium transporter fold / Ammonium transporter AmtB like domains / Ammonium transporter AmtB-like domain / Ammonium Transporter Family / Ammonium/urea transporter / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ammonium transporter
類似検索 - 構成要素
生物種CANDIDA ALBICANS (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者van den Berg, B. / Chembath, A. / Rutherford, J.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Mep2 Ammonium Transceptor Activation by Phosphorylation.
著者: Van Den Berg, B. / Chembath, A. / Jefferies, D. / Basle, A. / Khalid, S. / Rutherford, J.
履歴
登録2015年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 1.22016年5月11日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MEP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1886
ポリマ－52,7751
非ポリマー2,4135
水2,324129
1
A: MEP2
ヘテロ分子

A: MEP2
ヘテロ分子

A: MEP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,56418
ポリマ－158,3263
非ポリマー7,23815
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area19790 Å2
ΔGint-218.6 kcal/mol
Surface area43000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.678, 112.678, 251.146
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2020-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MEP2


分子量: 52775.328 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CANDIDA ALBICANS (酵母) / プラスミド: 83NU / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE W303 (パン酵母) / Variant (発現宿主): DELTA PEP4 / 参照: UniProt: Q59UP8
#2: 糖
ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE (DMU): MOST DETERGENT MOLECULES ONLY HAVE PARTIAL DENSITY
配列の詳細CONTAINS MUTATIONS R452D S453D

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5 / 詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE 15-20% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DEXTRIS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→83 Å / Num. obs: 37790 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 35.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5AEZ

5aez


解像度: 2.4→48.791 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 1834 4.9 %
Rwork0.1735 --
obs0.1748 37561 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.791 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3424 0 91 129 3644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083625
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0584935
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0291201
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044545
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005599
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4001-2.4650.30771420.26032660X-RAY DIFFRACTION98
2.465-2.53750.23751270.23112653X-RAY DIFFRACTION99
2.5375-2.61940.24381390.20762704X-RAY DIFFRACTION99
2.6194-2.7130.21141210.1952682X-RAY DIFFRACTION99
2.713-2.82160.22781500.19052704X-RAY DIFFRACTION99
2.8216-2.950.21211250.17732711X-RAY DIFFRACTION99
2.95-3.10550.21781490.1732705X-RAY DIFFRACTION100
3.1055-3.30010.19721530.17152732X-RAY DIFFRACTION100
3.3001-3.55480.20691370.1752747X-RAY DIFFRACTION100
3.5548-3.91240.17441500.15232765X-RAY DIFFRACTION100
3.9124-4.47820.17641380.14792798X-RAY DIFFRACTION100
4.4782-5.64070.1811450.14782841X-RAY DIFFRACTION100
5.6407-48.80110.20021580.19163025X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.60150.0242-0.01280.4868-0.11680.57050.03460.04730.0483-0.0201-0.00130.1375-0.0586-0.3553-0.02770.2880.0269-0.00530.39790.01480.35236.710235.370523.4927
23.94581.0030.08471.7717-0.65722.4218-0.1088-0.65240.27240.20490.0840.2528-0.3025-0.621700.530.07730.04450.6377-0.00130.373435.01621.184151.7334
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 4 THROUGH 408 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 409 THROUGH 454 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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