PDB-5af3: X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF RV2018 FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5af3

タイトル

X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF RV2018 FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

要素

VAPBC49

キーワード

DNA BINDING / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / TA SYSTEM

機能・相同性

Putative antitoxin VapB45-like / : / Putative DNA-binding HTH domain / Protein of unknown function DUF433 / Protein of unknown function (DUF433) / Homeobox-like domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Putative antitoxin VapB45

機能・相同性情報

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS H37RV (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Holton, S.J. / Wilmanns, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure and DNA Binding Ability of Myco Tuberculosis Vapbc49 Anti-Toxin Protein Bacterium
著者: Holton, S.J. / Pogenberg, V. / Iborra, V. / Wilmanns, M.

履歴

登録	2015年1月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5af3.cif.gz	97.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5af3.ent.gz	75.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5af3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5af3_validation.pdf.gz	447.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5af3_full_validation.pdf.gz	450.8 KB	表示
XML形式データ	5af3_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	5af3_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/5af3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/5af3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1m7d-d 6c5j-d 1uz6-1 6sf6-2 3lrs-3 6b5l-d 5uix-d 5bzd-2 5eoc-1 1q9k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: VAPBC49

B: VAPBC49

ヘテロ分子

52.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.935, 81.935, 75.361
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	VAPBC49 分子量: 26188.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS H37RV (結核菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O53464
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.13 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9792
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→40.96 Å / Num. obs: 53660 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.81 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.73
反射シェル	解像度: 1.77→1.87 Å / 冗長度: 3.55 % / R_merge(I) obs: 0.46 / % possible all: 83.5

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.78→70.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 2.801 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25421	2726	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21048	-	-	-
obs	0.21264	50907	99.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.76 Å²	0.38 Å²	0 Å²
2-	-	0.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→70.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3304	0	6	289	3599

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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