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- PDB-5ag9: CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT (665sXa) C-TERMINAL DOMAIN OF RGPB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ag9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT (665sXa) C-TERMINAL DOMAIN OF RGPB
要素Gingipain R2
キーワードHYDROLASE / TYPE IX SECRETION SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


gingipain R / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidase M60, C-terminal / Peptidase M60 C-terminal domain / Peptidase C25, Ig-like domain / Gingipain propeptide / Gingipain propeptide superfamily / Gingipain, N-terminal / Peptidase family C25, C terminal ig-like domain / Propeptide_C25 / Gingipain / Gingipain, N-terminal superfamily ...Peptidase M60, C-terminal / Peptidase M60 C-terminal domain / Peptidase C25, Ig-like domain / Gingipain propeptide / Gingipain propeptide superfamily / Gingipain, N-terminal / Peptidase family C25, C terminal ig-like domain / Propeptide_C25 / Gingipain / Gingipain, N-terminal superfamily / Peptidase family C25 / Secretion system C-terminal sorting domain / Caspase-like domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者de Diego, I. / Ksiazek, M. / Mizgalska, D. / Golik, P. / Szmigielski, B. / Nowak, M. / Nowakowska, Z. / Potempa, B. / Koneru, L. / Nguyen, K.A. ...de Diego, I. / Ksiazek, M. / Mizgalska, D. / Golik, P. / Szmigielski, B. / Nowak, M. / Nowakowska, Z. / Potempa, B. / Koneru, L. / Nguyen, K.A. / Enghild, J. / Thogersen, I.B. / Dubin, G. / Gomis-Ruth, F.X. / Potempa, J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: The outer-membrane export signal of Porphyromonas gingivalis type IX secretion system (T9SS) is a conserved C-terminal beta-sandwich domain.
著者: de Diego, I. / Ksiazek, M. / Mizgalska, D. / Koneru, L. / Golik, P. / Szmigielski, B. / Nowak, M. / Nowakowska, Z. / Potempa, B. / Houston, J.A. / Enghild, J.J. / Thogersen, I.B. / Gao, J. / ...著者: de Diego, I. / Ksiazek, M. / Mizgalska, D. / Koneru, L. / Golik, P. / Szmigielski, B. / Nowak, M. / Nowakowska, Z. / Potempa, B. / Houston, J.A. / Enghild, J.J. / Thogersen, I.B. / Gao, J. / Kwan, A.H. / Trewhella, J. / Dubin, G. / Gomis-Ruth, F.X. / Nguyen, K.A. / Potempa, J.
履歴
登録2015年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / struct_ref
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gingipain R2
B: Gingipain R2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6057
ポリマ－34,1252
非ポリマー4805
水4,576254
1
A: Gingipain R2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2553
ポリマ－17,0621
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Gingipain R2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3514
ポリマ－17,0621
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.570, 61.810, 54.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Gingipain R2 / Arg-gingipain / Gingipain 2 / RGP-2


分子量: 17062.449 Da / 分子数: 2 / 断片: IGSF AND CTD DOMAINS, RESIDUES 577-736 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FACTOR XA CLEAVAGE SITE SUBSTITUTING RESIDUES 665-669
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア)
遺伝子: rgpB, prtRII, rgp2, PG_0506 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P95493, gingipain R
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FACTOR XA CLEAVAGE SITE (IEGRAA) SUBSTITUTES RESIDUES 665- 670 FIRST TWO RESIDUES REMANENT OF ...FACTOR XA CLEAVAGE SITE (IEGRAA) SUBSTITUTES RESIDUES 665- 670 FIRST TWO RESIDUES REMANENT OF ENGINEERED 3C PROTEASE CLEAVAGE SITE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 30% PEG 4000,0.2 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→38.03 Å / Num. obs: 17553 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.11→2.22 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5AG8

5ag8


解像度: 2.11→48.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 5.955 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. RESIDUES 663-671 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2541 888 5.1 %RANDOM
Rwork0.19218 ---
obs0.19538 16650 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.591 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å20 Å20.3 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→48.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2208 0 25 254 2487
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.022248
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9241.9743050
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8215294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.20125.89778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.82615396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.075158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211586
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.165 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 59 -
Rwork0.203 1167 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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