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万見
- PDB-5aga: Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aga
タイトルCrystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta in complex with AMPPNP
要素DNA POLYMERASE THETA
キーワードTRANSFERASE / POLQ / DNA REPAIR
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / single-stranded DNA helicase activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / replication fork processing / site of DNA damage / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / error-prone translesion synthesis ...single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / single-stranded DNA helicase activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / replication fork processing / site of DNA damage / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / error-prone translesion synthesis / DNA helicase activity / base-excision repair / protein homooligomerization / RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / double-strand break repair / site of double-strand break / DNA helicase / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / Golgi apparatus / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase theta-like, helix-turn-helix domain / : / Helix-turn-helix domain / DNA_pol_Q helicase like region helical domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain ...DNA polymerase theta-like, helix-turn-helix domain / : / Helix-turn-helix domain / DNA_pol_Q helicase like region helical domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / CITRATE ANION / : / DNA polymerase theta
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Newman, J.A. / Cooper, C.D.O. / Aitkenhead, H. / Pinkas, D.M. / Kupinska, K. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structure of the Helicase Domain of DNA Polymerase Theta Reveals a Possible Role in the Microhomology-Mediated End-Joining Pathway.
著者: Newman, J.A. / Cooper, C.D.O. / Aitkenhead, H. / Gileadi, O.
履歴
登録2015年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE THETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9605
ポリマ－93,2011
非ポリマー7594
水70339
1
A: DNA POLYMERASE THETA
ヘテロ分子

A: DNA POLYMERASE THETA
ヘテロ分子

A: DNA POLYMERASE THETA
ヘテロ分子

A: DNA POLYMERASE THETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)375,84020
ポリマ－372,8054
非ポリマー3,03516
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.170, 132.710, 156.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE THETA / DNA POLYMERASE ETA


分子量: 93201.188 Da / 分子数: 1 / 断片: HELICASE DOMAIN, RESIDUES 67-894 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75417, DNA-directed DNA polymerase

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非ポリマー , 5種, 43分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細FIRST TWO RESIDUES REMAIN AFTER CLEAVAGE OF PURIFICATION TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.97 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 19% PEG 3350, 0.2M POTASSIUM CITRATE TRIBASIC

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→46.63 Å / Num. obs: 26924 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 85.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 1.09 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.9→46.632 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2644 1359 5.1 %
Rwork0.2174 --
obs0.2198 26876 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 95.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→46.632 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6093 0 46 39 6178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5338457
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4852272
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.021990
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021062
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9001-3.00380.40041130.34532467X-RAY DIFFRACTION96
3.0038-3.1240.35831260.31452532X-RAY DIFFRACTION100
3.124-3.26610.34011460.2932565X-RAY DIFFRACTION100
3.2661-3.43830.32311430.25292522X-RAY DIFFRACTION100
3.4383-3.65360.29891540.22842525X-RAY DIFFRACTION100
3.6536-3.93560.2961240.22052578X-RAY DIFFRACTION100
3.9356-4.33140.26641320.19462515X-RAY DIFFRACTION98
4.3314-4.95760.24341340.17852575X-RAY DIFFRACTION99
4.9576-6.24360.261380.22752599X-RAY DIFFRACTION99
6.2436-46.63840.21751490.19642639X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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