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- PDB-5agx: Bcl-2 alpha beta-1 LINEAR complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5agx
タイトルBcl-2 alpha beta-1 LINEAR complex
要素
  • (APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1, APOPTOSIS REGULATOR BCL-2) x 2
  • BCL-2-LIKE PROTEIN 11
キーワードAPOPTOSIS / FOLDAMER / BIM
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / channel inhibitor activity / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of skeletal muscle fiber development / melanin metabolic process / positive regulation of melanocyte differentiation ...negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / channel inhibitor activity / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of skeletal muscle fiber development / melanin metabolic process / positive regulation of melanocyte differentiation / myeloid cell apoptotic process / dynorphin receptor activity / gland morphogenesis / cochlear nucleus development / osteoblast proliferation / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / positive regulation of neuron maturation / negative regulation of osteoblast proliferation / ear development / renal system process / apoptotic process in bone marrow cell / regulation of cell-matrix adhesion / stem cell development / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / lymphoid progenitor cell differentiation / melanocyte differentiation / T cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / B cell apoptotic process / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / negative regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / glomerulus development / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of nitrogen utilization / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / oocyte development / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / neuron maturation / positive regulation of multicellular organism growth / metanephros development / regulation of viral genome replication / negative regulation of motor neuron apoptotic process / focal adhesion assembly / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / negative regulation of ossification / calcium ion transport into cytosol / neuropeptide binding / negative regulation of B cell apoptotic process / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / response to UV-B / response to iron ion / motor neuron apoptotic process / negative regulation of mitochondrial depolarization / BH domain binding / organ growth / axon regeneration / epithelial cell apoptotic process / smooth muscle cell migration / hair follicle morphogenesis / B cell lineage commitment / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / branching involved in ureteric bud morphogenesis / digestive tract morphogenesis / response to cycloheximide / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / pore complex / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of smooth muscle cell migration / B cell proliferation / T cell homeostasis / B cell homeostasis / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / BH3 domain binding / germ cell development / regulation of calcium ion transport / apoptotic mitochondrial changes / humoral immune response / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of anoikis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / behavioral fear response / ectopic germ cell programmed cell death
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2 / Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. ...Apoptosis regulator, Bcl-2 / Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Kappa-type opioid receptor / Apoptosis regulator Bcl-2 / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Smith, B.J. / F Lee, E. / Checco, J.W. / Gellman, S.H. / Fairlie, W.D.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: Alpha Beta Peptide Foldamers Targeting Intracellular Protein-Protein Interactions with Activity on Living Cells
著者: Checco, J.W. / Lee, E.F. / Evangelista, M. / Sleebs, N. / Rodgers, K. / Pettikiriarachchi, A. / Kershaw, N. / Eddinger, G.A. / Belair, D.G. / Wilson, J.L. / Eller, C.H. / Raines, R.T. / ...著者: Checco, J.W. / Lee, E.F. / Evangelista, M. / Sleebs, N. / Rodgers, K. / Pettikiriarachchi, A. / Kershaw, N. / Eddinger, G.A. / Belair, D.G. / Wilson, J.L. / Eller, C.H. / Raines, R.T. / Murphy, W.L. / Smith, B.J. / Gellman, S.H. / Fairlie, W.D.
履歴
登録2015年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年5月1日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1, APOPTOSIS REGULATOR BCL-2
B: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1, APOPTOSIS REGULATOR BCL-2
C: BCL-2-LIKE PROTEIN 11
D: BCL-2-LIKE PROTEIN 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1374
ポリマ－44,1374
非ポリマー00
水79344
1
A: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1, APOPTOSIS REGULATOR BCL-2
D: BCL-2-LIKE PROTEIN 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0692
ポリマ－22,0692
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-15.4 kcal/mol
Surface area8110 Å2
手法PISA
2
B: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1, APOPTOSIS REGULATOR BCL-2
C: BCL-2-LIKE PROTEIN 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0692
ポリマ－22,0692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-13.9 kcal/mol
Surface area8310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.054, 86.054, 108.739
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1, APOPTOSIS REGULATOR BCL-2 / BCL2-L-1 / APOPTOSIS REGULATOR BCL-X


分子量: 19357.557 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-34,29-44,92-207 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CONTAINS RESIDUES 1-34,92-207 OF BCL-2 AND THE UNSTRUCTURED LOOP BETWEEN RESIDUES 35-91 REPLACED IS WITH RESIDUES 35-50 OF BCL-XL
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-6P-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10415, UniProt: Q07817
#2: タンパク質 APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1, APOPTOSIS REGULATOR BCL-2 / BCL2-L-1 / APOPTOSIS REGULATOR BCL-X


分子量: 19357.557 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-34,29-44,92-207 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CONTAINS RESIDUES 1-34,92-207 OF BCL-2 AND THE UNSTRUCTURED LOOP BETWEEN RESIDUES 35-91 REPLACED IS WITH RESIDUES 35-50 OF BCL-XL
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-6P-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10415, UniProt: Q07817
#3: タンパク質・ペプチド BCL-2-LIKE PROTEIN 11 / BCL2-L-11 / BCL2-INTERACTING MEDIATOR OF CELL DEATH


分子量: 2711.190 Da / 分子数: 2 / 断片: BIM BH3, RESIDUES 146-166 / 由来タイプ: 合成
詳細: BIM BH3 WITH CYCLIC BETA AMINO ACIDS AT RESIDUES 2,6,16 AND PENTENY AMINO ACIDS AT RESIDUES 9,13
由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: O43521
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細BCL-2 WITH THE UNSTRUCTURED LOOP BETWEEN RESIDUES 35-91 REPLACED WITH RESIDUES 35-50 OF BCL-XL

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→40 Å / Num. obs: 20251 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 2.24→2.32 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 3.89 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.9_1692)精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: UNPUBLISHED BCL-2 BECLIN BH3 COMPLEX

解像度: 2.24→40.009 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 1013 5 %
Rwork0.1878 --
obs0.1906 20250 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→40.009 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2643 0 0 44 2687
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072773
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1053773
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.2311008
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042391
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005483
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2403-2.35840.38231400.2632665X-RAY DIFFRACTION99
2.3584-2.50610.26131430.21472703X-RAY DIFFRACTION100
2.5061-2.69960.30841420.20172705X-RAY DIFFRACTION100
2.6996-2.97110.23431430.20222723X-RAY DIFFRACTION100
2.9711-3.40090.26621450.20972743X-RAY DIFFRACTION100
3.4009-4.2840.22561450.17282767X-RAY DIFFRACTION100
4.284-40.01510.21371550.16472931X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 96.644 Å / Origin y: 79.1155 Å / Origin z: 8.9341 Å
111213212223313233
T0.1879 Å20.0486 Å2-0.0111 Å2-0.2929 Å2-0.0035 Å2--0.2442 Å2
L1.6971 °21.4727 °20.7502 °2-4.117 °21.9377 °2--2.9561 °2
S-0.034 Å °0.0672 Å °-0.0838 Å °-0.0545 Å °-0.1406 Å °0.1295 Å °0.0744 Å °-0.0622 Å °0.1575 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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