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- PDB-5afq: Crystal structure of RPC62 - RPC32 beta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5afq
タイトルCrystal structure of RPC62 - RPC32 beta
要素
  • DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III SUBUNIT RPC3
  • RPC32 BETA (RPC7L)
キーワードREPLICATION / HUMAN RNA POLYMERASE III
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / positive regulation of innate immune response / RNA polymerase III complex ...RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / positive regulation of innate immune response / RNA polymerase III complex / positive regulation of interferon-beta production / DNA-directed RNA polymerase activity / single-stranded DNA binding / defense response to virus / innate immune response / DNA-templated transcription / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase III Rpc82, C -terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3 / : / RNA polymerase III subunit RPC82 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3, helical hairpin domain / POLR3C, C-terminal winged-helix domain / RNA polymerase III subunit RPC82-related, helix-turn-helix / RNA polymerase III subunit RPC82 helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 7 Å
データ登録者Fribourg, S.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural Analysis of Human Rpc32Beta - Rpc62 Complex.
著者: Boissier, F. / Dumay-Odelot, H. / Teichmann, M. / Fribourg, S.
履歴
登録2015年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月2日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III SUBUNIT RPC3
B: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III SUBUNIT RPC3
D: RPC32 BETA (RPC7L)
E: RPC32 BETA (RPC7L)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,5274
ポリマ－158,5274
非ポリマー00
水00
1
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III SUBUNIT RPC3
D: RPC32 BETA (RPC7L)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2632
ポリマ－79,2632
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-18.7 kcal/mol
Surface area26010 Å2
手法PISA
2
B: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III SUBUNIT RPC3
E: RPC32 BETA (RPC7L)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2632
ポリマ－79,2632
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint-6.4 kcal/mol
Surface area24510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.270, 218.270, 182.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III SUBUNIT RPC3 / RNA POLYMERASE III SUBUNIT C3 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III SUBUNIT C / RNA POLYMERASE III 62 ...RNA POLYMERASE III SUBUNIT C3 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III SUBUNIT C / RNA POLYMERASE III 62 KDA SUBUNIT / RPC62 / RPC62


分子量: 60692.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q9BUI4
#2: タンパク質 RPC32 BETA (RPC7L)


分子量: 18570.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA
配列の詳細CHAIN D AND E IS RPC32 BETA (RPC7L), FRAGMENT 50-134 EXPRESSED AS RPC62 IN ROSETTA (DE3) STRAINS ...CHAIN D AND E IS RPC32 BETA (RPC7L), FRAGMENT 50-134 EXPRESSED AS RPC62 IN ROSETTA (DE3) STRAINS FROM E. COLI. SINCE THE REGISTER OF THE AMINO ACIDS ARE NOT KNOWN, CHAINS D AND E HAS BEEN BUILT IN AS UNK IN THE MODEL.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 100MM ADA PH 6.5, 100MM LI2SO4, 14% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 7→86 Å / Num. obs: 3668 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 444.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 7→7.38 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XUB

2xub


解像度: 7→30.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8629 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8427 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 2.972
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2984 342 9.5 %RANDOM
Rwork0.2678 ---
obs0.2708 3612 99.15 %-
原子変位パラメータBiso mean: 300 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.0094 Å20 Å20 Å2
2--12.0094 Å20 Å2
3----24.0188 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 7→30.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7387 0 0 0 7387
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7478HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10098HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2684SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes194HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1084HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7478HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1035SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9587SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 7→7.83 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3198 98 9.82 %
Rwork0.2797 900 -
all0.2836 998 -
obs--99.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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