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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5af2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the C-terminal 2',5'-phosphodiesterase domain of group A rotavirus protein VP3 | ||||||
![]() | VP3 | ||||||
![]() | HYDROLASE / PHOSPHODIESTERASE / 2-5A / 2H PHOSPHOESTERASE / RNASE L / OLIGOADENYLATE SYNTHASE / INNATE IMMUNITY / IMMUNE EVASION | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA 5'-cap (guanine-N7)-methylation / : / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phosphoric diester hydrolase activity / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / viral nucleocapsid / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / hydrolase activity ...RNA 5'-cap (guanine-N7)-methylation / : / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phosphoric diester hydrolase activity / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / viral nucleocapsid / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / hydrolase activity / GTP binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brandmann, T. / Jinek, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the C-Terminal 2',5'-Phosphodiesterase Domain of Group a Rotavirus Protein Vp3. 著者: Brandmann, T. / Jinek, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 361.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 303.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 916 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 919.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16749.520 Da / 分子数: 4 / 断片: PHOSPHODIESTERASE DOMAIN, RESIDUES 696-835 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-15P / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | N-TERMINAL SNA SEQUENCE IS DERIVED FROM THE EXPRESSED FUSION PROTEIN | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 0.1 M TRIS-ACETATE PH 7.0, 0.2 M KSCN AND 22 % PEG MONOMETHYL ETHER 2000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.39→45.12 Å / Num. obs: 105693 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.39→1.43 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 98.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 1.39→45.119 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.4 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.39→45.119 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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